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标题: cp2k输出文件里每一项都重复输出四遍的疑问 [打印本页]

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 14:18
标题: cp2k输出文件里每一项都重复输出四遍的疑问
各位前辈，我编译了cp2k-9.1后，按照社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html提交了其中的test.inp算例，提交命令为mpirun -np 4 cp2k test.inp |tee test.out，输出文件里每一项都重复输出四遍（如图所示），但是只用cp2k test.inp |tee test.out提交的话（默认只调用一个CPU），输出结果只有一次。我想请教一下，用mpirun多核提交任务时是多核算一个任务还是每个核分别算同样的任务呢？那我这样情况是不是属于没有编译好呢？谢谢各位！

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-6-13 14:38
用 mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out 试试
你这抄作业都抄错了

作者
Author: highlight 时间: 2022-6-13 14:48
你的 cp2k 实际是 ssmp，mpirun -np 4 可不就相当于同时跑了四个一样的任务么
看清楚不同版本是咋运行的：

先测试ssmp版。将test.inp放到当前目录下，运行：cp2k.ssmp test.inp |tee test.out。输出信息会在屏幕上显示，也同时写入到了test.out里。默认情况下所有CPU核心都会被用于OpenMP并行计算，如果比如想只用4核，就先运行export OMP_NUM_THREADS=4命令然后再运行CP2K，此时运行过程中CP2K进程的CPU占用率应当在300~400%。

再测试popt版。假设用4核通过MPI方式并行，就执行：mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out。在top中看到会有4个cp2k.popt在运行，占用率皆接近100%。

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 15:07

Eudaimonia 发表于 2022-6-13 14:38
用 mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out 试试
你这抄作业都抄错了

我用alias把cp2k.popt简写了。

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 15:08

highlight 发表于 2022-6-13 14:48
你的 cp2k 实际是 ssmp，mpirun -np 4 可不就相当于同时跑了四个一样的任务么
看清楚不同版本是咋运行的： ...

可是我已经用alias把popt版本简写了诶。

作者
Author: PoorChaos 时间: 2022-6-13 15:53

876449830 发表于 2022-6-13 15:08
可是我已经用alias把popt版本简写了诶。

如果是按博文在~/.bashrc里面加入一行alias cp2k='mpirun -np 4 cp2k.popt'
你的运行命令用 cp2k test.inp |tee test.out不就好了吗

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 16:00

PoorChaos 发表于 2022-6-13 15:53
如果是按博文在~/.bashrc里面加入一行alias cp2k='mpirun -np 4 cp2k.popt'
你的运行命令用 cp2k test. ...

对的呀，但是很奇怪输出就有4遍一样的，感觉编译出问题了。

作者
Author: highlight 时间: 2022-6-13 16:24

876449830 发表于 2022-6-13 16:00
对的呀，但是很奇怪输出就有4遍一样的，感觉编译出问题了。

跟编译有啥关系
你同时跑了四个作业，还都输出到同一个文件，当然有四个输出了
你也别搞什么 alias 或改名了，直接

export OMP_NUM_THREADS=4
cp2k.ssmp test.inp |tee test.out
# 或
mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 16:35

highlight 发表于 2022-6-13 16:24
跟编译有啥关系
你同时跑了四个作业，还都输出到同一个文件，当然有四个输出了
你也别搞什么 alias ...

还是没懂诶，我用mpirun -np 4 提交同一个任务，我是想让cp2k调用多核跑一个任务呀，但是输出4遍一样的信息，这是什么鬼咯

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 16:35

highlight 发表于 2022-6-13 16:24
跟编译有啥关系
你同时跑了四个作业，还都输出到同一个文件，当然有四个输出了
你也别搞什么 alias ...

还是没懂诶，我用mpirun -np 4 提交同一个任务，我是想让cp2k调用多核跑一个任务呀，但是输出4遍一样的信息，这是什么鬼咯

作者
Author: highlight 时间: 2022-6-13 16:45
本帖最后由 highlight 于 2022-6-13 16:46 编辑

876449830 发表于 2022-6-13 16:35
还是没懂诶，我用mpirun -np 4 提交同一个任务，我是想让cp2k调用多核跑一个任务呀，但是输出4遍一样的信 ...

因为 ssmp 只是 openmp 版本，不是 mpi 版本，mpirun 时就相当于运行了完全一样且独立的四个进程啊
你输入 date 能输出一次时间，mpirun -np 4 date 是不是就输出了四个？

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-13 17:18

highlight 发表于 2022-6-13 16:45
因为 ssmp 只是 openmp 版本，不是 mpi 版本，mpirun 时就相当于运行了完全一样且独立的四个进程啊
你输 ...

懂了，感谢解答！那就是我调用的是ssmp版本的，但是我是用cp2k.popt也是一样的诶，这是怎么回事嘞？

作者
Author: highlight 时间: 2022-6-14 08:49

876449830 发表于 2022-6-13 17:18
懂了，感谢解答！那就是我调用的是ssmp版本的，但是我是用cp2k.popt也是一样的诶，这是怎么回事嘞？

那说明你的 cp2k.popt 实际指向了 ssmp，估计是 alias 或重命名时搞出岔子了
只编译一个版本就好啊，我最习惯的还是 psmp

作者
Author: abin 时间: 2022-6-14 09:17
新版本，默认编译，没有popt
实际上是指向psmp 版本的。

要么用官方提供的docker镜像，
或者使用我修改之后的镜像。
我修改的镜像，用起来很方便。

一知半解，又生搬硬套，当然会有莫名其妙的错误了。

作者
Author: 876449830 时间: 2022-6-14 09:57

highlight 发表于 2022-6-14 08:49
那说明你的 cp2k.popt 实际指向了 ssmp，估计是 alias 或重命名时搞出岔子了
只编译一个版本就好啊，我 ...

好滴，感谢！我得再重编一下了

作者
Author: Peng_ 时间: 2023-11-3 19:43

876449830 发表于 2022-6-14 09:57
好滴，感谢！我得再重编一下了

博主重新编辑解决问题了吗，我也遇到了相同的问题

作者
Author: 876449830 时间: 2023-11-6 07:50

Peng_ 发表于 2023-11-3 19:43
博主重新编辑解决问题了吗，我也遇到了相同的问题

编译有问题，重新编译一下就好。

作者
Author: Night5116 时间: 2024-4-4 01:34
想请问下您解决了吗我也遇到一样的问题了

作者
Author: 876449830 时间: 2024-4-6 09:34

Night5116 发表于 2024-4-4 01:34
想请问下您解决了吗我也遇到一样的问题了

重新编译即可

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