计算化学公社

标题: windows系统下用orca做结构优化中途报错 [打印本页]

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-17 20:18
标题: windows系统下用orca做结构优化中途报错
老师好，我是在Windows系统下，用ORCA5.03版本，mpi是10.0版本。我用同样的内存和基组做了甲烷结构优化，27秒就算好了。我换做要计算的分子结构，算到一半报错了。报错的输出文件如下。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-17 20:25
BLYP算Eu配合物严重不合适，此泛函根本不适合d、f族过渡金属配合物。用PBE0强得多。参考下文
使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算
http://sobereva.com/581（http://bbs.keinsci.com/thread-21274-1-1.html）

泛函改了之后再说其它问题

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-17 20:36
好的，谢谢老师。我是想着用便宜的基组，计算不同的自旋多重度，选择能量最低的，再用好的基组做计算，弄巧成拙了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-17 20:48
分子结构严重不合理，必须对Eu做显式溶剂化，也就是用溶剂分子把Eu的空配位点都配满，再算。这个问题比泛函的问题还大，是你这个任务报错（SCF不收敛）的主要原因，而且即使SCF收敛了，没做显式溶剂化的结果也不能用

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-17 21:11

wzkchem5 发表于 2022-6-17 20:48
分子结构严重不合理，必须对Eu做显式溶剂化，也就是用溶剂分子把Eu的空配位点都配满，再算。这个问题比泛函 ...

是的，谢谢老师。我是想确定一下自旋多重度，然后再用之作构象搜索。隐式溶剂的级别是否就可行了？需不需要一定要显式溶剂？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-17 21:50

护卫天使发表于 2022-6-17 21:11
是的，谢谢老师。我是想确定一下自旋多重度，然后再用之作构象搜索。隐式溶剂的级别是否就可行了？需不需 ...

我还以为你刻意摆成那样，算配体结合能当中失去配体的情况

如果你的体系已知配体就是这些，剩下的部分显然得用溶剂分子配位，隐式溶剂模型根本描述不了溶剂和金属之间的配位作用

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-18 02:08

护卫天使发表于 2022-6-17 14:11
是的，谢谢老师。我是想确定一下自旋多重度，然后再用之作构象搜索。隐式溶剂的级别是否就可行了？需不需 ...

首先必须用显式溶剂，因为隐式溶剂无法描述金属的第一配位层；其次，众所周知一般配体不会改变稀土离子的自旋多重度，因为稀土离子的所有单电子都是4f电子，非常局域，不容易受外界影响，所以按自由Eu3+的自旋多重度指定Eu(III)配合物的自旋多重度就行了（除非有的单电子不在Eu上，或者不止一个Eu），不需要计算不同自旋多重度比较能量。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-18 16:26

sobereva 发表于 2022-6-17 21:50
我还以为你刻意摆成那样，算配体结合能当中失去配体的情况

如果你的体系已知配体就是这些，剩下的部分 ...

好的，谢谢老师。1、那作构想搜索是不是：先用Packmol程序构建一个配合物被200个水分子包围，再用MOPAC程序在半经验级别下优化。得到的结构再去用molclus基于xtb程序寻找最优构象。2、再用最优构象作博文中《使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算》里面的分析，这时候构象里面有水分子，该怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-19 10:16

护卫天使发表于 2022-6-18 16:26
好的，谢谢老师。1、那作构想搜索是不是：先用Packmol程序构建一个配合物被200个水分子包围，再用MOPAC程 ...

显然不是

先分清楚构型搜索和构象搜索，如果你想得知水怎么和你一开始贴的配位不饱和结构配位的，属于配合物构型搜索问题。这种问题根本不需要用molclus做构型搜索，因为水的配位方式极为简单，但凡google上搜点带配体水的配合物结构，就知道应该怎么配位，初始结构自己手摆就完了，远比你做构型搜索省时省事得多得多。而且，MOPAC根本就不支持镧系元素。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-20 11:19

wzkchem5 发表于 2022-6-18 02:08
首先必须用显式溶剂，因为隐式溶剂无法描述金属的第一配位层；其次，众所周知一般配体不会改变稀土离子的 ...

