计算化学公社

标题: 高斯新手求助任务提交的问题 [打印本页]

作者
Author: fly1992 时间: 2022-6-3 14:42
标题: 高斯新手求助任务提交的问题
我根据网上的教程和Multiwfn想尝试计算一个有机分子的拉曼光谱，但是对高斯基本没有接触过，但是对服务器提供的提交任务的脚本有些迷茫。1对于任务提交脚本上的内容，我应该用什么格式的输入文件？是com还是其他的也可以？
2然后输出文件里，没有看明白到底有没有计算成功？
3如果计算成功的画，是不是用Multiwfn就可以直接画出Raman的图？
4.还想问一个题外的问题，cp2k是否可以通过aimd计算VDOS，这个VDOS可不可以转化成拉曼光谱？
谢谢各位老师。

以下是我的输入文件，输出的log文件，还有伴随的输出文件：

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-3 14:46
在提问之前，先自己打开输出文件看报错信息
Allocation failure for numerical quadrature.
这已经说得很清楚了，因为内存不足，无法分配足够多的内存用来计算数值积分。但是这个主要不怪你机子内存不够，而是怪高斯不适合算周期性体系。要么改用簇模型，要么改用CP2K做计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 14:51
1 Gaussian只看文件内容，不看后缀。习俗上用gjf（Gaussian job file）为后缀

2 末尾没normal termination就是没算完或者中途报错

3 是。下文明确给了例子
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

4 CP2K跑的AIMD结合travis可以得到凝聚相体系的拉曼光谱。如果只需要某分子在气相，或者在特定溶剂中的拉曼光谱，用Gaussian就够了。就算获得某种分子纯物质的拉曼光谱，大多也可以靠隐式溶剂模型描述周围此类分子。这远比跑AIMD得到拉曼光谱容易、便宜得多得多。

作者
Author: fly1992 时间: 2022-6-3 14:53

wzkchem5 发表于 2022-6-3 14:46
在提问之前，先自己打开输出文件看报错信息
Allocation failure for numerical quadrature.
这已经说得很 ...

谢谢老师回复，我看到这个错误了，但是对高斯基本没有接触过，没有太理解这个。我当时是按照周期性的方式建模，把一个分子放在一个盒子里，老师的意思是这个不能按周期性的模型来建模，是不是只能用gaussianview来建模？有没有什么别的软件也可以用？
老师，那我的输入文件其他部分有什么问题吗？还有老师，G09.e-380654那个文件里说没法复制chk文件，chk不应该是输出文件吗？这个是什么错误？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-3 14:54

fly1992 发表于 2022-6-3 14:53
谢谢老师回复，我看到这个错误了，但是对高斯基本没有接触过，没有太理解这个。我当时是按照周期性的方式 ...

那叫GaussView
先搞清楚你要算孤立体系还是周期性体系。输入文件里带TV都说明当成周期性来算，Gaussian算二维、三维周期性体系没实用性。

作者
Author: fly1992 时间: 2022-6-3 15:00

sobereva 发表于 2022-6-3 14:54
那叫GaussView
先搞清楚你要算孤立体系还是周期性体系。输入文件里带TV都说明当成周期性来算，Gaussian ...

谢谢社长回复，我想算的是单分子的光谱，这种应该怎么操作？

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-3 15:14

fly1992 发表于 2022-6-3 15:00
谢谢社长回复，我想算的是单分子的光谱，这种应该怎么操作？

你应当先看一看高斯手册，从最简单的算例开始学习gaussian。

作者
Author: fly1992 时间: 2022-6-3 15:17

876449830 发表于 2022-6-3 15:14
你应当先看一看高斯手册，从最简单的算例开始学习gaussian。

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 01:49

fly1992 发表于 2022-6-3 15:00
谢谢社长回复，我想算的是单分子的光谱，这种应该怎么操作？

建议好好系统性学学，要不然犯各种低级错误，结果毫无意义都浑然不知
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

作者
Author: fly1992 时间: 2022-6-7 14:39

sobereva 发表于 2022-6-4 01:49
建议好好系统性学学，要不然犯各种低级错误，结果毫无意义都浑然不知
谈谈学量子化学如何正确地入门
ht ...

谢谢社长，我会好好学一下，基本没有接触过高斯软件，这个也是实验室的同学想看一下分子的拉曼，就想着尝试搞一下

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)