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标题: 求助：每次跑gmx先annealing有意义吗 [打印本页]

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Author: FrancisLi 时间: 2022-6-9 10:45
标题: 求助：每次跑gmx先annealing有意义吗
本帖最后由 FrancisLi 于 2022-6-9 10:46 编辑

各位老师好！我直接用组里师兄的mdp文件，发现他跑的时候都会先single annealing一下，把packmol生成的结构从高温慢慢降到模拟温度再跑，请问这样做有意义吗？感谢各位老师！

;annealing = single
;annealing-npoints = 6
;annealing-time = 0 1000 2000 3000 4000 5000
;annealing-temp = 650 625 600 550 500 460

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Author: sobereva 时间: 2022-6-9 11:14
怎么跑完全看具体体系具体目的，没细节问这种问题没意义。顶多能告诉你这不是普适性和普遍需要的做法，而且一上来温度拉那么高还容易崩

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Author: 牧生 时间: 2022-6-9 11:17
本帖最后由牧生于 2022-6-9 11:18 编辑

annealing的目的是为了使得分子构象达到更合理的状态，很多文献都有提到 annealing，我自己也在用annealing。

但我觉得必要性不是很大，常用的温浴 V-rescale挺好的，我一般所用的温度也就是常温。

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-6-9 13:41

sobereva 发表于 2022-6-9 11:14
怎么跑完全看具体体系具体目的，没细节问这种问题没意义。顶多能告诉你这不是普适性和普遍需要的做法，而且 ...

感谢sob老师解答！

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Author: FrancisLi 时间: 2022-6-9 13:42

牧生发表于 2022-6-9 11:17
annealing的目的是为了使得分子构象达到更合理的状态，很多文献都有提到 annealing，我自己也在用annealin ...

感谢老师！那看来直接注释了得了哈哈哈

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Author: Acee 时间: 2022-6-10 09:03
我觉得对于一些在意自组装体系构象的问题，做annealing还是很有意义的。

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Author: FrancisLi 时间: 2022-6-10 12:05

Acee 发表于 2022-6-10 09:03
我觉得对于一些在意自组装体系构象的问题，做annealing还是很有意义的。

啊！没错！我们就是做自组装的！请问大佬，为什么自组装做annealing比较有意义？是因为能降低构象卡在局域最小值的可能性吗？

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Author: Acee 时间: 2022-6-11 13:47

FrancisLi 发表于 2022-6-10 12:05
啊！没错！我们就是做自组装的！请问大佬，为什么自组装做annealing比较有意义？是因为能降低构象卡在局 ...

是的，便宜来说，自组装体系可以用annealing来搜索构象。当然，更准确的的就是用卢老师molclus调用一些量化程序搜索

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Author: FrancisLi 时间: 2022-6-12 03:26

Acee 发表于 2022-6-11 13:47
是的，便宜来说，自组装体系可以用annealing来搜索构象。当然，更准确的的就是用卢老师molclus调用一些量 ...

好滴！感谢大佬解答！

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