计算化学公社

标题: Gaussian对阿司匹林分子进行几何优化和振动分析计算时出现错误 [打印本页]

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-13 16:11
标题: Gaussian对阿司匹林分子进行几何优化和振动分析计算时出现错误
我想对阿司匹林分子进行几何优化和振动分析，在GaussView6.0中导出的gjf文件导入Gaussian09中无法计算，gif文件的具体信息和错误原因已经贴在附件里，请问是什么原因造成的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-13 16:25
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-15 10:31 编辑

（1）关键词行（#p）与标题行之间有1空行，你的文件缺了。
（2）关于Windows下G09W的2070报错，在此文中搜2070，《Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项》http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
（3）结构优化不需要加这么多弥散基函数，看《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
（4）gjf文件中那些PDBName、末尾一列L都没用，都可以删掉。

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-13 16:32

zjxitcc 发表于 2022-6-13 16:25
（1）关键词行（#p）与标题行之间有1空行，你的文件缺了。
（2）关于Windows下G09W的2070报错，在此文中搜 ...

谢谢，因为刚入门，所以有些基础的不清楚，注意不到这些问题，就是您说的第一条问题导致的，已经可以算了，谢谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-13 16:33

weifujing 发表于 2022-6-13 16:32
谢谢，因为刚入门，所以有些基础的不清楚，注意不到这些问题，就是您说的第一条问题导致的，已经可以算了 ...

可以算不等于合理的、快速的计算。尤其注意我在2L说的第（3）点

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-13 16:33

zjxitcc 发表于 2022-6-13 16:25
（1）关键词行（#p）与标题行之间有1空行，你的文件缺了。
（2）关于Windows下G09W的2070报错，在此文中搜 ...

看到文献里面加了弥散基组，仔细看过基组选择的文章，明白不需要加这么多弥散基组，我想先按着文献中的基组算一下，看自己的操作是否正确，嘿嘿嘿

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-13 20:05

weifujing 发表于 2022-6-13 16:33
看到文献里面加了弥散基组，仔细看过基组选择的文章，明白不需要加这么多弥散基组，我想先按着文献中的基 ...

计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

经常有初学者说“极化基组”、“弥散基组”，这非常不妥。那应当叫做“带极化函数的基组”、“带弥散函数的基组”。

仔细把此文看了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

分清楚gif和gjf

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-14 15:33

sobereva 发表于 2022-6-13 20:05
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1- ...

感谢社长的建议

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 09:05

sobereva 发表于 2022-6-13 20:05
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1- ...

老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)，加了D3校正，核数为2核，算了30多个小时还没有算好，是不是哪里出现了问题，CPU进程显示为0，Gaussian的运行界面停留在Nuclear repulsion after empirical dispersion term.

作者
Author: chands 时间: 2022-6-15 09:57

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

信息量不够，上输入输出文件。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-15 10:33
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-15 10:37 编辑

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

即使它还在算，因为2核太少，这体系和基组算不动，这么算下去意义也不大

另外，你还需要告诉大家你在输入文件中指定的内存大小。由于阿司匹林不涉及任何机密，因此直接上传输入、输出文件是最快的方法。

如果怀疑计算已经挂掉或者暂停了，你看看你是不是用的G09W/G16W那个图形界面做的计算（是不是误点击了暂停按钮），如果确认没有失误，CPU占用率长时间很低，那还不如停掉。

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 10:49

zjxitcc 发表于 2022-6-15 10:33
即使它还在算，因为2核太少，这体系和基组算不动，这么算下去意义也不大另外，你还需要告诉大家你 ...

谢谢老师，我换了一台电脑已经算完了，可能是电脑的问题
但是刚刚又遇到一个问题，相关HOMO-LUMO的教程中提到计算完单点能之后，在GV中打开chk文件，通过Edit中的MOs选项查看HOMO-LUMO的信息，但是我用GV6打开时时，Edit中没有MOs这一项

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-15 10:52

weifujing 发表于 2022-6-15 10:49
谢谢老师，我换了一台电脑已经算完了，可能是电脑的问题
但是刚刚又遇到一个问题，相关HOMO-LUMO的教程 ...

Tools -> MO

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 11:01

zjxitcc 发表于 2022-6-15 10:52
Tools -> MO

对不起老师，刚刚也发现自己看错了，还没来得及删除，麻烦老师解答了

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 11:50

zjxitcc 发表于 2022-6-15 10:52
Tools -> MO

老师，我想问一下GV观察HOMO-LUMO这个界面中的Isovalue, cube grid 和Add type分别是什么意思啊，需要修改吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-15 12:25

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

根本没正常计算
注意看最后一段
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-15 12:35

weifujing 发表于 2022-6-15 11:50
老师，我想问一下GV观察HOMO-LUMO这个界面中的Isovalue, cube grid 和Add type分别是什么意思啊，需要修 ...

等值面数值、格点质量、（欲）显示的轨道类型（当前显式高亮的轨道）。无需修改。

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 14:53

sobereva 发表于 2022-6-15 12:25
根本没正常计算
注意看最后一段
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

老师，几何优化和振动分析时出现如下问题：
Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.13275088D+02
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do 22 centers at a time, making 1 passes.
Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
End of G2Drv F.D. properties file 721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file 788 does not exist.
是什么意思？如何解决呀？输入文件已经附在附件里面了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-15 15:22

weifujing 发表于 2022-6-15 14:53
老师，几何优化和振动分析时出现如下问题：
Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.132750 ...

你提供的信息是正常输出，没有报错，不存在“出现如下问题”

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 16:16

zjxitcc 发表于 2022-6-15 15:22
你提供的信息是正常输出，没有报错，不存在“出现如下问题”

明白了，谢谢老师

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-15 16:17

zjxitcc 发表于 2022-6-15 12:35
等值面数值、格点质量、（欲）显示的轨道类型（当前显式高亮的轨道）。无需修改。

好的，谢谢老师

作者
Author: ra2123456 时间: 2024-4-17 20:54

weifujing 发表于 2022-6-15 09:05
老师，我想请教一下，我算阿司匹林(分子式为C9H8O4)的几何优化和振动分析时，采用的基组为6-311G(d,p)， ...

我用48个核和16g内存算了5分钟

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