感谢老师。老师，我贴的配合物中，配体是新合成的，然后用之和稀土离子作络合反应。对于量子化学计算我的想法是包括两个方面：1、对于新合成的配体，我是直接自己手摆构型，然后再高斯作隐式水溶液溶剂下的结构优化和单点能计算，再分析其分子表面静电势、平局离子化能，还有溶解自由能，探究了络合位点和水溶性。这个需要作构象搜索吗？2、对于稀土配合物，想探究配位情况，包括IRI、AIM、电荷分解分析，热稳定性。我之前也是自己手摆构型然后用隐式模型于高斯作计算。建模都是一个链节单元和一个稀土。这个按老师说的需要显式溶剂，那么我可以建模的时候加几个水分子，使配位饱和（在multiwfn判断配位数）再用高斯作计算，后分析。我的思路不知道可不可行，望老师帮忙指正？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-20 16:07

护卫天使发表于 2022-6-20 04:19
感谢老师。老师，我贴的配合物中，配体是新合成的，然后用之和稀土离子作络合反应。对于量子化学计算我的 ...

1. 必须做构象搜索，第一因为你手摆的构型未必合理，第二因为必须用显式溶剂描述金属的第一配位层，而第一配位层的水也存在你没办法保证手摆的构型合理的问题，所以这些水的位置、取向也必须做构象搜索（或者可能叫构型搜索更准确些）来确定
2. 对。但是配位数不是靠Multiwfn判断的，Multiwfn能判断的是，你给定一个结构，它可以告诉你这个结构里的金属的配位数。但是你现在连结构都没有，要确定的是结构本身，只要结构确定了，配位数你反倒不需要计算。所以这里有两种做法：（1）加足够多的溶剂分子跑一个MD，找一些代表性的帧，去掉第一配位层以外的水分子，然后优化；（2）计算配合物分子不断与越来越多的水分子配位的自由能变化（每次都做构型搜索），直到自由能开始上升或者水再也配不到金属上（两种情况有一个发生就算），那么此时的配位数就是你要的配位数。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-20 18:03

wzkchem5 发表于 2022-6-20 16:07
1. 必须做构象搜索，第一因为你手摆的构型未必合理，第二因为必须用显式溶剂描述金属的第一配位层，而第 ...

感谢老师耐心的指导。还有一点疑惑是对于配体作构象搜索，也是在显式溶剂下吗？我目前已经作了隐式溶剂下的。假如作显式溶剂下的构象搜索，后续的分析是要带上溶剂分子？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-20 19:07

护卫天使发表于 2022-6-20 11:03
感谢老师耐心的指导。还有一点疑惑是对于配体作构象搜索，也是在显式溶剂下吗？我目前已经作了隐式溶剂下 ...

当且仅当你的配体会和溶剂分子有比较强的相互作用（比如比较强的氢键，注意只有比较强的才算数）时，需要加显式溶剂分子。当然准确来说是杂化溶剂模型，就是在显式溶剂分子外面的溶剂还是要用隐式溶剂模型描述。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-20 20:04

wzkchem5 发表于 2022-6-20 19:07
当且仅当你的配体会和溶剂分子有比较强的相互作用（比如比较强的氢键，注意只有比较强的才算数）时，需要 ...

好的老师，万分感谢！老师，能否探究稀土配合物在不同PH值溶剂环境下的热稳定性？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-20 22:02

护卫天使发表于 2022-6-20 13:04
好的老师，万分感谢！老师，能否探究稀土配合物在不同PH值溶剂环境下的热稳定性？

可以，把这个配合物和H+、OH-反应导致分解的所有可能途径列出来，一一计算活化自由能。然后套Eyring方程得到速率常数，再代入不同pH条件下的[H+]、[OH-]，就可以计算出不同pH下的表观分解速率常数

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-20 22:03

wzkchem5 发表于 2022-6-20 16:07
1. 必须做构象搜索，第一因为你手摆的构型未必合理，第二因为必须用显式溶剂描述金属的第一配位层，而第 ...

老师好，对于1、加足够多的溶剂分子跑一个MD，找一些代表性的帧，去掉第一配位层以外的水分子，然后优化。这方面的资料能否分享一下，我找了一个晚上，不知道哪些是有用的。万分感激！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-20 22:07

护卫天使发表于 2022-6-20 15:03
老师好，对于1、加足够多的溶剂分子跑一个MD，找一些代表性的帧，去掉第一配位层以外的水分子，然后优化 ...

http://sobereva.com/406
这个帖子里面没有做MD，只是做了结构优化，然后就去掉第一配位层以外的溶剂分子了，这个是比较粗略的做法，适用于溶质要么和溶剂没有强相互作用，要么和溶剂的作用模式比较确定（比如某几个原子肯定和一个溶剂分子形成氢键，某个金属肯定配两个溶剂分子，等等）的情况。如果不知道金属配几个溶剂，还是要跑MD才比较放心

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-21 14:24

wzkchem5 发表于 2022-6-20 22:07
http://sobereva.com/406
这个帖子里面没有做MD，只是做了结构优化，然后就去掉第一配位层以外的溶剂分 ...

