计算化学公社

标题: 计算分子内氢键计算的疑问 [打印本页]

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-8 11:04
标题: 计算分子内氢键计算的疑问
本帖最后由阿姝姝于 2022-6-8 15:00 编辑

我看了sob老师基于键临界点的电子密度估计内氢键键能的帖子，计算两个中间体A,B 中氢键的键能（A的ΔG比B的ΔG高5kcai/mol，A的氢键键能为-19kcal/mol,B氢键键能-29kcal/mol），我想通过A,B氢键键能的比较来证明B更稳定，但是我又发现这个必须是在气相中，那我能不能用来氢键能量来说明他们能不能用来解释A,B哪个稳定呢

还有就是A.B的键能差在10kcal/mol ,感觉有点太大了，不太合理[img]file:///C:\Users\fanfan\AppData\Roaming\Tencent\Users\1322168698\QQ\WinTemp\RichOle\B14UWJJA[BX$UC%8FM2BNDT.png[/img]

作者
Author: KangJiaxin 时间: 2022-6-8 11:38
看具体体系吧，一般情况的氢键不会有这么大的键能。如果是想对比两个分子谁更稳定，你可以看看两个分子的吉布斯自由能的差。分子内的氢键可能是稳定分子的一个因素。有可能还要考虑分子间氢键，就像NH3BH2NH2BH3考虑分子内氢键和考虑分子间氢键的时候，稳定的结构是不一样的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-8 14:11
没体系具体特征，没具体计算细节，根本没法回答
普通的氢键根本达不到-29kcal/mol

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-8 14:54

sobereva 发表于 2022-6-8 14:11
没体系具体特征，没具体计算细节，根本没法回答
普通的氢键根本达不到-29kcal/mol

老师这是结构的chemdraw图，计算用的M062X/6-31G* ,是分子内所有的氢键加起来为-29kcal/mol，最大的O-H为-17kcal/mol

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-8 14:54
这是结构的chemdraw图

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-8 14:56
这是相互作用图

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-8 15:00

sobereva 发表于 2022-6-8 14:11
没体系具体特征，没具体计算细节，根本没法回答
普通的氢键根本达不到-29kcal/mol

老师我主贴补充了一些信息，麻烦你再看一下

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-8 15:01

KangJiaxin 发表于 2022-6-8 11:38
看具体体系吧，一般情况的氢键不会有这么大的键能。如果是想对比两个分子谁更稳定，你可以看看两个分子的吉 ...

您好，我补充了一些信息，麻烦您看一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-9 07:32

阿姝姝发表于 2022-6-8 14:54
这是结构的chemdraw图

别连续在多个回帖里补充内容，看着很累
一次没贴全就重新编辑帖子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-9 07:34

阿姝姝发表于 2022-6-8 14:54
老师这是结构的chemdraw图，计算用的M062X/6-31G* ,是分子内所有的氢键加起来为-29kcal/mol，最大的O-H为 ...

带电荷氢键比普通中性氢键键能数量级大很正常

当前基组根本没法看，不仅2-zeta根本不够用，counterpoise也没考虑，甚至连氢的极化函数都不带，结果没意义。要有弱相互作用计算的基本常识
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-9 09:27

sobereva 发表于 2022-6-9 07:34
带电荷氢键比普通中性氢键键能数量级大很正常

当前基组根本没法看，不仅2-zeta根本不够用，counterpoi ...

好的老师，那我就不用氢键来比较这两个中间体的稳定性了，我看有篇文献（Org. Lett. 2021, 23, 2421−2425）里说
such as C−H···O and LP···π interactions in TS5R were generally stronger than those in TS5S. Although the C−H···π interaction existed in TS5S, the ∇2ρ values were low, indicating weak interactions. Notably, that the ∇2ρ value of the π···π interaction was high, and only existed in TS5R; hence, we conclude that C−H···O and π···π interactions are a key factor controlling the stereoselectivity.

那我能不能用values of Laplacian of electron densities来比较这些相互作用的大小呀

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-10 06:54

阿姝姝发表于 2022-6-9 09:27
好的老师，那我就不用氢键来比较这两个中间体的稳定性了，我看有篇文献（Org. Lett. 2021, 23, 2421&#872 ...

没什么普适性
和氢键强度的关系还不如BCP的电子密度本身

作者
Author: 阿姝姝 时间: 2022-6-10 12:14

sobereva 发表于 2022-6-10 06:54
没什么普适性
和氢键强度的关系还不如BCP的电子密度本身

谢谢老师

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