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标题: 求助gromacs2019版本无法成功调用charmm36力场 [打印本页]

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Author: zhijiu 时间: 2022-6-11 16:32
标题: 求助gromacs2019版本无法成功调用charmm36力场
本帖最后由 zhijiu 于 2022-6-11 16:43 编辑

当我使用低版本的gromacs例如gromacs4.5.3，输入pdb文件，可以产生正确的gro和top文件，我用的是gromacs里的pdb2gmx指令。但当我用2018.1版本时，同样的pdb，显示的结果是Residue 'DC5' not found in residue topology database. 或者是atom N not found in buiding block 1DC while combining tdb and rtp.
我用charmm27的结果也是一样，这是什么原因造成的？我需要采取什么措施才能在gromacs2019中成功调用charmm36力场

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-11 17:22
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: zhijiu 时间: 2022-6-11 21:05
本帖最后由 zhijiu 于 2022-6-12 00:08 编辑

sobereva 发表于 2022-6-11 17:22

老师，您好，我将charmm27力场目录下的dna.arn内容复制到charmm36的merged.arn文件中后，仍然有报错“Atom H5'1 in residue DC5 1 was not found in rtp entry DC5 with 29 atoms"
这个问题该如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-13 20:25

zhijiu 发表于 2022-6-11 21:05
老师，您好，我将charmm27力场目录下的dna.arn内容复制到charmm36的merged.arn文件中后，仍然有报错“Ato ...

pdb2gmx带上-ignh

作者
Author: zhijiu 时间: 2022-6-15 21:21
好的，谢谢老师

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Author: 5撇到3撇 时间: 2022-10-20 00:21

sobereva 发表于 2022-6-11 17:22

sob老师您好，我使用这个力场的时候也是类似这样的报错，但是是 atom C1 not found in buiding block 1MET while combining tdb and rtp, 可以根据pdb里的结构来选择ter吗？选择5ter，3ter还是会报错。

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