感谢老师。我是纯MD小白，看了社长的文章，还是无从下手。第一步，是不是用我贴的结构在隐式溶剂下作结构优化，然后计算RESP电荷，用Sobtop产生拓扑文件，再创建盒子加水溶剂，再GROMACS中作动力学模拟？十分感谢老师的耐心教导！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-21 14:58

护卫天使发表于 2022-6-21 07:24
感谢老师。我是纯MD小白，看了社长的文章，还是无从下手。第一步，是不是用我贴的结构在隐式溶剂下作结构 ...

这种体系个人建议用半经验方法跑MD，分子力场描述不好

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-21 15:51

wzkchem5 发表于 2022-6-21 14:58
这种体系个人建议用半经验方法跑MD，分子力场描述不好

老师，能说下用什么软件能实现吗？我去学习一下教程。感谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-21 16:02

护卫天使发表于 2022-6-21 08:51
老师，能说下用什么软件能实现吗？我去学习一下教程。感谢！

用xtb

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-21 17:19

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:02
用xtb

好的，万分感谢老师！！！！！!

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-22 10:48
本帖最后由护卫天使于 2022-6-22 10:50 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:02
用xtb

老师好，我尝试了用xtb跑动力学，怎么没输出文件？不知道我的输入是不是有问题。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-22 14:48

护卫天使发表于 2022-6-22 03:48
老师好，我尝试了用xtb跑动力学，怎么没输出文件？不知道我的输入是不是有问题。

贴一下你的stderr输出

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-22 15:21

wzkchem5 发表于 2022-6-22 14:48
贴一下你的stderr输出

老师好，没有任何输出文件。我也很纳闷。。。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-22 15:22

护卫天使发表于 2022-6-22 08:21
老师好，没有任何输出文件。我也很纳闷。。。

你截的图是屏幕上的所有输出吗？后面还有其他输出吗

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-22 17:08

wzkchem5 发表于 2022-6-22 15:22
你截的图是屏幕上的所有输出吗？后面还有其他输出吗

好的老师，我全复制贴在文件中了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-22 21:16

护卫天使发表于 2022-6-22 10:08
好的老师，我全复制贴在文件中了。

报错信息已经写得很清楚了，the key 'sccace' is not recognized by md。
根据报错信息修改输入文件，然后重新计算。
以后要学会自己看报错信息，自己分析输出信息里面哪一行是报错信息。很多时候输出信息已经告诉你应该怎么做了，根本没必要在论坛上问。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-22 22:35

wzkchem5 发表于 2022-6-22 21:16
报错信息已经写得很清楚了，the key 'sccace' is not recognized by md。
根据报错信息修改输入文件，然 ...

好的，谢谢老师。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-24 09:19
本帖最后由护卫天使于 2022-6-24 09:31 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:02
用xtb

老师您好，我用XTBP中跑了md，方法是--gfn 2 --gbsa h2o --charg 3 --uhf 0。因为xtb计算能力有限，我在稀土原子为中心构建了50个水分子的水球。结果发现稀土与配合物分离了，都跑到水球里面了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-24 14:55

护卫天使发表于 2022-6-24 02:19
老师您好，我用XTBP中跑了md，方法是--gfn 2 --gbsa h2o --charg 3 --uhf 0。因为xtb计算能力有限，我在 ...

这个体系实验上已知配体不会解离吗？

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-24 15:42

wzkchem5 发表于 2022-6-24 14:55
这个体系实验上已知配体不会解离吗？

配体是新合成的聚合物，我只是选择了一个结构单元，两边用H封装。实验在常温下操作，没有解离。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-24 15:48

护卫天使发表于 2022-6-24 08:42
配体是新合成的聚合物，我只是选择了一个结构单元，两边用H封装。实验在常温下操作，没有解离。

那可能这个聚合物是靠不止一个单体来和稀土螯合的，单一个单体确实不行。
当然也不能完全排除是xtb算得不准

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-6-26 16:16

wzkchem5 发表于 2022-6-24 15:48
那可能这个聚合物是靠不止一个单体来和稀土螯合的，单一个单体确实不行。
当然也不能完全排除是xtb算得 ...

