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标题: 快速绘制三原子平面自旋密度填色投影图的脚本 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2022-6-13 20:47
标题: 快速绘制三原子平面自旋密度填色投影图的脚本
本帖最后由 exity 于 2022-6-13 20:57 编辑

最近要做一批分子中的自旋密度的剖面图，写了个脚本，bash运行后输入3个原子编号来定义平面就可以，默认输出是pdf，经常需要改的参数都变量化了。
其他的参数在脚本上自己改就好，基本都进行了注释。
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#!/bin/bash

#正等值线样式定义
pls="1,0"                         #正等值线线形
plw=8                               #正等值线宽度
plc=4                               #正等值线颜色

#负等值线样式定义
nls="10,30"                         #负等值线线形
nlw=8                               #负等值线宽度
nlc=4                               #负等值线颜色

ruler="0.5 0.5 0.01"                #X Y COLOR BAR刻度间距
enablelabel=1                      #是否启用等值线上标签0=关闭 1=启用
isovaluelabel=60                   #等值线上标签高度
atomcolor=1                         #原子颜色，定义见下述注释部分
bondcolor=5                         #化学键颜色，定义见下述注释部分

echo pleas enter atom NUMBER for plane define...
echo You should type as \"1 2 3\" or \"1,2,3\". \"321\" is not acceptable. Quotes should ***NOT*** be included.
read atomlist

# 1  = Red       2  = Green
# 3  = Blue    4  = White
# 5  = Black    6  = Gray
# 7  = Cyan    8  = Yellow
# 9  = Orange    10 = Magenta
# 11 = Crimson 12 = Dark green
# 13 = Purple    14 = Brown
# 15 = Dark blue  16 = Pink

echo 4                >> tmp.mf #进入平面图绘制
echo 5                >> tmp.mf #绘制自旋密度
echo 1                >> tmp.mf #图形类型为带等值线的填色图
echo 200,200          >> tmp.mf #格点为200*200
echo 0                >> tmp.mf #以目标分子为基准的延展距离
echo 1                >> tmp.mf #延展距离为指定值
echo 4                >> tmp.mf #以三个原子定义一个平面
echo $atomlist       >> tmp.mf #原子序号
echo 1                >> tmp.mf #修改填色图的填色范围
echo -0.01,0.10       >> tmp.mf #填色范围修改为此值
echo 4                >> tmp.mf #show atom label
echo $atomcolor       >> tmp.mf #for colors
echo 8                >> tmp.mf #show bond
echo $bondcolor       >> tmp.mf #for colors
echo -3                >> tmp.mf #进一步修改图形设置
echo 10                >> tmp.mf #修改出图格式
echo 7                >> tmp.mf #修改出图格式为pdf
echo 0                >> tmp.mf #返回
echo 2                >> tmp.mf #启动等值线
if (( $enablelabel == 1 )); then
echo -3                >> tmp.mf #进一步修改图形设置
echo 12                >> tmp.mf #开启等值线上的isovalue
echo $isovaluelabel    >> tmp.mf #isovalue数字高度为指定值
echo 0                >> tmp.mf #返回
fi
echo 3                >> tmp.mf #进一步修改等值线设置
echo 4                >> tmp.mf #准备删除所有等值线
echo                   >> tmp.mf #直接回车会删除所有等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.005             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.01             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.02             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.03             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.04             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.05             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo 0.10             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.001          >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.002          >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.004          >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.01             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.03             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.05             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 3                >> tmp.mf #增加某条等值线
echo -0.10             >> tmp.mf #增加对应的等值线
echo 11                >> tmp.mf #正等值线颜色
echo $plc             >> tmp.mf #白色
echo 13                >> tmp.mf #负等值线颜色
echo $nlc             >> tmp.mf #白色
echo 12                >> tmp.mf #设置正值的线形线宽
echo $pls             >> tmp.mf #实线
echo $plw             >> tmp.mf #线宽改为指定值
echo 14                >> tmp.mf #设置负值的线形线宽
echo $nls             >> tmp.mf #虚线
echo $nlw             >> tmp.mf #线宽改为指定值
echo 1                >> tmp.mf #返回
echo -8                >> tmp.mf #单位改为angstrom
echo -2                >> tmp.mf #修改xy和色卡坐标间距
echo $ruler          >> tmp.mf #修改xy和色卡坐标间距为该值
echo 0                >> tmp.mf #输出图形
echo q                >> tmp.mf #优雅的退出multiwfn

icc=0
nfile=`ls ./*.fchk|wc -l`
for inf in *.fchk
do
((icc++))
echo Running ${inf} ... $$icc of $nfile$
time Multiwfn ${inf} < tmp.mf
mv dislin.pdf ${inf//.fchk}_spdens.pdf
echo ${inf} is finished
echo
done
rm tmp.mf

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-13 21:54
用pdf记录填色图，文件尺寸比png大很多，而且打开略慢，需要注意。

读者请注意此脚本利用了最近几天新更新的Multiwfn的一些特征，需要先更新Multiwfn

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