计算化学公社

标题: 请问在计算过渡态时，如何查看受力情况？ [打印本页]

作者
Author: yydy 时间: 2022-6-8 21:48
标题: 请问在计算过渡态时，如何查看受力情况？
如题，计算过渡态迟迟不收敛，我想查看一下原子受力情况

作者
Author: QH1995 时间: 2022-6-9 08:41
可以根据vtst脚本中的vef.pl和李湃的网站（http://home.ustc.edu.cn/~lipai/index.html）上的converg.sh进行判断，结构优化和过渡态都可以使用。加入到bashrc中就可以了

作者
Author: yydy 时间: 2022-6-9 09:02

QH1995 发表于 2022-6-9 08:41
可以根据vtst脚本中的vef.pl和李湃的网站（http://home.ustc.edu.cn/~lipai/index.html）上的converg.sh进 ...

好的，非常感谢

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-6-9 22:51

QH1995 发表于 2022-6-9 08:41
可以根据vtst脚本中的vef.pl和李湃的网站（http://home.ustc.edu.cn/~lipai/index.html）上的converg.sh进 ...

借楼请问一下前辈，计算某原子在特定表面的扩散能垒时应该如何确定初末态呢？我初步的想法是从一个全局最小点到相邻的另一个全局最小点，穷举可能的路径并计算，但是看到文献里同一个表面的计算路径各不相同，而且结果差距很大，不知道有没有什么经验可以指导？

作者
Author: QH1995 时间: 2022-6-10 13:01

Daisy_zju 发表于 2022-6-9 22:51
借楼请问一下前辈，计算某原子在特定表面的扩散能垒时应该如何确定初末态呢？我初步的想法是从一个全局最 ...

就我的了解来说（可能比较局限），初末态的结构肯定是要全局的最小点，但是穷举法确实很费时间而且还不一定能穷举完。像高斯计算小分子结构（非晶胞结构）可以势能面扫描，这样是可以筛选出最小点的。但是VASP计算晶体类型的表面结构需要考虑的就很多了，比如晶面切面，晶面位点，吸附分子的构型（比如CO的O-down或C-down），穷举法不太现实。所以我一般是看文献里提供的模型，先总结出几个比较适合自己的初末态结构，然后计算反应势垒，选择能垒比较低的路径作为研究对象，然后后续的工作都是在类似的基础上开展的。另外，复旦刘智攀老师开发的LASP的SSW算法理论上也是可以算出来整个势能面上的最小点的，有兴趣可以了解下

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-6-10 15:46

QH1995 发表于 2022-6-10 13:01
就我的了解来说（可能比较局限），初末态的结构肯定是要全局的最小点，但是穷举法确实很费时间而且还不一 ...

感谢前辈的耐心回答！我现在有个新的想法，因为NEB的路径随机性太强了，不知道用AIMD计算再比对扩散系数合理嘛？还是说原子在固体表面的扩散能垒不能用AIMD计算？（因为无法保证原子一直在表面？）

作者
Author: QH1995 时间: 2022-6-10 19:32

Daisy_zju 发表于 2022-6-10 15:46
感谢前辈的耐心回答！我现在有个新的想法，因为NEB的路径随机性太强了，不知道用AIMD计算再比对扩散系数 ...

我目前的研究还不涉及AIMD的计算，所以这个我也不太清楚哈

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-6-10 20:20

QH1995 发表于 2022-6-10 19:32
我目前的研究还不涉及AIMD的计算，所以这个我也不太清楚哈

好的好的，谢谢前辈的指导！

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