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标题: MOPAC的安装方法 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-21 06:58
标题: MOPAC的安装方法

MOPAC的安装方法

Installation method of MOPAC

文/Sobereva@北京科音
First release: 2014-Nov-21 Last update: 2022-Jul-20

0 前言

MOPAC的安装极为简单，自带的说明已经写得很清楚，但还是经常见到有初学者问，这里就再说说。不熟悉MOPAC的话先看看《大体系弱相互作用计算的解决之道》（http://sobereva.com/214）里面的介绍。

先去http://openmopac.net/Download_MOPAC_Executable_Step2.html下载程序。Windows版就下载页面上最新的即可。Linux版建议下载“Download 64-bit MOPAC2016 for LINUX”（不要下载Latest open-source release下面的Linux版，否则安装时需要图形库，麻烦得很）。此页面里还有GPU版，加速效果很有限，可以无视。

.mop后缀的文件是MOPAC的输入文件，这里提供一个用PM6计算水分子的mop文件用于大家测试：http://sobereva.com/attach/262/H2O.mop。

顺带一提，用Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）程序可以非常方便地创建MOPAC的输入文件。启动Multiwfn，载入xyz/pdb/gjf/fch/mol/mol2/mwfn等等含有结构信息的文件（详情看《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》http://sobereva.com/379），然后进入主功能100的子功能2，再选14，然后输入要产生的MOPAC输入文件路径，再选一个理论方法如PM7，就得到输入文件了，非常简单。在选择理论方法之前还可以用屏幕上的其它选项设置是否用溶剂模型、是否冻结原子、要做的任务之类。

1 Windows版MOPAC的安装方法

运行Windows版.exe安装文件，一直点下一步即可。所有设置，包括安装目录，都用默认的。

MOPAC在Windows下的使用方法：双击mop文件，操作系统如果问你选择用什么程序执行，就选MOPAC。MOPAC算完后会自动关闭窗口（如果一瞬间就关闭了，说明一瞬间就算完了，不是出错）。之后在当前目录下会出现与mop文件同名的其它文件，其中带.out后缀的就是输出文件，用文本编辑器打开即可查看结果。.arc是archive文件，

在Windows下也可以用命令行方式运行。进入命令行模式，输入MOPAC H2O.mop即可运行。

2 Linux版MOPAC2016安装方法

比如想装到/sob/MOPAC2016下面，就把压缩包解压到这里，然后在自己的用户主目录下的.bashrc文件末尾添加
export MOPAC_LICENSE=/sob/MOPAC2016
export PATH=$PATH:/sob/MOPAC2016
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/MOPAC2016
之后重新进入终端使上述环境变量设置生效。然后运行chmod +x /sob/MOPAC2016/*给此目录下面的文件都加上可执行权限。

MOPAC在Linux下的使用方法：比如要就是yohane.mop，就输入MOPAC2016.exe yohane.mop。会在同目录下得到.out、.arc等文件。

作者
Author: lao7 时间: 2015-1-28 13:13
本帖最后由 lao7 于 2015-1-28 13:27 编辑

请问，路径下MOPAC2012这个名字是指可执行文件还是建立的文件夹？我怎么运行起来出现Command not Found

已经搞定，谢谢！

作者
Author: 熊琳 时间: 2018-11-6 13:35

lao7 发表于 2015-1-28 13:13
请问，路径下MOPAC2012这个名字是指可执行文件还是建立的文件夹？我怎么运行起来出现Command not Found

...

刚刚试了，应该是可执行文件。我安装的是MOPAC2016版本，运行命令是MOPAC2016.exe *mop.

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-18 15:51
Sob老师，MOPAC2016装不上？这是什么原因

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-19 00:27

欢乐多发表于 2019-5-18 15:51
Sob老师，MOPAC2016装不上？这是什么原因

输入文件.mop文件里根本就没原子

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-19 12:39
本帖最后由欢乐多于 2019-5-19 13:23 编辑

sobereva 发表于 2019-5-19 00:27
输入文件.mop文件里根本就没原子

经过再次尝试，修改settings.ini，MOPAC可行,谢谢sob老师!

作者
Author: pcxlm1 时间: 2019-7-6 16:40
请教sob老师，Lunux centOS7版本的MOPAC2016, 出现错误MOPAC2016.exe:error while loading shared libraries:libiop5.so:can not open shared object file:No such file or directory

是怎么回事？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-6 17:25

pcxlm1 发表于 2019-7-6 16:40
请教sob老师，Lunux centOS7版本的MOPAC2016, 出现错误MOPAC2016.exe:error while loading shared librarie ...

