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标题: Sobtop批量生成使用RESP电荷的GAFF/AMBER拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-6-4 21:26
标题: Sobtop批量生成使用RESP电荷的GAFF/AMBER拓扑文件
本帖最后由 Jotaro 于 2024-9-13 10:47 编辑

之前用Gromacs做分子动力学的时候因为小分子种类太多，一个一个保存gjf、mol2然后做拓扑文件太麻烦，就结合论坛前辈的经验写了一个懒人脚本。软件需求：CentOS系统，gaussian、gaussview、Multiwfn、Sobtop、openbabel
目前脚本的原理是在CentOS系统中，保存小分子的gjf和mol2文件，运行脚本后会自动批量gaussian任务、Multiwfn计算resp电荷并重命名chg文件、在Sobtop文件夹下按照Sobtop官网例3来生成小分子的gro、top、itp文件，其中itp文件中的电荷来自前一步计算的resp电荷，最后一步属于非必须选项，是通过openbabel将gro文件转化为pdb文件，适合用packmol构建初始体系的用户，同时所有新生成的文件中残基名会自动替换为文件名的前三个字母。

使用前请按照自身需求对脚本代码进行修改。

2023年12月更新：支持任意目录运行脚本，使用前请修改脚本中sobtop的路径为用户sobtop实际路径！

作者
Author: lonemen 时间: 2022-6-13 16:01
太赞啦，谢谢！

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-4-13 10:48
膜拜

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-7-30 15:15
很赞

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