计算化学公社

标题: 笼状氨基酸八聚物的topology文件的书写 [打印本页]

作者
Author: wweng 时间: 2016-4-11 15:26
标题: 笼状氨基酸八聚物的topology文件的书写
最近用gaussview构建了一氨基酸八聚物的笼状分子结构，160个原子左右，现在想用NAMD做下分子动力学模拟，只有gaussview的到的pdb文件，想请教各位这种结构的大分子该如何写topology文件？

作者
Author: ruanyang 时间: 2016-4-11 17:04
使用这个工具试试https://cgenff.paramchem.org/

作者
Author: wweng 时间: 2016-4-12 10:48
谢谢啦。

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