注意拼对Linux

MOPAC没装对，仔细看
MOPAC2012安装方法
http://sobereva.com/262（http://bbs.keinsci.com/thread-303-1-1.html）
你肯定是没设对LD_LIBRARY_PATH

作者
Author: pcxlm1 时间: 2019-7-8 16:09

sobereva 发表于 2019-7-6 17:25
注意拼对Linux

MOPAC没装对，仔细看

多谢老师指点，Library路径错了，问题已经解决了

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-23 22:56
老师，我按步骤操作完毕后把data set文件拖过去后显示找不到dll文件是怎么回事啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 15:42

Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-23 22:56
老师，我按步骤操作完毕后把data set文件拖过去后显示找不到dll文件是怎么回事啊？

我不知道你说的data set文件是什么
如果是mop文件，没法正常计算，看具体是什么dll文件找不到。如果没装在默认路径下，装默认路径。

作者
Author: rainy 时间: 2020-5-28 00:05
老师，我按照步骤操作之后 Graphic1底部显示如下：（不会上传图片请见谅）
The file：
“C:\program files\mopac\password for MOPAC2016”
cannot be created - check permissions
For instructions,see :http……
求教为什么会读取不了秘钥

作者
Author: snljty 时间: 2020-5-28 07:23

rainy 发表于 2020-5-28 00:05
老师，我按照步骤操作之后 Graphic1底部显示如下：（不会上传图片请见谅）
The file：
“C:\program fil ...

不是读取不了，是没有权限写密码文件。Windows下普通用户默认没有权限对C:\Program Files下递归各种文件进行写的操作。
要么你用Administrator身份进命令行注册一下，要么干脆更改这个文件夹(MOPAC2016)的权限。后者操作细节和你是Win7还是Win10还是别的有关，但是大同小异，上网搜一下就能找到。

作者
Author: rainy 时间: 2020-5-30 00:15

snljty 发表于 2020-5-28 07:23
不是读取不了，是没有权限写密码文件。Windows下普通用户默认没有权限对C:\Program Files下递归各种文件 ...

感谢回复问题已解决

作者
Author: shuifangren 时间: 2020-7-6 09:08
老师，我的总报错：
MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: symbol kmp_aligned_malloc, version VERSION not defined in file libiomp5.so with link time reference
Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed
在另一个集群上安装是可以正常运行的，请问是什么原因呢？谢谢老师~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-6 12:10

shuifangren 发表于 2020-7-6 09:08
老师，我的总报错：
MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: symbol kmp_aligned_malloc, versi ...

可能是当前机子里有其它程序带的的libiomp5.so，和MOPAC用的版本不符。把MOPAC的目录放到LD_LIBRARY_PATH环境变量开头再试，使此目录搜索的优先级更高

作者
Author: shuifangren 时间: 2020-7-6 13:19

sobereva 发表于 2020-7-6 12:10
可能是当前机子里有其它程序带的的libiomp5.so，和MOPAC用的版本不符。把MOPAC的目录放到LD_LIBRARY_PATH ...

sob老师，我不确定我的理解对不对，在~/.bashrc的开头改为：
# MOPAC
export PATH=$PATH:/home/applic/MOPAC2016
export MOPAC_LICENSE=/home/applic/MOPAC2016
export LD_LIBRARY_PATH=/home/applic/MOPAC2016:$LD_LIBRARY_PATH
会报同样的错。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-7 04:51

shuifangren 发表于 2020-7-6 13:19
sob老师，我不确定我的理解对不对，在~/.bashrc的开头改为：
# MOPAC
export PATH=$PATH:/home/applic ...

