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标题: GROMACS Windows 64bit版 2020.6 CUDA GPU加速版运行gmx pdb2gmx找不到input pdb文件 [打印本页]

作者
Author: free3hao 时间: 2022-6-4 08:38
标题: GROMACS Windows 64bit版 2020.6 CUDA GPU加速版运行gmx pdb2gmx找不到input pdb文件
各位论坛大神好，在力场Slipids（http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html）下载好磷脂分子，用Avogodra软件拉直磷脂分子，然后用genmixmem.exe生成混合脂质双分子层，之后用安装好的windows编译下的Gromacs（2020.6 CUDA GPU加速版）运行pdb2gmx程序，但出现下面的情况，想请教一下，这是生成的mixmem.pdb有问题，还是文件路径有问题呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: 牧生 时间: 2022-6-4 09:55

然后用genmixmem.exe生成混合脂质双分子层

复制代码

从这句话就看出你犯了错了，详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 的FAQ 4

作者
Author: free3hao 时间: 2022-6-4 10:19
但是换成单一的一个pdb文件，也是同样的问题，找不到pdb文件或者不可用

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-6-4 10:35
或许pdb2gmx不能用于生成非蛋白分子结构？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 11:55
明摆着文件路径问题，要自己会看最基本的提示

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 11:56

wyfgg 发表于 2022-6-4 10:35
或许pdb2gmx不能用于生成非蛋白分子结构？

只要rtp内容合适就能

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Author: sobereva 时间: 2022-6-4 11:57

牧生发表于 2022-6-4 09:55
从这句话就看出你犯了错了，详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/ 的FAQ 4

这一步没错

作者
Author: free3hao 时间: 2022-6-4 12:03

sobereva 发表于 2022-6-4 11:55
明摆着文件路径问题，要自己会看最基本的提示

社长，那要放在哪里才行呢？Gromacs程序所在的文件夹吗？

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-4 12:15

free3hao 发表于 2022-6-4 12:03
社长，那要放在哪里才行呢？Gromacs程序所在的文件夹吗？

cmd基本常识。看你的命令提示行有类似这么一个显示，这就是你的当前工作目录。把文件放这里。或者用绝对路径。 (, 下载次数 Times of downloads: 33)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-4 12:17

free3hao 发表于 2022-6-4 12:03
社长，那要放在哪里才行呢？Gromacs程序所在的文件夹吗？

起码知道dir命令是干什么的，什么叫当前目录。命令行操作基础知识都不会的话根本没法用GROMACS

作者
Author: lonemen 时间: 2022-6-4 12:43
不看报错内容，确实不合适

作者
Author: free3hao 时间: 2022-6-4 13:38

snljty2 发表于 2022-6-4 12:15
cmd基本常识。看你的命令提示行有类似这么一个显示，这就是你的当前工作目录。把文件放这里。或者用绝对 ...

十分感谢啊

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