计算化学公社

标题: 如何用Molclus软件中的Gentor来找A在B上的最优吸附位点呢？ [打印本页]
作者
Author: ReviewReview    时间: 2022-6-3 21:01
标题: 如何用Molclus软件中的Gentor来找A在B上的最优吸附位点呢？
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 10:38 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
       您们好！
       如何用Molclus软件中的Gentor来找A在B上的最优吸附位点呢？Sober老师的这个帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html)好像教的是如何找单个分子的最优构象吧？我自己的情况要怎么处理呢？

作者
Author: sobereva    时间: 2022-6-4 01:46
显然用genmer
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

molclus官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html上说得明明白白
Molclus通常有以下使用方式：
•genmer结合molclus：用于团簇分子或原子团簇构型搜索。使用简便
•gentor结合molclus：用于分子构象搜索。使用简便，但不支持环状区域构象搜索（环状区域是指诸如环己烷这样有多种构象的环状区域）
•Confab或Frog2构象生成程序结合molclus：用于分子构象搜索。使用最为傻瓜化，但不支持环状区域构象搜索、不支持普通有机分子以外的情况
•经典力场分子动力学程序结合molclus：用于分子团簇搜索和分子构象搜索。使用稍繁琐，被动力学模拟的体系必须有恰当的力场
•xtb程序跑动力学结合molclus：普适性极强，用于构象搜索、原子/分子团簇构型搜索皆可，使用容易（不受力场约束，不需要准备拓扑文件）

作者
Author: ReviewReview    时间: 2022-6-4 10:01
sobereva 发表于 2022-6-4 01:46
显然用genmer
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/ ...

昂昂，谢谢Sober老师，正在认真读帖中~



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3