计算化学公社

标题: NVIDIA关于Gromacs2020与2019GPU计算的对比 [打印本页]

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-6-4 13:31
标题: NVIDIA关于Gromacs2020与2019GPU计算的对比

使用 GROMACS 2020 创建更快的分子动力学模拟 | NVIDIA 技术博客
https://developer.nvidia.com/blo ... -with-gromacs-2020/

博文中介绍了Gromacs计算的三大作用力：

Non-bonded short-range forces
Particle Mesh Ewald (PME) long-range forces
Bonded short-range forces

并且对比了Gromacs2019和2020版本在GPU用于计算的能力差异

不同的盒子样式表示每个部分的硬件分配：

在 GPU 上执行（带实线边框的绿色框）：显示了三种类型的力计算，它们可以相互重叠。
在 CPU 上执行（带虚线边框的蓝色框）：缓冲区操作 (BO) 是内部数据布局转换和强制缩减操作。更新和约束是时间步长的最后一部分，其中原子坐标使用先前计算的力进行更新和约束。
数据传输（无边框的红色框）：所需的 PCIe 主机到设备 (H2D) 和设备到主机 (D2H) 数据传输。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-6-4 15:39
大幅提升模拟速度的一个关键是将“力更新”转移到GPU上运行，需用-update gpu手动指定，因为有些情况下此功能不可用。但即使把“力更新”也转移到GPU上运行，仍然需要大量CPU-GPU通信（即NVIDIA这篇博客中所说的H2D、D2H）用于能量计算。相同的体系，mdp参数中nstcalcenergy和nstenergy的值越小，计算能量的频率越高，所需的CPU算力和CPU-GPU通信越多。当前GMX的效率瓶颈主要在此。

作者
Author: 308866814 时间: 2022-6-8 11:53
实际使用中，2020版的速度真的会比2019版有成倍的提升吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-6-8 12:11

308866814 发表于 2022-6-8 11:53
实际使用中，2020版的速度真的会比2019版有成倍的提升吗？

-update gpu可以明显提升速度，但也不会有成倍的提升。不支持四点水模型

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)