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标题: 求助：mdrun的时候log文件一直不输出，但是一直在跑 [打印本页]

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Author: sj12138 时间: 2022-6-14 12:21
标题: 求助：mdrun的时候log文件一直不输出，但是一直在跑
能量最小化的mdrun时候out文件和log文件都没有输出，但是一直在跑，请问一下这是什么情况

请问各位前辈这种情况是哪里有问题那？还是单纯我跑的时间不够长，但是mdp文件里只有10000步，跑了两个多小时一直没有输出然后我就把他杀了，这个情况合理吗？

感谢各位前辈大佬的指点和帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-14 14:29
任务已经崩了
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查。并且去掉约束再试

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Author: sj12138 时间: 2022-6-14 18:22
本帖最后由 sj12138 于 2022-6-14 19:52 编辑

sobereva 发表于 2022-6-14 14:29
任务已经崩了
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查。并且去掉约束再试

老师您好，去掉键约束之后就正常了，但是老师我想问一下，在grompp的时候报了如下图所示的warning，这个警告是不是对后续的计算影响不大那？

另外我还想问一下老师，把键约束掉之后为什么会导致计算崩溃那？而且为什么有时候能量最小化设定停止步数为几万，收敛条件也没达到但是在几百步的时候就停止了是什么原因那？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-6-14 21:45

sj12138 发表于 2022-6-14 18:22
老师您好，去掉键约束之后就正常了，但是老师我想问一下，在grompp的时候报了如下图所示的warning，这个 ...

警告的意思是GROMOS力场的参数化使用了一些非物理过程，所以模拟出来的有些物理性质可能不一样，如果对研究的重点有影响，可以考虑换其他力场。
有些键的键长键角应该发生变化，如果约束住就不稳定了。
能量最小化不一定可以达到设定的条件，具体能达到多低与体系有关，算法发现能量不能变小就停止了。

作者
Author: sj12138 时间: 2022-6-15 10:03

Frozen-Penguin 发表于 2022-6-14 21:45
警告的意思是GROMOS力场的参数化使用了一些非物理过程，所以模拟出来的有些物理性质可能不一样，如果对研 ...

嗷嗷好的学到了，谢谢前辈

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-15 12:29

sj12138 发表于 2022-6-14 18:22
老师您好，去掉键约束之后就正常了，但是老师我想问一下，在grompp的时候报了如下图所示的warning，这个 ...

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除非特殊情况，否则几何优化过程根本没必要设约束，搞清楚约束是干嘛的，不懂就不要设

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Author: sj12138 时间: 2022-6-17 11:33

sobereva 发表于 2022-6-15 12:29
除非特殊情况，否则几何优化过程根本没必要设约束，搞清楚约束是干嘛的，不懂就不要设

老师您好，在npt模拟的时候报错
1754 particles communicated to PME rank 4 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
这种情况是什么原因那？之前能量最小化和nvt的时候都没问题，为什么npt的时候结构就崩了那？应该怎么解决那？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-17 15:49

sj12138 发表于 2022-6-17 11:33
老师您好，在npt模拟的时候报错
1754 particles communicated to PME rank 4 are more than 2/3 times t ...

看轨迹是否有异常，轨迹如果看不出什么问题，把tau-p设大，减缓盒子尺寸变化再试

作者
Author: sj12138 时间: 2022-6-17 19:33

sobereva 发表于 2022-6-17 15:49
看轨迹是否有异常，轨迹如果看不出什么问题，把tau-p设大，减缓盒子尺寸变化再试

老师您好，更改了tau-p之后在进行grompp的时候提示
  The bond in molecule-type 21HY between atoms 1 H2 and 2 H1 has an
  estimated oscillational period of 7.5e-03 ps, which is less than 10 times
  the time step of 1.0e-03 ps.
  Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
这个是什么原因那？应该怎么解决那？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-17 19:50

sj12138 发表于 2022-6-17 19:33
老师您好，更改了tau-p之后在进行grompp的时候提示
The bond in molecule-type 21HY between atoms 1 ...

先检查拓扑文件，确认相应两个原子的参数没问题
如果确实没问题，mdp里用constraints = hbonds

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