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标题: Molclus跑100个构象成功了52个失败了48个，我可以把失败的那48个直接抛弃掉不管吗？ [打印本页]

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 15:39
标题: Molclus跑100个构象成功了52个失败了48个，我可以把失败的那48个直接抛弃掉不管吗？
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-9 16:20 编辑

Lu老师和各位小伙伴们：
你们好！
我在用Molclus对Genmer产生的100个构象进行构象优化（Opt）时，我的template.gjf和template2.gjf用的都是PM7方法，在template2.gjf中加了有助于收敛的关键词"opt(maxstep=5,notrust,maxcyc=150,gdiis) scf=xqc"，我的条件都放宽到这步田地了，但是在跑Molclus跑完后，我去看isomers.xyz文件，里边只有构象2，3，4，6，7，10，15，18，19，21，22，23，24，27，28，30，35，37，39，41，42，43，44，46，47，50，51，57，59，60，61，62，63，65，66，67，70，71，73，74，75，78，79，80，81，83，84，87，89，92，95，98这52个构象成功跑了出来，剩余的48个构象跑失败了所以未能成功写入isomers.xyz文件。我就开始琢磨：是不是未跑成功的那48个构象本来就很离谱，在逻辑上反常理，本就不应该存在，所以我接下来能不能直接将其抛弃掉不管，只要我isomers.xyz里边成功跑出来的52个构象，然后拿去找isostat.exe帮我排序？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-9 15:55
先随机抽查几个失败的输出文件，看看失败原因。
有可能是可以抛弃的，但是不经调查失败原因就抛弃是绝对不行的

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 16:15

wzkchem5 发表于 2022-6-9 15:55
先随机抽查几个失败的输出文件，看看失败原因。
有可能是可以抛弃的，但是不经调查失败原因就抛弃是绝对不 ...

昂昂明白啦老师。我看了下Molclus窗口里那48个未跑成功的构象的原因，都是同一个原因：
Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed because number of allowed steps is exceeded
Generate new gau.gjf with the last unconverged geometry based on template2.gjf
Note: Unable to locate "Input orientation" field, try to load standard orientation instead
Running Gaussian: "D:\WORK\GAUSSIAN16\G16W\g16.exe" gau.gjf gau.out
Error: Optimization did not normally finish!
The optimization failed because number of allowed steps is exceeded
template3.gjf was not found in current folder! "igaucontinue=1" option is ignor
ed
The gau.out has been backed up to gau00100.out
The gau.chk has been backed up to gau00100.chk
Wall clock time elapsed for calculating this configuration: 749 s
Deleting gau.gjf gau.out gau.chk gxx.* *.d2e *.rwf *.int *.skr
接着又打开未跑成功的构象100的gau00100.out文件看了下，错误原因如下：
Error termination request processed by link 9999.
那么接下来我该如何抉择呢老师？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-9 16:23

ReviewReview 发表于 2022-6-9 09:15
昂昂明白啦老师。我看了下Molclus窗口里那48个未跑成功的构象的原因，都是同一个原因：
Error: Optimiz ...

挑一个没跑成功的构象，看看能量、RMS梯度随结构优化步数的变化，是振荡还是单调下降？如果是振荡，振荡幅度多少？优化的最后一帧结构是否合理？

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-6-9 17:26
我其实有点好奇，PM7这种半经验方法这么容易报错吗，电荷和自旋多重度有没有设对？另外，link9999报错的话我猜都是因为从一个离稳态很远的结构开始跑，导致优化到了最大步数了，这种情况更应该把步长调大吧，你反而调小了。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 17:37

wzkchem5 发表于 2022-6-9 16:23
挑一个没跑成功的构象，看看能量、RMS梯度随结构优化步数的变化，是振荡还是单调下降？如果是振荡，振荡 ...

