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标题: 超算用户用Molclus+Gaussian做构象搜索的细化问题 [打印本页]

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 17:26
标题: 超算用户用Molclus+Gaussian做构象搜索的细化问题
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 10:39 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
   您们好！
   事情来龙去脉是这样：我想找A和B的最优吸附构型，于是接下来，
   1）用Genmer产生了150个A和B的吸附构型，即得到了AB组合的traj.xyz文件；
   2）接着，我去看了Sober老师的帖子《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中的2.2使用流程，说是在跑Molclus前需要准备好三个文件traj.xyz(已得到)，template.gjf, 和settings.ini；
   3）接着往下读时，由于我属于超算用户，所以按照Sober老师的指引去读这个帖子《将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具：xyz2QC》，这个帖子开头写道："Molclus做搜索过程一般流程是先用十分廉价但粗糙的级别（如调用Openbabel跑MMFF94、调用xtb跑GFN-xTB）做结构优化和初步筛选，将其中能量最低的、为数不多的一批体系保留，最后再调用量子化学程序用更准确的方法算能量或做进一步优化。在整个过程中，初筛的耗时很低，在个人计算机上跑也没有任何压力，而最后对为数不多的筛出来的体系进一步做DFT/后HF量子化学计算才是占整个搜索过程的大头，才是真正有必要弄到超算上跑的（对于那些没有自己的像样的服务器的人而言）。"，读完这段话后我有几个疑问，列举如下：
   a）"先用十分廉价但粗糙的级别（如调用Openbabel跑MMFF94、调用xtb跑GFN-xTB）"，那么调用Gaussian跑哪一个呢（看例子您使用的是PM7）？您可以推荐一下吗？
   b)  "结构优化和初步筛选，将其中能量最低的、为数不多的一批体系保留"，那么这里的结构优化和初步筛选指的是预先在自己的笔记本上只做Opt+Freq还是先做Opt+Freq接着再来一轮Energy？
   c)  "最后再调用量子化学程序用更准确的方法算能量或做进一步优化”这句话是我明白的，就是按照您下边例子里的做法“这里我们想把其中能量最低的三个转化成.gjf文件，之后弄到超算/服务器上算更准确的能量"。
   期待您们的答复！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-5 19:18
(a) 可以跑PM7。但是性价比一般不如用xtb跑GFN-xTB
(b) 都可以

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-5 20:55

wzkchem5 发表于 2022-6-5 19:18
(a) 可以跑PM7。但是性价比一般不如用xtb跑GFN-xTB
(b) 都可以

哦哦，知道了，谢谢老师，那我就开工啦～

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-6-6 10:43
我最近在做有机分子_重金属_n个水构型的搜索，分享一下我的做法，也是wzkchem5老师给我的建议：
1.genmer产生100个团簇，molclus调用xtb做半经验优化
2.筛选xtb能量最低的30个构象，molclus调用Gaussian做DFT单点能计算
3.筛选DFT单点能最低的5个构象，molclus调用Gaussian做DFT几何优化
4.几何优化的结构做高精度单点
5.取高精度单点能量最低的一个构型作为稳定构型，并计算频率。

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