老师，我用两个单体络合一个稀土原子，xtb跑动力学得到了想要的结果。1. 第一配位层中水距离稀土离子多元才算是第一配位层，距离2.8埃是7个水，距离3埃就有8个水？2.接下来我是不是可以取这个结果在gaussian下优化和单点能计算，用于分析。3. 就是xtb的计算精度不知道能不能发文章？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-26 16:28

护卫天使发表于 2022-6-26 09:16
老师，我用两个单体络合一个稀土原子，xtb跑动力学得到了想要的结果。1. 第一配位层中水距离稀土离子多元 ...

1. 按http://sobereva.com/414的方法判断
2. 对，但是不能只取这一帧，需要多取几个代表性的帧
3. 用xtb做构象搜索、MD可以，但是得到的结构必须用DFT做优化、算单点能

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-8 15:39

wzkchem5 发表于 2022-6-26 16:28
1. 按http://sobereva.com/414的方法判断
2. 对，但是不能只取这一帧，需要多取几个代表性的帧
3. 用xt ...

老师好，1、能不能在VMD中计算径向分布函数，确定La的配位数？之后去掉多余的水分子，再做构象搜索，和DFT计算？
2、两个配体能络合一个稀土原子，那么三个，四个呢？不知道能不能描述成至少需要两个配体才能络合一个稀土原子，之后就用两个配体络合一个稀土原子的构型作分析？还是当三个或四个配体络合稀土原子也做动力学，但是XTB程序的计算能力又很有限。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-8 16:26

护卫天使发表于 2022-7-8 08:39
老师好，1、能不能在VMD中计算径向分布函数，确定La的配位数？之后去掉多余的水分子，再做构象搜索，和DF ...

1. 可以，本质上跟我说的是一码事，只不过判断标准可能略有不同
2. 如果不能从其他方面排除2个以上配体配位的可能性，那就必须用动力学的方法来排除。xtb既然能跑得动2个配体，那么3个、4个配体问题不会太大，毕竟虽然配体分子数多了，但是水分子数少了。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-13 13:01

wzkchem5 发表于 2022-7-8 16:26
1. 可以，本质上跟我说的是一码事，只不过判断标准可能略有不同
2. 如果不能从其他方面排除2个以上配体 ...

老师您好。1、我用不同的温度跑动力学，模拟到了不同的构型。常温298.15k下跑，一个配体能和稀土络合，高温500K下，稀土会慢慢与配体分开，存在水球里面。那该用什么温度跑比较合适呢？如何确定？
2、该如何判断分子动力学模拟达到平衡了？我尝试用RMSD 曲线，发现波动很大。
3、对配体我做完了构象搜索，有没有什么方法对配体分析，哪些位点更易与稀土发生配位反应？社长说静电势完全忽略了配位键中的极化作用，不知道还有什么方法？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-13 14:53

护卫天使发表于 2022-7-13 06:01
老师您好。1、我用不同的温度跑动力学，模拟到了不同的构型。常温298.15k下跑，一个配体能和稀土络合， ...

1. 如果只需要尽量多采到一些构象，建议比实验温度高一些（例如高30%左右），或者比稀土解离需要的温度略低一些。构象搜索完成、并且用DFT做了opt+freq，在高精度下做了单点能计算以后，代入室温（而非MD所用温度）算Boltzmann分布即可。
2. 对于构象搜索而言，一般更常用“是否搜到了更多的构象”为标准。如果一段时间内没有搜到新的构象，或者虽然搜到了新的构象但是无一例外能量都很高，就可以停了。至于多长时间没有新构象才可以停，需要自己查和你体系类似、模拟温度也类似的文献来确定。
3. 既然你已经决定跑MD了，那必然是跑完MD以后统计稀土最容易和谁配，这样最准。如果想在不考虑稀土离子的情况下，只分析配体得到最容易跟哪里配位，估计会很不靠谱，不容易描述配位键的极化作用是一方面，此外也不可能描述螯合作用。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-13 20:13
老师好，同样在500K下，一个配合和三个配体在跑到中途之后，都发生了配体和稀土的分离，稀土跑到水球中（如38楼的图片），而两个配体的体系下无论在什么温度（400k,500k）跑都不会与稀土分离。为什么会发生这种情况？按理说一个配体应该是能与稀土络合，三个配体还能解释是空间位阻作用。（我找不到类似这种配体与稀土吸附的文献。）那该如何确定配体的数量？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-13 20:25

护卫天使发表于 2022-7-13 13:13
老师好，同样在500K下，一个配合和三个配体在跑到中途之后，都发生了配体和稀土的分离，稀土跑到水球中（如 ...

