计算化学公社

标题: 求助：VASP作业提交后PBS占用了两倍的mpirun核数 [打印本页]

作者
Author: 含光君 时间: 2022-6-16 22:52
标题: 求助：VASP作业提交后PBS占用了两倍的mpirun核数
大家好，请教一个关于VASP作业提交的问题，如图所示，服务器是112核且已启用超线程。我在PBS脚本中使用了56核跑这个任务，但是后面其他使用56核的任务只能排队。

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输入 qstat -answ1 命令检查后，发现该任务申请了112核。

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而输入top查看后，cpu占用率又只有50%左右

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（补充：这个任务 INCAR文件中ncores=28，尝试过换成14不能解决问题）

求大佬指点，谢谢！

作者
Author: abin 时间: 2022-6-16 23:10
集群是你做的吗？
如果是，仔细检查配置文件。
如果不是，谁做的找谁？

提供的信息有限，无法判定。

或者开ssh，我来动手处理。

或者用我的工具，重新刷一遍。
bing.com搜索hpc4you了解更多信息。

作者
Author: pwzhou 时间: 2022-6-17 07:46
PBS使用多少个节点和多少个核是由#PBS -l nodes=1:ppn=8指定的（1个节点8个核）决定的，而不是mpirun后面的参数决定的，正确的做法是在mpirun后面指定的核数应该从PBS系统获取，比如：
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
mpirun -n $NPROCS vasp_std > run.log
这样就是PBS申请了多少个核，你的作业就用了多少个核在运行。不知道你具体提交作业的命令是什么？这个可能是你调用的PBS脚本里面默认指定使用112个核，所以你在mpirun使用56个核，只会让剩余的56核被PBS占用，但实际上没有计算，而后面的作业又没办法运行，这属于典型的资源浪费。

作者
Author: 万里云 时间: 2022-6-17 10:54
这个节点是56个核超成了112个？

那应该当成56个核来用。超线程超出来的核聊胜于无。

这就是为什么建议关闭超线程的原因。

作者
Author: 含光君 时间: 2022-6-17 14:48
谢谢各位的帮助，问题已解决~

作者
Author: noodles的困惑 时间: 2022-6-17 15:18

含光君发表于 2022-6-17 14:48
谢谢各位的帮助，问题已解决~

你好，可以分享一下问题是如何解决的吗？谢谢！

作者
Author: 含光君 时间: 2022-6-17 19:29

noodles的困惑发表于 2022-6-17 15:18
你好，可以分享一下问题是如何解决的吗？谢谢！

你好~如三楼所说，应根据实际需要的核的数量在PBS脚本中添上#PBS -l nodes=1:ppn=8这样的语句。
（我之前康过你问的GaN slab模型结构优化后表面原子弛豫问题，很受启发~）

作者
Author: noodles的困惑 时间: 2022-6-18 10:25

含光君发表于 2022-6-17 19:29
你好~如三楼所说，应根据实际需要的核的数量在PBS脚本中添上#PBS -l nodes=1:ppn=8这样的语句。
（我之 ...

感谢分享！也感谢三楼老师！
（那时候在计算表面，由于是新手，有很多的小问题，有些到现在还是存疑。非常开心能够对你有一点点的帮助，当然了，主要是帖子中几位老师的贡献。）

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