没错
改过后重新进入终端

作者
Author: shuifangren 时间: 2020-7-8 08:24

sobereva 发表于 2020-7-7 04:51
没错
改过后重新进入终端

谢谢sob老师的回复，
重新进入终端还是相同的报错
“MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: symbol kmp_aligned_malloc, version VERSION not defined in file libiomp5.so with link time reference
Cannot found MOPAC.arc, the task may be failed”

作者
Author: weng 时间: 2020-7-29 17:09
老师您好。请问mopac怎么并行运算呢？
我设置了OMP_NUM_THREADS=12，然后运行mopac test。发现只有单线程在跑。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-30 02:59

weng 发表于 2020-7-29 17:09
老师您好。请问mopac怎么并行运算呢？
我设置了OMP_NUM_THREADS=12，然后运行mopac test。发现只有单线程 ...

threads=n关键词代表用n线程并行

作者
Author: jingetiema6112 时间: 2020-11-7 11:26

rainy 发表于 2020-5-28 00:05
老师，我按照步骤操作之后 Graphic1底部显示如下：（不会上传图片请见谅）
The file：
“C:\program fil ...

你好，我也遇到了同样的问题，请问如何解决的？

作者
Author: 妙角不脆 时间: 2021-11-8 16:25
sob老师好，向您请教两个问题。

1.我这边下载安装MOPAC的时候似乎已经不提示需要Lisence了，是不是Lisence现在对于MOPAC已经是过去式了？

2.我按照现在官方网站的压缩包中Installation instructions的指导进行操作，并未按预期跳出Graphic1窗口，相反直接程序迅速就崩溃了。进而在双击任何MOP文件，也是瞬间崩溃，想向您请教应怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 23:52

妙角不脆发表于 2021-11-8 16:25
sob老师好，向您请教两个问题。

1.我这边下载安装MOPAC的时候似乎已经不提示需要Lisence了，是不是Lisen ...

1 是
2 不是崩溃，那是算完了。当前目录下应该出现了与mop同名的out文件，那就是输出文件

作者
Author: 妙角不脆 时间: 2021-11-9 11:05

sobereva 发表于 2021-11-8 23:52
1 是
2 不是崩溃，那是算完了。当前目录下应该出现了与mop同名的out文件，那就是输出文件

已经顺利找到输出文件了，感谢sob老师解答。

作者
Author: zhangxinxin360 时间: 2021-12-30 13:35
Sob老师好，我按照老师撰写的帖子“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具”去搜索多巴胺构象。通过Molclus调用MOPAC运行时出错，显示“Cannot found MOPAC.arc”, the task may be failed. MOPAC是2016版，安装的方法也按照sob老师说的方法安装到windows10中。图片如下，麻烦sob老师看一下可能的原因是什么，谢谢sob老师。

作者
Author: zhangxinxin360 时间: 2021-12-30 16:05
sob老师后，发完帖子也一直再琢磨这个事情。在sob老师发的帖子“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具”中通过Molclus调用MOPAC基于PM7关键词优化多巴胺的结构，在设置template.mop时，因为下载sob老师的Molclus时，template.mop原有的关键词是PM6-DH + precise，那么再更换PM7时，应写成sob老师帖子中的样子PM7 precise，而不是PM7 + precise。如果写成后者再通过Molclus调用MOPAC优化构象时，就会出现26楼我遇到的那个问题。

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-30 16:12

zhangxinxin360 发表于 2021-12-30 16:05
sob老师后，发完帖子也一直再琢磨这个事情。在sob老师发的帖子“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具 ...

原来的关键词是PM6-DH+不是PM6-DH +，看清有没有空格。PM6-DH+是一个专门的半经验方法的名字，加号是这个名字里的。软件基本关键词建议到官网http://openmopac.net/manual/index.html的keywords页面稍微看一下。

作者
Author: tao 时间: 2023-12-9 10:21

shuifangren 发表于 2020-7-8 08:24
谢谢sob老师的回复，
重新进入终端还是相同的报错
“MOPAC2016.exe: relocation error: MOPAC2016.exe: ...

你好，我遇到同样的问题，请问你这个问题是否解决？如何解决的？谢谢。

作者
Author: mizu-bai 时间: 2023-12-9 17:38

tao 发表于 2023-12-9 10:21
你好，我遇到同样的问题，请问你这个问题是否解决？如何解决的？谢谢。

如果你愿意试试最新版本的 MOPAC 的话，可以参考一下我写的编译安装教程 http://bbs.keinsci.com/thread-41935-1-1.html

作者
Author: tao 时间: 2023-12-9 21:39

mizu-bai 发表于 2023-12-9 17:38
如果你愿意试试最新版本的 MOPAC 的话，可以参考一下我写的编译安装教程 http://bbs.keinsci.com/thread- ...

谢谢，我试了一下还是出现这个问题，应该是系统当中的问题，我在centos8上测试没问题。还是非常感谢。

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