计算化学公社

标题: 求助，模拟时盒子和体系发生变形 [打印本页]

作者
Author: gkg 时间: 2022-6-13 10:28
标题: 求助，模拟时盒子和体系发生变形
为了使截面为六边形的冰模型有完美的周期性，我设置了这样的周期性盒子。结果用gromacs不论是跑最小化还是nvt，都会变成第二张图的情况，截面变形成矩形，盒子角度也发生了变化，图三是nvt参数设置。请问各位老师，怎么让模型和盒子形状模拟的时候保持不变呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-13 15:09
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: gkg 时间: 2022-6-14 18:42

sobereva 发表于 2022-6-13 15:09

非常感谢sob老师，已经修正好了。另外请问，gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-14 18:43

gkg 发表于 2022-6-14 18:42
非常感谢sob老师，已经修正好了。另外请问，gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

我的签名里明确给了链接
http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

作者
Author: swagger 时间: 2025-9-20 23:51

gkg 发表于 2022-6-14 18:42
非常感谢sob老师，已经修正好了。另外请问，gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

你好，按照上述命令我尝试了，最后使用vmd查看修正的盒子还是斜着的，还请大佬赐教

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)