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标题: Genmer.ini文件里ngen/ngenmust设置后产生奇怪结果 [打印本页]

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Author: ReviewReview 时间: 2022-6-4 19:16
标题: Genmer.ini文件里ngen/ngenmust设置后产生奇怪结果
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 10:38 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
   您们好！
   在按照Sober老师这一帖子《genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》中的方法（见下边截图1.png）进行构象搜索时，我心里不知道A和B最后能组合成多少种构型，所以我没有管ngen这一项，而是把ngenmust这一项设置为大于0的一个值，我就随便设置了一个1（1>0嘛！），按照帖子中的意思只要ngenmust的值大于0那么genmer就会一直无限循环找下去，直到跑到头为止。但是当我得到traj.xyz文件时里边只有一个构象。我就自己琢磨问题在哪，然后我又把ngenmust的值从1改为2，最后得到的traj.xyz文件里出现了两种构象。此时我就想不明白了，这样的话ngenmust和ngen的功能不就重复了吗？所以ngenmust的存在意义在哪里呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-5 06:57
神奇的阅读理解，后一句都不看么？

ngenmust= 0 // 若>0，则ngen选项无效，genmer将无限循环不断产生构型，直到成功产生的构型达到ngenmust。此选项默认为0，代表不做这个要求

你把ngenmust设1，显然说明成功产生1个构型就自动结束了

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 09:33

sobereva 发表于 2022-6-5 06:57
神奇的阅读理解，后一句都不看么？

你把ngenmust设1，显然说明成功产生1个构型就自动结束了

那么这个自己怎么知道它们总共有多少种组合方式呢？本来有很多种组合方式我为了偷懒设置的少了不就不准确了吗？您建议我ngen和ngenmust一般设置多少呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-5 10:08
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
文末专门说了

有一些用户问让genmer产生多少初猜团簇比较合适，这取决于体系大小、特征、研究目的、可接受的计算花费。如果你想得到能量最低的团簇结构，那么显然产生的初猜结构数目越多，最终能获得能量最低结构的几率就越大。对于结构比较简单的小分子构成的二聚体团簇，想获得能量最低的构型，一般产生20个初猜结构就够了。但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇，或者简单小分子构成的比如六聚体团簇，那要产生的初始构型就得很多，起码一百个。对于原子团簇，也是原子数越多，要产生的初猜数就应该越多。受限于用户的实际计算条件，考虑的初猜结构数目得量力决定。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 10:22

sobereva 发表于 2022-6-5 10:08
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1- ...

哦哦，不好意思啊老师，看到啦。我专门摘抄出来放在这里：”对于结构比较简单的小分子构成的二聚体团簇，想获得能量最低的构型，一般产生20个初猜结构就够了。但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇，或者简单小分子构成的比如六聚体团簇，那要产生的初始构型就得很多，起码一百个。”.

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 11:50

sobereva 发表于 2022-6-5 10:08
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1- ...

Sober老师，光说“较大的柔性分子”有些抽象不好把控，我觉得举一个例子来问您这样可以没那么抽象可以更加形象具体，想问下老师：6个单元的聚偏二氟乙烯分子链属于较大的柔性分子概念区间吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-5 11:52

ReviewReview 发表于 2022-6-5 11:50
Sober老师，光说“较大的柔性分子”有些抽象不好把控，我觉得举一个例子来问您这样可以没那么抽象可以更 ...

属于，有很多可旋转的键
可旋转的键越多，构象空间越复杂，需要越多初猜来采样

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Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 14:30

sobereva 发表于 2022-6-5 11:52
属于，有很多可旋转的键
可旋转的键越多，构象空间越复杂，需要越多初猜来采样

记住啦老师。根据您的这句话“但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇，或者简单小分子构成的比如六聚体团簇，那要产生的初始构型就得很多，起码一百个。”，那我就取150个吧。

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