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标题: 基于python中MDAnalysis库的氢键统计教程 [打印本页]

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-6-9 22:16
标题: 基于python中MDAnalysis库的氢键统计教程
这次简单做了一个和氢键分析有关的教程，教程中主要包括以下内容：1.python3和MDAnalysis的安装
2.MDAnalysis中HydrogenBondAnalysis函数中氢键有关的概念、定义及函数使用方法
3.如何结合具体的模拟实例，灵活地进行氢键分析。如氢键占有率的计算，氢键平均Donar-Acceptor距离，平均键角的计算，如何寻找配体与蛋白特定残基之间的氢键等。

教程视频由OBStudio录制，发表于Bilibili视频站，全长46分钟。
视频BV：BV1U5411D7Tr

希望可以帮助到大家，如果有任何有关问题可以在论坛或者B站视频下面给我留言。

作者
Author: 风起~ 时间: 2022-6-10 12:04
谢谢
最近好多人分享好东西

作者
Author: AiYuqing22 时间: 2022-6-24 15:22
谢谢老师！有个问题想请教一下，我计算仲胺与溶质磷酸之间的氢键报错IndexError: index 0 is out of bounds for axis 0 with size 0；搜索后得到这个报错的信息大概是生成的列表为空值；我的问题是，MDAnalysis中HydrogenBondAnalysis函数中对氢键的定义没有局限在O原子间吧？（因为之前用的其他软件有bug，无法计算O原子外的其他原子作为给体）我可以认为python这个报错是说明我计算的给体和受体之间没有形成氢键吗？请老师指教一下。

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