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标题: 酶催化模拟、分析时间尺度选择的问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-6-5 18:03
标题: 酶催化模拟、分析时间尺度选择的问题
各位老师好，有一个问题困扰了我一段时间。就是如果研究生物体一个相对分子质量在100左右的小分子的酶催化合成。对酶蛋白和底物小分子进行分子动力学模拟，底物小分子已经对接到位点。
请问生物体一般的酶，催化一个小分子合成的时间大概多久，根据社长博文，酶催化反应底物没有办法稳定地待在位点，时间一长，会各种振荡甚至会跑出去（我模拟体系也是这样）。于是我想对催化合成这个分子的时间尺度下的轨迹、能量进行分析，比起直接分析几十ns内的平均相互作用能，这样会不会更好一点。即从体系平衡后开始分析催化一个小分子合成的时间内的轨迹、能量等。

作者
Author: syjohn 时间: 2022-7-9 14:21
针对第一个问题，每个酶的催化效率是不一样的，所以需要根据你具体的体系和实验数据进行分析，
第二个问题，你说的是合理的，但是要达到这样的时间模拟尺度需要的计算量较大

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