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标题: 使用的Sober老师的template.gjf文件跑Molclus后isomers.xyz文件依然空白 [打印本页]

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Author: ReviewReview 时间: 2022-6-6 21:56
标题: 使用的Sober老师的template.gjf文件跑Molclus后isomers.xyz文件依然空白
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-6 22:04 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
你们好！
我把traj.xyz文件，settings.ini文件，和自己写的template.gjf文件放进Molclus.exe目录，然后跑Molclus.exe，窗口的信息告诉我"是否省略了关键词opt或者是不是template.gjf文件有问题"，但是我并没有检查出问题。最后，我直接就用了Sober老师的template.gjf文件和template2.gjf文件，settings.ini文件中的igaucontinue也改为了1，然后满怀信心重新开跑Molclus.exe，但是最后输出来的isomers.xyz文件依然是空白的，Molclus窗口也没报错，这我就不知道该咋办了，大家帮忙分析一下，截图如下：

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Author: wzkchem5 时间: 2022-6-6 22:07
程序会先输出一个空白的isomers.xyz文件，再往里面填东西。从截图看程序还没有算完，如果算完了（或者报错退出了）以后isomers.xyz还是空白的，那才是有问题。否则就等着它算就行了。

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Author: ReviewReview 时间: 2022-6-6 22:35

wzkchem5 发表于 2022-6-6 22:07
程序会先输出一个空白的isomers.xyz文件，再往里面填东西。从截图看程序还没有算完，如果算完了（或者报错 ...

昂昂明白啦。Sober老师的template.gjf文件里用的关键词是"# B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt"，然后我的traj.xyz文件里是150个构象，每个构象原子数是68，笔记本电脑是四核八线程6代i7CPU，16G内存，这感觉没个300小时算不完，我还是赶紧终止任务换PM7来Opt吧。。。

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Author: sobereva 时间: 2022-6-7 08:35

ReviewReview 发表于 2022-6-6 22:35
昂昂明白啦。Sober老师的template.gjf文件里用的关键词是"# B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt"，然后我的traj.x ...

建议你至少花一万块钱左右买个最低配双路服务器，看下文，要不然中等及以上大小体系构象搜索根本没法做。PM7在笔记本上做初筛还行，要想得到质量靠谱的结果，最后总得DFT结合中小基组优化，再结合大基组算单点，光靠个笔记本完全不够。
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Author: ReviewReview 时间: 2022-6-7 09:25

sobereva 发表于 2022-6-7 08:35
建议你至少花一万块钱左右买个最低配双路服务器，看下文，要不然中等及以上大小体系构象搜索根本没法做。 ...

哦哦明白啦老师。我其实是超算用户，所以准备按您这个帖子"将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具：xyz2QC"的办法，先在自己笔记本上用PM7做初筛，然后像您例子里那样用得到的能量最低的三个构象去超算上进一步筛选。

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