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标题: Gaussian 优化阳离子结构求助 [打印本页]

作者
Author: LIFzhou 时间: 2022-6-13 14:04
标题: Gaussian 优化阳离子结构求助
请教各位老师，我在计算阳离子结构时遇到这个问题：该离子的中性分子有12个conformer,我想计算这个最稳定的conformer的阳离子结构，进而进行振动分析，我用最稳定conformer坐标作为阳离子的初始input 构型进行优化，发现优化出来的结构与中性分子相去甚远，这个是否不正常，理论上中性分子和阳离子构型应该不会相差这么多。如果不正常，请问正确进行阳离子结构优化的步骤是什么。此外，离子结构优化后进行的anharmonic振动分析也出现了下面的错误：
“ERROR: Unable to find a satisfactory overlap for state |9(2)>”
“Error termination via Lnk1e in C:\Program Files (x86)\G16\G16W\l717.exe at Sat Jun 11 23:18:17 2022.”

作者
Author: RAL 时间: 2022-6-13 14:51
你确定你要研究的对象是你算的阳离子自由基，而不是质子化或者给出孤对电子的阳离子吗

作者
Author: LIFzhou 时间: 2022-6-13 15:07

RAL 发表于 2022-6-13 14:51
你确定你要研究的对象是你算的阳离子自由基，而不是质子化或者给出孤对电子的阳离子吗

谢谢回复。我要研究的是分子电离之后形成阳离子的结构变化，并不是自由基。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-13 15:11

LIFzhou 发表于 2022-6-13 08:07
谢谢回复。我要研究的是分子电离之后形成阳离子的结构变化，并不是自由基。

分子电离后形成阳离子，那要么原来的分子是自由基，要么电离后的阳离子是自由基。
注意一个物种是阳离子，并不妨碍它同时也是自由基。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-13 15:16
优化过程和优化中性体系没有任何差别，恰当设置净电荷和自旋多重度就完了。

上传时候别上传chk文件，不仅对回答问题没意义，而且别人没有和你相同的平台相同的Gaussian也根本打不开，白占用论坛空间。就算要传也是传fch/fchk文件。

作者
Author: LIFzhou 时间: 2022-6-13 15:22

wzkchem5 发表于 2022-6-13 15:11
分子电离后形成阳离子，那要么原来的分子是自由基，要么电离后的阳离子是自由基。
注意一个物种是阳离子 ...

学到了，谢谢回复。我计算的体系是属于后者，即电离后阳离子是自由基。

作者
Author: LIFzhou 时间: 2022-6-13 15:28

sobereva 发表于 2022-6-13 15:16
优化过程和优化中性体系没有任何差别，恰当设置净电荷和自旋多重度就完了。

上传时候别上传chk文件，不 ...

谢谢sob老师回复。我的疑惑是怎样确保优化出来的阳离子结构是最稳定构型中性分子对应的阳离子，而不是其他构型对应的阳离子，现在以最稳定的中性分子作为基础优化出来的阳离子结构变化太大，不太合理

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-13 15:37

LIFzhou 发表于 2022-6-13 08:28
谢谢sob老师回复。我的疑惑是怎样确保优化出来的阳离子结构是最稳定构型中性分子对应的阳离子，而不是其 ...

本来阳离子和中性分子的构型就不是一一对应的，有的中性分子可能并不存在同样构型的阳离子，如果一定要优化它的阳离子就会跑到其他构型，反之亦然。
你这个体系是有实验证据表明阳离子和中性分子的构型一致吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-6-13 15:37

LIFzhou 发表于 2022-6-13 15:28
谢谢sob老师回复。我的疑惑是怎样确保优化出来的阳离子结构是最稳定构型中性分子对应的阳离子，而不是其 ...

我在各位大佬之后再补充一句，中性分子和相应阳离子的构型不一定相近，例如NO2是V型的，NO2+是直线型的，当然相近的也有。

作者
Author: LIFzhou 时间: 2022-6-13 19:24

wzkchem5 发表于 2022-6-13 15:37
本来阳离子和中性分子的构型就不是一一对应的，有的中性分子可能并不存在同样构型的阳离子，如果一定要优 ...

没有实验证明。但之前计算的一个类似的体系，阳离子和中性分子构型很接近，只涉及到C-C键长变化

作者
Author: LIFzhou 时间: 2022-6-13 19:25

chands 发表于 2022-6-13 15:37
我在各位大佬之后再补充一句，中性分子和相应阳离子的构型不一定相近，例如NO2是V型的，NO2+是直线型的， ...

学到了，谢谢回复。

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