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标题: 请教一下锌离子和油胺分子团簇构象问题 [打印本页]

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-13 17:48
标题: 请教一下锌离子和油胺分子团簇构象问题
各位老师好，最近我在进行6个油胺分子和一个锌离子的团簇构象搜索，发现由于氢键的作用，xtb结合molculs很难搜索出能量最低的构象， (, 下载次数 Times of downloads: 29) 所以我打算用xtb结合molculs做出油胺分子的最低能量构象，然后把它当作刚性分子用genmer搜索构象，不知道这样行不行 (, 下载次数 Times of downloads: 21) ，或者老师们能给出更好针对长链分子的团簇构象搜索方法吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-13 18:46
这个体系太柔性了，目前没有任何方法能保证得到能量最低的构象。只能搜能量比较低的构象，做Boltzmann平均，并且假设遗漏掉的能量更低的构象足够少。
此外还有一个办法是把Boltzmann平均得到的Gibbs自由能，对构象搜索的迭代次数作图，外推至迭代无穷多步的结果。参见https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2021/SC/D1SC00621E

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-13 22:25

wzkchem5 发表于 2022-6-13 18:46
这个体系太柔性了，目前没有任何方法能保证得到能量最低的构象。只能搜能量比较低的构象，做Boltzmann平均 ...

那老师现在问题是由于氢键作用，xtb很难找到靠谱的构象了，用什么软件搜构象会靠谱一些呢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-13 23:08

付之一生发表于 2022-6-13 15:25
那老师现在问题是由于氢键作用，xtb很难找到靠谱的构象了，用什么软件搜构象会靠谱一些呢

首先确定一个问题，到底是搜不到能量最低的构象，还是搜出来的能量最低的构象不合理？
如果是后者，为什么不合理？

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-14 10:47

wzkchem5 发表于 2022-6-13 23:08
首先确定一个问题，到底是搜不到能量最低的构象，还是搜出来的能量最低的构象不合理？
如果是后者，为什 ...

搜出来的构象不合理，原因是因为氢键作用，有一个配位的N离得Zn离子很远，实际情况是富溶剂条件，感觉应该是6个离Zn离子差不多距离

作者
Author: nianbin 时间: 2022-6-14 14:12
这种结构做个MD 退火跑个10ns就能得到比较隔离的结果然后再去使用xtb之类的软件去做优化

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-14 14:13

付之一生发表于 2022-6-14 03:47
搜出来的构象不合理，原因是因为氢键作用，有一个配位的N离得Zn离子很远，实际情况是富溶剂条件，感觉应 ...

初始构象里面，N都是和Zn配位的吗？

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-14 18:44

wzkchem5 发表于 2022-6-14 14:13
初始构象里面，N都是和Zn配位的吗？

并不是，模拟出来的一段轨迹基本上都有一个N在外围

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-14 19:20

付之一生发表于 2022-6-14 11:44
并不是，模拟出来的一段轨迹基本上都有一个N在外围

试试在初始构象里面人为让Zn同时和6个N配位，再做构象搜索，看看是否有一个N会自己跑开。
如果是，说明这个Zn本来就不应该6配位。注意Zn即便和NH3、H2O等配体是6配位的，也不代表和油胺是6配位的，配体位阻是有可能改变配位数的。
如果不是，那就说明是构象搜索的时间太短了，没有搜索充分。

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-14 20:38

wzkchem5 发表于 2022-6-14 19:20
试试在初始构象里面人为让Zn同时和6个N配位，再做构象搜索，看看是否有一个N会自己跑开。
如果是，说明 ...

可是老师我模拟十个油胺然后统计rdf是六配位，然后模拟六配位的时候就没法形成六配位，初始构象我设置6配位了，可是还有一个跑到另一边，像是氢键作用大于单个油胺分子结合能

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-14 20:45

付之一生发表于 2022-6-14 13:38
可是老师我模拟十个油胺然后统计rdf是六配位，然后模拟六配位的时候就没法形成六配位，初始构象我设置6配 ...

模拟10个油胺和6个油胺的时候，理论级别是一致的吗？

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-14 21:01

wzkchem5 发表于 2022-6-14 20:45
模拟10个油胺和6个油胺的时候，理论级别是一致的吗？

是的老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-14 21:05

付之一生发表于 2022-6-14 14:01
是的老师

那有可能6配位的结构就是需要第7个油胺形成氢键才能稳定存在

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-14 22:12

wzkchem5 发表于 2022-6-14 21:05
那有可能6配位的结构就是需要第7个油胺形成氢键才能稳定存在

对的老师，有没有什么好的办法又简便的办法做构像搜索，我开头说的那种找到稳定的油胺构象然后当成刚性分子来找会不会被审稿人怼

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-15 01:19

付之一生发表于 2022-6-14 15:12
对的老师，有没有什么好的办法又简便的办法做构像搜索，我开头说的那种找到稳定的油胺构象然后当成刚性分 ...

我在前面的帖子里已经说了方法了。
油胺肯定不能当作刚性分子，宁可当作柔性分子但是没有完全搜索收敛，也不能为了搜索收敛把油胺当作刚性分子。

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-6-15 08:34

wzkchem5 发表于 2022-6-15 01:19
我在前面的帖子里已经说了方法了。
油胺肯定不能当作刚性分子，宁可当作柔性分子但是没有完全搜索收敛， ...

好的谢谢老师

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