哦哦好的老师。事情来龙去脉是这样的：
   1）最开始我把settings.ini里的igaucontinue设为1，意思是调用template2.gjf，template2.gjf里的关键词为"opt(maxstep=5,notrust,maxcyc=80,gdiis) scf=xqc"，意思是最大收敛步数为80，然后开始跑Molclus；
   2）接下来带我的师妹过来瞅了一眼，说道："最大收敛步数设置为80太少太少了，比她印象中的常见收敛步数少太多。"，我听了之后就把settings.ini里的igaucontinue设为0，意思是不调用template2.gjf，也就是不干涉Molclus的最大收敛步数让Molclus自由自在地跑，可是从Molclus的窗口信息看，构象1未收敛，构象2未收敛，构象3未收敛，构象4未收敛，构象5未收敛，构象6未收敛，构象7未收敛。。。然后我就受不了了，去问师妹，她告诉我用GaussView把跑失败了的构象的out文件打开，看看它的收敛步数以及是否发生能量震荡，我打开以后，发现曲线从第1步到第105步一直在平滑下降越来越平缓，曲线很漂亮，但是在105步到以后的那一段曲线发生了剧烈震荡，然后师妹告诉我"你还是得把settings.ini里的igaucontinue设为1来调用template2.gjf来帮助收敛"，所以我根据刚才对out文件的诊断，决定把最大收敛步数设为>105的某个值，为了保险起见我把最大收敛步数设为了150，所以此时template2.gjf里的关键词就变成了"opt(maxstep=5,notrust,maxcyc=150,gdiis) scf=xqc"，然后把settings.ini里的igaucontinue设为1来调用template2.gjf来帮助收敛；
   3）在做了以上修改后，Molclus跑了一夜加一上午终于跑完了，100个构象成功了52个失败了48个，然后下午师妹没来，所以就来这里发帖问您，您也让我用GaussView打开跑失败了的构象的out文件看收敛步数和是否能量震荡，我刚看完了，把情况向您汇报一下：跑失败了的构象，有的最大帧数是32有的最大帧数是107有的最大帧数是150，但是这次都是单调下降未发生能量震荡。
      学生期待您的声音！

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 17:45

wudiazhu 发表于 2022-6-9 17:26
我其实有点好奇，PM7这种半经验方法这么容易报错吗，电荷和自旋多重度有没有设对？另外，link9999报错的话 ...

跑Molclus时，traj.xyz文件里没有电荷和自旋多重度的设置啊。。我的maxstep设置的5，您觉得设多少合适呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-9 17:52

ReviewReview 发表于 2022-6-9 10:37
哦哦好的老师。事情来龙去脉是这样的：
1）最开始我把settings.ini里的igaucontinue设为1，意思 ...

分子有多少个原子？
另外，为什么不用高斯默认的最大优化步数？

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 18:30
我把我的Molclus的输入文件+输出文件+MolclusWindow文件放在百度网盘里（链接：https://pan.baidu.com/s/1v1I0bKWbJqEOcGfcHcRsng；提取码：1111），方便大家查阅。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 18:38
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-9 18:39 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-9 17:52
分子有多少个原子？
另外，为什么不用高斯默认的最大优化步数？

分子有68个原子。关于您的提问"为什么不用高斯默认的最大优化步数？"，我在我原问题的第2）部分里有写原因："2）接下来带我的师妹过来瞅了一眼，说道："最大收敛步数设置为80太少太少了，比她印象中的常见收敛步数少太多。"，我听了之后就把settings.ini里的igaucontinue设为0，意思是不调用template2.gjf，也就是不干涉Molclus的最大收敛步数让Molclus自由自在地跑，可是从Molclus的窗口信息看，构象1未收敛，构象2未收敛，构象3未收敛，构象4未收敛，构象5未收敛，构象6未收敛，构象7未收敛。。。然后我就受不了了，去问师妹，她告诉我用GaussView把跑失败了的构象的out文件打开，看看它的收敛步数以及是否发生能量震荡，我打开以后，发现曲线从第1步到第105步一直在平滑下降越来越平缓，曲线很漂亮，但是在105步到以后的那一段曲线发生了剧烈震荡，然后师妹告诉我"你还是得把settings.ini里的igaucontinue设为1来调用template2.gjf来帮助收敛"，所以我根据刚才对out文件的诊断，决定把最大收敛步数设为>105的某个值，为了保险起见我把最大收敛步数设为了150，所以此时template2.gjf里的关键词就变成了"opt(maxstep=5,notrust,maxcyc=150,gdiis) scf=xqc"，然后把settings.ini里的igaucontinue设为1来调用template2.gjf来帮助收敛；"，大致意思就是说不用template2.gjf干涉高斯的最大收敛步数，让高斯自由自在地跑，然后发现构象1未收敛，构象2未收敛，构象3未收敛，构象4未收敛，构象5未收敛，构象6未收敛，构象7未收敛。。。我有些受不了了才重新调用template2.gjf来帮我收敛。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-9 19:18

ReviewReview 发表于 2022-6-9 11:38
分子有68个原子。关于您的提问"为什么不用高斯默认的最大优化步数？"，我在我原问题的第2）部分里有写原 ...

