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标题: 求助:gromacs跑能量最小化报错 [打印本页]

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Author: sj12138 时间: 2022-6-8 17:17
标题: 求助:gromacs跑能量最小化报错
本帖最后由 sj12138 于 2022-6-14 10:35 编辑

报错提示是symtab get_symtab_handle 0 not found，不知道是什么原因，请求各位点，谢谢。
gmx_mpi_d grompp -f mdp/min.mdp -c SHMe-HMeH2O-zkc-t-re.gro -o min -pp min - po min -maxwarn 1

该命令结束后有一个警告
GROMOS 力场已通过物理上不正确的多时间步进方案进行参数化，以实现双程截止。当
  与单范围截止（或正确的 Trotter
  多时间步长方案）一起使用时，物理属性（例如密度）
  可能与预期值不同。在继续之前检查系统中的分子
  是否受到此类问题的影响。如需更多信息
  ，请访问https://redmine.gromacs.org/issues/2884。

gmx_mpi_d mdrun -deffnm min 修改就报错了

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-8 23:45
不要翻译那个Warning, 直接贴原文...

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-9 00:19
本帖最后由喵星大佬于 2022-6-9 14:29 编辑

用gromos力场的时候，注意-maxwarn 10

意思就是Gromos力场原版用的twin-range截断计算非键作用，gromacs在2016及以后版本里取消了这种计算方式，所以跟他不匹配

而且gromacs的开发者觉得这种不靠谱，所以给了个警告

再就是gromos力场拟合参数的时候用的是电荷组构建邻居列表，反应场计算长程静电作用，但是这两个功能gromacs在2018版本以后也不再支持

作者
Author: sj12138 时间: 2022-6-9 13:50

snljty2 发表于 2022-6-8 23:45
不要翻译那个Warning, 直接贴原文...

抱歉，原文已改

作者
Author: sj12138 时间: 2022-6-9 13:53

喵星大佬发表于 2022-6-9 00:19
用gromos力场的时候，注意-maxwarn 10

意思就是Gromos力场原版用的twin-range截断计算非键作用，gromacs ...

那么请教一下，应该如何解决这个问题那？我的这个itp文件是在atb网站上下载的里面配套的gromos力场。是需要换一个力场吗？还是可以通过修改gromos力场中的文件解决那？感谢您的解释，期待您的回复。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-9 14:28

sj12138 发表于 2022-6-9 13:53
那么请教一下，应该如何解决这个问题那？我的这个itp文件是在atb网站上下载的里面配套的gromos力场。是需 ...

grompp的时候加上-maxwarn 10的选项
就是

gmx grompp -f xxx.mdp -o xxx.tpr -p xxx.top -c xxx.gro -maxwarn 10

复制代码

像这样即可

这个警告其实没什么卵用，J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 5985 里面测试了一下基本没区别，还不如邻居列表构造方式从电荷组到verlet的差别大

换句话说一定要用按照拟合条件用gromos力场的话用2018及之前版本，差不多的话用新版本直接加上-maxwarn 10，PME+Verlet也行

作者
Author: sj12138 时间: 2022-6-9 17:20

喵星大佬发表于 2022-6-9 14:28
grompp的时候加上-maxwarn 10的选项
就是

您好我在grompp步骤上改成了-maxwarn -10，但是依旧是提示这个错误，mdp文件中也是PME+Velet

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-9 17:38
本帖最后由喵星大佬于 2022-6-9 17:39 编辑

不是-10

是10

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Author: sj12138 时间: 2022-6-9 19:48

喵星大佬发表于 2022-6-9 17:38
不是-10 是10

不好意思，我打错了是10不是-10，刚才回复的时候多打了个-抱歉，还是依旧报错

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-9 20:35
本帖最后由喵星大佬于 2022-6-9 20:37 编辑

那绝对还有别的报错
那个warning无关紧要，上面的error才是真的问题

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Author: sj12138 时间: 2022-6-9 20:52

喵星大佬发表于 2022-6-9 20:35
那绝对还有别的报错
那个warning无关紧要，上面的error才是真的问题

没有别的报错了

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