计算化学公社

标题: cp2k-7.1做MetaD问题求助 [打印本页]

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-6-8 18:10
标题: cp2k-7.1做MetaD问题求助
各位老师，最近我在用cp2k-7.1跑MetaD，我定义了一个cv值，为Si-H键和H-O键键长的差值，跑了一段得到了cp2k-COLVAR.metadynLog和cp2k-HILLS.metadynLog两个输出文件。目前的一些问题是：(1).不会将输出数据转化为自由能随cv的变化文件，看了一些帖子，在cp2k/src/metadyn_tools里面有附带的处理文件，不过我发现7.1的版本对应的文件名不一样而且我调用不了，共graph.F、graph_methods.F、graph_utils.F和PACKAGE四个文件，没明白是用不了还是我不会使用的问题，加了权限了也不能用。(2).我看了一些文献中，出现了局部极小值的自由能对应的位点，如何清楚地定位在这各能量下对应的结构信息呢。(3).因为是初次尝试，尚不清楚定义CV的位置是否合理，还想了解一些定义的技巧。
自学太难了，还请各位老师能够不吝赐教。

作者
Author: yjb 时间: 2022-6-8 18:34
1) graph.psmp -ndim 1 -ndw 1 -file METADYN-1_10000.restart -cp2k 可以试着把graph.psmp换成graph.F等试试。 2）graph.psmp -ndim 1 -ndw 1 -file METADYN-1_10000.restart -find-minima -cp2k 会生成全部的极小值。3）去看Review。

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-6-8 19:21

yjb 发表于 2022-6-8 18:34
1) graph.psmp -ndim 1 -ndw 1 -file METADYN-1_10000.restart -cp2k 可以试着把graph.psmp换成graph.F等 ...

谢谢您，您的帖子我看过，但是我给与权限并运行graph.F、graph_methods.F都不成功。另外，关于计算速度的问题，我是232个原子的体系，稳定状态下，1个离子步跑1min，，时间是我跑普通AIMD的两倍，不知道这个速度是否有改善的可能。

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-6-8 19:47

yjb 发表于 2022-6-8 18:34
1) graph.psmp -ndim 1 -ndw 1 -file METADYN-1_10000.restart -cp2k 可以试着把graph.psmp换成graph.F等 ...

报错内容如下：(1). cp2k-7.1/src/metadyn_tools/graph.F: line 2: FES:: command not found
(2). cp2k-7.1/src/metadyn_tools/graph.F: line 3: syntax error near unexpected token `C'
(3) cp2k-7.1/src/metadyn_tools/graph.F: line 3: `! Copyright (C) 2002,2003,2004,2005,2006,2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013
不能理解，哎。

作者
Author: yjb 时间: 2022-6-8 21:57

予拥12138 发表于 2022-6-8 19:47
报错内容如下：(1). cp2k-7.1/src/metadyn_tools/graph.F: line 2: FES:: command not found
(2). cp2k- ...

可以用9.1，社长有些怎么编译，很方便

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-6-9 08:22

yjb 发表于 2022-6-8 21:57
可以用9.1，社长有些怎么编译，很方便

好的我也准备换个版本试试

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