我说的默认收敛步数不是说设为80，而是不设，让高斯自己决定。
http://gaussian.com/opt/ 这里写了，默认的最大收敛步数是内坐标数的2倍，如果不足20的话就是20。而内坐标的数目至少是 3*原子数-6。所以对于你的分子，高斯默认的步数至少也得是3*68-6=198，也就是说设成200步左右才是合理的，你设成哪怕150都是偏少了。
如果你设的80、150是参考其他体系设的话，一定要注意那些体系的原子数是多少。原子数不同的情况下，最大迭代步数是不能简单借用的，原子数越多maxcycle就要设得越大，不能因为以前你们组（或者文献，又或者molclus自带的算例）研究一个小体系设了80步，你就也设80步。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 19:40

wzkchem5 发表于 2022-6-9 19:18
我说的默认收敛步数不是说设为80，而是不设，让高斯自己决定。
http://gaussian.com/opt/ 这里写了，默 ...

嗯嗯好的谢谢老师。那我就按您说的不设最大收敛步数，把关键词maxcyc去掉但保留其他有助于收敛的关键词再跑跑看。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-9 19:48

ReviewReview 发表于 2022-6-9 12:40
嗯嗯好的谢谢老师。那我就按您说的不设最大收敛步数，把关键词maxcyc去掉但保留其他有助于收敛的关键词再 ...

对，不过其实其他帮助收敛的关键词也可以先去掉，那些关键词主要是解决振荡问题的。尤其是maxstep，只有出现振荡的时候，把maxstep设小才有用，否则把maxstep设小搞不好反倒会增加迭代步数。建议去高斯官网上查一下maxstep的原理，了解为什么是这样的，必须了解一个关键词的原理才能用这个关键词，不能只听别人说这个关键词对于解决不收敛问题有用，就盲目地加，那样的话你做出来的计算没人信。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 20:41

wzkchem5 发表于 2022-6-9 19:48
对，不过其实其他帮助收敛的关键词也可以先去掉，那些关键词主要是解决振荡问题的。尤其是maxstep，只有 ...

昂昂记住啦老师。我其实当时也尝试过把template2.gjf文件给禁用了，只调用template.gjf文件，template.gjf文件里的关键词是这样写的"# PM7 opt=cartesian"，但是Molclus开跑后窗口信息是Configuration1未收敛，Configuration2未收敛，Configuration3未收敛，Configuration4未收敛，Configuration5未收敛，Configuration6未收敛，Configuration7未收敛......用GaussView打开out文件发现105步以后出现剧烈震荡。。。我当时就觉得这样下去不行，就给停掉了，然后重新调用了写有很多帮助收敛关键词的template2.gjf文件重新跑的Molclus。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-9 21:18

ReviewReview 发表于 2022-6-9 13:41
昂昂记住啦老师。我其实当时也尝试过把template2.gjf文件给禁用了，只调用template.gjf文件，template.gj ...

如果不加cartesian，结果如何？cartesian也是大部分时候反而让迭代次数增加，只有少部分情况下是有益的，不应该一上来就加。具体看https://mattermodeling.stackexch ... imization/5036#5036

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-9 21:22

wzkchem5 发表于 2022-6-9 21:18
如果不加cartesian，结果如何？cartesian也是大部分时候反而让迭代次数增加，只有少部分情况下是有益的， ...

最开始没加cartesian，然后Molclus窗口提示说三个原子共线，然后带我的师妹就说关键词"opt=cartesian"可以解决该问题，然后我就加了cartesian重跑的Molclus。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-10 07:16
我建议，你先手动用Gaussian优化一些分子团簇体系（比如乙醇和丙氨酸的二聚体），稍微积累点这类体系的计算经验，碰到问题多去搜论坛过往的帖子，而且这些文章都应当先好好看看：
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

你最近问的一多半molclus使用问题其实纯粹是缺乏Gaussian计算分子复合物体系的常识，有这些常识自然就能顺利用molclus

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-10 10:35

sobereva 发表于 2022-6-10 07:16
我建议，你先手动用Gaussian优化一些分子团簇体系（比如乙醇和丙氨酸的二聚体），稍微积累点这类体系的计算 ...

哦哦，谢谢Sober老师指点，我这就按您的意思去学习。

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