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标题: 求助，对于溶解度参数如何进行计算？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-6-16 14:32
标题: 求助，对于溶解度参数如何进行计算？
通过分子动力学模拟|预测药物化合物的溶解度参数和混溶性物理化学学报 B (acs.org)
这篇文献计算了系统的总势能，和非键相互作用能，然后说通过一个独立分子的总能量与具有周期性边界条件的体系之差来计算（图1），可是我好像找不到具体数据算出它得出的溶解度参数。
Estimation of Hansen Solubility Parameters for (Hydroxyethyl) and (Hydroxypropyl) cellulose through Molecular Simulation (acs.org)
然后又看了这篇文献，这篇文献则通过分析一个没有周期性边界条件的体系和一个具有周期性边界条件的体系的总能量、范德华能、静电能、氢能差值进行溶解度参数计算（图2）。

我的疑惑是：1.在Gromacs里面，溶解度参数是采用哪个能量进行计算的？总能量是指总势能吗？
2.我看文献都是通过两个能量差值得出物质的内聚能，请问计算这个差值的两个值是什么？是一个周期性边界条件和一个无周期性边界条件体系？还是一个独立分子与一个周期性边界条件体系？
3.请问在gromacs中氢能可以计算吗？是如何计算的？

恳请大家的解答。

作者
Author: xiaomoxian 时间: 2023-4-21 12:25
您好，请问您的问题解决了吗，我也遇到了相同的疑问

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