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标题: 想再麻烦sob老师和各路大仙帮我看一下结构优化的问题 [打印本页]

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 15:16
标题: 想再麻烦sob老师和各路大仙帮我看一下结构优化的问题
Sob老师和各位大仙，端午节好，想麻烦大家帮我帮我看看高斯结构优化问题。
我对一个MOF簇先做了单点，已计算成功。然后继续用原模型去做结构优化，SCF不收敛（502报错）。麻烦Sob老师和高斯大仙们帮我看看下列问题。
（1）输入文件怎么调整会合理点【单点计算已成功，但继续用原模型去做结构优化，SCF不收敛】
（2）我用gasuview查看.out结果，想看看能量的收敛变化，但是一直不出现（左上角绿色点一直不出来）
（3）输入文件是MS建模后导出的.mol格式，再用gaussview打开另存为.gif格式的。由于.mol格式已去掉MOF结构周期性，不知道去掉周期性对结构优化是否有影响
（4）用gaussview打开.mol格式时，再另存为.gif格式时，出现断键（见附图），不知道用不用再手动补键。

输入文件参数如下：
%nprocshared=60
%mem=16GB
%chk=unit.chk
#p opt b3lyp/gen

C H O N 0
6-31g(d)
****
Zr 0
SDD
****

电荷和自旋多重度是0和1。

此外还有一个Multiwfn绘图问题，
（5）我已在Linux系统将计算好的单点.chk文件转为.fchk文件。按照sob老师静电势绘图操作步骤，需要命名为1.fch格式。我的问题是这个.fchk文件可以直接在multiwfn运行并用于绘图静电势吗？用不用把其后缀再改为.fch格式呢？

麻烦sob老师和各路大仙帮小白指点迷津一下，非常感谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-3 15:25
（1）参见http://sobereva.com/61
（2）先让SCF收敛，把结构优化正常跑起来，再查看收敛情况
（3）必须用氢原子饱和断键
（4）参见http://sobereva.com/414
（5）不需要。这种问题不需要问，自己试一下就知道了，如果文件名格式确实有影响，程序肯定会报错，如果不报错那就是不用改文件名。要有自己探究正确做法的能力，不要一碰到手册上查不到的内容就问人

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-6-3 15:29
输入文件严重错误，Zr用了赝势基组却没用genecp读取赝势，文件尾也没写赝势。

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 15:48

wzkchem5 发表于 2022-6-3 15:25
（1）参见http://sobereva.com/61
（2）先让SCF收敛，把结构优化正常跑起来，再查看收敛情况
（3）必须用 ...

嗯嗯好的，谢谢您的指点，太感谢了

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 15:53

ionexchangeC 发表于 2022-6-3 15:29
输入文件严重错误，Zr用了赝势基组却没用genecp读取赝势，文件尾也没写赝势。

好，太感谢了。不过我有个小疑问，我算单点就是这个输入文件，也没有用gencp读取赝势，是不是算单点不用读取呢

。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-3 15:56

sysu_chem 发表于 2022-6-3 08:53
好，太感谢了。不过我有个小疑问，我算单点就是这个输入文件，也没有用gencp读取赝势，是不是算单点不用 ...

但凡用了赝势基组，必须指定赝势，这和是否算的是单点没有任何关系。
仔细看http://sobereva.com/60

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 16:14

wzkchem5 发表于 2022-6-3 15:56
但凡用了赝势基组，必须指定赝势，这和是否算的是单点没有任何关系。
仔细看http://sobereva.com/60

嗯嗯好的，太感谢了

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 16:28

wzkchem5 发表于 2022-6-3 15:56
但凡用了赝势基组，必须指定赝势，这和是否算的是单点没有任何关系。
仔细看http://sobereva.com/60

对了老师，想请问一下，单点计算有没有详细的参数说明呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-3 17:12

sysu_chem 发表于 2022-6-3 09:28
对了老师，想请问一下，单点计算有没有详细的参数说明呢？

什么叫参数说明？
先参照http://sobereva.com/620确保你的用词没有歧义，可以被回答者确切无误地理解你的意思

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-6-3 19:42

sysu_chem 发表于 2022-6-3 15:53
好，太感谢了。不过我有个小疑问，我算单点就是这个输入文件，也没有用gencp读取赝势，是不是算单点不用 ...

因为你很“幸运”，算单点的时候结构还没有崩溃，所以SCF侥幸收敛了，但即使这样它也是错误的，用不了。结构优化的过程中因为没读赝势，结构逐渐崩掉，然后SCF不收敛。

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 20:12

ionexchangeC 发表于 2022-6-3 19:42
因为你很“幸运”，算单点的时候结构还没有崩溃，所以SCF侥幸收敛了，但即使这样它也是错误的，用不了。 ...

我懂了老师，只要用到赝势基组，必须用genecp指定赝势。不管是单点能还是结构优化，对吧老师。您点拨后，我以为只需要结构优化需要指定赝势，谢谢老师。

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 20:14

wzkchem5 发表于 2022-6-3 17:12
什么叫参数说明？
先参照http://sobereva.com/620确保你的用词没有歧义，可以被回答者确切无误地理解你 ...

就是在单点能计算时候，如果用到赝势基组，也必须要指定赝势，不光光是针对结构优化。谢谢老师点拨

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-3 20:42

sysu_chem 发表于 2022-6-3 13:14
就是在单点能计算时候，如果用到赝势基组，也必须要指定赝势，不光光是针对结构优化。谢谢老师点拨

对。
建议仔细看http://sobereva.com/60，搞懂赝势的物理含义，自然就知道为什么这个问题和是否做结构优化无关。不要机械性地记结论，一定要理解原因，否则第一容易记错，第二如果以后碰到稍微不一样的情况（比如算频率），又不知道该不该指定赝势了。

作者
Author: sysu_chem 时间: 2022-6-3 21:00

wzkchem5 发表于 2022-6-3 20:42
对。
建议仔细看http://sobereva.com/60，搞懂赝势的物理含义，自然就知道为什么这个问题和是否做结构优 ...

好的老师，受益匪浅！论坛好人太多了，感谢感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 02:10
fch和fchk完全是一码事，Multiwfn都能直接载入，下文说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

只要Multiwfn的脚本文件里的文件名和实际的fch/fchk文件名相同就行，所以要么改实际文件名，要么改脚本里的输入文件名。

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