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标题: CASTEP进行几何优化任务时晶胞内分子结构严重变形，请各位大佬指点 [打印本页]

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-6-7 15:48
标题: CASTEP进行几何优化任务时晶胞内分子结构严重变形，请各位大佬指点
本帖最后由小庄师弟于 2022-11-30 14:33 编辑

在使用CASTEP进行几何优化时发现晶胞内的分子结构严重变形，请问可能会是什么原因导致的呢？晶胞结构是从CCDC晶体库中下载的，分子式为C7H15Cl2N2O2P。
几何优化前收敛性测试没问题，使用GGA-PBE泛函，精度全部使用Ultra-fine，勾选DFT-D，优化晶胞fixed basis quality，Compressibility选择Soft，使用OTFG模守恒赝势。
优化过程没有完成我就停止了任务，分子结构变形太严重，结果如下图所示。

作者
Author: 石头 时间: 2022-8-14 10:38
您好！请问你的问题解决了吗

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-8-17 09:34

石头发表于 2022-8-14 10:38
您好！请问你的问题解决了吗

没有，调整参数，换方法都不管用。您也遇到相同的问题了吗？
回复不及时，这几天仅限LV4及以上用户发言。

作者
Author: 石头 时间: 2022-8-17 10:20

小庄师弟发表于 2022-8-17 09:34
没有，调整参数，换方法都不管用。您也遇到相同的问题了吗？
回复不及时，这几天仅限LV4及以上用户发言 ...

是的，我也在优化一个有机分子，连苯环都变形了，但是目前仍未解决，在想是不是castep不擅长这种柔性小分子

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-8-17 10:55

石头发表于 2022-8-17 10:20
是的，我也在优化一个有机分子，连苯环都变形了，但是目前仍未解决，在想是不是castep不擅长这种柔性小分 ...

我之前算过一个包含9个C组成的碳链结构，优化完成后看着没问题，C链和初始结构相差不大，我想是不是和加没加H有关，我算的C链结构C上有H或者甲基，初始结构和优化完成的结构都类似锯齿状。

作者
Author: 石头 时间: 2022-8-17 11:29

小庄师弟发表于 2022-8-17 10:55
我之前算过一个包含9个C组成的碳链结构，优化完成后看着没问题，C链和初始结构相差不大，我想是不是和加 ...

难道是因为我没加氢，我试试

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-8-17 11:43

石头发表于 2022-8-17 11:29
难道是因为我没加氢，我试试

自己建模可以试试吧。我是在CCDC上下载的晶体文件，然后直接算，加H之后感觉更不对了。

作者
Author: 石头 时间: 2022-8-17 14:39

小庄师弟发表于 2022-8-17 11:43
自己建模可以试试吧。我是在CCDC上下载的晶体文件，然后直接算，加H之后感觉更不对了。

我就是在CCDC上下载的晶体

作者
Author: 小庄师弟 时间: 2022-8-17 15:41

石头发表于 2022-8-17 14:39
我就是在CCDC上下载的晶体

那可能还是得想想别的办法。我算过体系很大的，也算过链比它长的，还是第一次出这问题。

作者
Author: 石头 时间: 2022-8-18 09:58

小庄师弟发表于 2022-8-17 15:41
那可能还是得想想别的办法。我算过体系很大的，也算过链比它长的，还是第一次出这问题。

你这也是有机小分子，为什么晶体盒子里放了好几个分子，不应该放一个吗？

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Author: 小庄师弟 时间: 2022-8-18 13:16

石头发表于 2022-8-18 09:58
你这也是有机小分子，为什么晶体盒子里放了好几个分子，不应该放一个吗？

晶胞中分子个数和空间群有关吧，晶体文件中有相关信息。具体晶胞中分子个数怎么确定我也不清楚，我用的都是前人建好的晶胞。

作者
Author: 石头 时间: 2022-8-18 16:08

小庄师弟发表于 2022-8-18 13:16
晶胞中分子个数和空间群有关吧，晶体文件中有相关信息。具体晶胞中分子个数怎么确定我也不清楚，我用的都 ...

哦哦，我只放了一个分子

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