你跑了多少条轨迹？必须每个温度都以不同初始构象跑很多条轨迹，才能说明问题，否则可能只是巧合。
仔细看http://sobereva.com/88

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-13 20:36

wzkchem5 发表于 2022-7-13 20:25
你跑了多少条轨迹？必须每个温度都以不同初始构象跑很多条轨迹，才能说明问题，否则可能只是巧合。
仔细 ...

每次模拟都是得到2000帧结构。但是同一体系（两个配体和一个稀土原子）跑不同温度的动力学{400K,500k}，我都是用同样一个初始构象，这应该不影响横向与一个或者三个配体的情况的比较吧。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-13 20:49

护卫天使发表于 2022-7-13 13:36
每次模拟都是得到2000帧结构。但是同一体系（两个配体和一个稀土原子）跑不同温度的动力学{400K,500k}， ...

不仅帧数要够多，轨迹数也要够多，也就是需要从不同初始构象分别跑很多条轨迹。原因在我刚才贴的链接里已经说了。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-13 21:19
本帖最后由护卫天使于 2022-7-13 21:23 编辑

wzkchem5 发表于 2022-7-13 20:49
不仅帧数要够多，轨迹数也要够多，也就是需要从不同初始构象分别跑很多条轨迹。原因在我刚才贴的链接里已 ...

万分感谢老师的耐心回复。我看社长文章对于构型搜索，在动力学上模拟都是在一定温度下跑一次得到足够多的帧数后，再在molclus操作就行了。我也跑几条轨迹看看结果会怎么样。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-14 01:07

护卫天使发表于 2022-7-13 14:19
万分感谢老师的耐心回复。我看社长文章对于构型搜索，在动力学上模拟都是在一定温度下跑一次得到足够多的 ...

sob老师只跑一条轨迹是因为他只关心能量最低的结构（或者能量最低的若干个结构），不关注由初始结构变成能量最低结构的过程，而且已知所有构象之间的转变足够容易。但是你现在想问的是为什么从初始结构跑MD会发生解离，那就有一个问题，万一解离的概率只有30%，而你跑的这一次就在那30%内，那你这个问题就成了一个伪问题。所以必须重复跑多次才能知道，初始结构是解离的概率大还是不解离的概率大。
由此引申，假如你要搜索的构象之间的势垒比较高的话，那么有可能即便只关心最稳定结构也要跑多条轨迹。比如一个酰胺，C-N键可以旋转，但是需要毫秒到秒级的时间，而你MD只能跑ps、ns级的时间。这时有可能需要手动把C-N键二面角扭转180度，再跑一个MD。当然更好的办法是改用那些并非纯粹基于普通MD的构象搜索方法，比如基于metadynamics的方法。

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-14 16:31
本帖最后由护卫天使于 2022-7-14 16:34 编辑

wzkchem5 发表于 2022-7-14 01:07
sob老师只跑一条轨迹是因为他只关心能量最低的结构（或者能量最低的若干个结构），不关注由初始结构变成 ...

好的，感谢老师的耐心回复。我查了资料，xtb也能支持元动力学模拟。我想在xtb中作metadynamics方法，寻求构型，不知道可行吗？（当然也是因为上手简单一点，其他软件我都是小白）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-14 17:01

护卫天使发表于 2022-7-14 09:31
好的，感谢老师的耐心回复。我查了资料，xtb也能支持元动力学模拟。我想在xtb中作metadynamics方法，寻求 ...

可以

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-18 17:30
本帖最后由护卫天使于 2022-7-18 17:32 编辑

wzkchem5 发表于 2022-7-14 17:01
可以

老师好，在xtb跑MD时我想加入Cl离子使体系总体为中性(chrg 0)，对于氯原子的初始位置是任意的吗？我尝试刚开始三个氯原子与镧连接放进去。跑到后面发现氯始终在镧周围，水分子很难与镧配位？是因为离子键比较强的原因吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-18 17:37

护卫天使发表于 2022-7-18 10:30
老师好，在xtb跑MD时我想加入Cl离子使体系总体为中性(chrg 0)，对于氯原子的初始位置是任意的吗？我尝试 ...

初始位置只要不是特别不合理就行，只要初始结构合理且MD跑得足够久，结果应该和初始结构几乎无关。
可能加的水分子不够多，不足以稳定Cl-。也可能本来实验上Cl-就是和La配位的，因为本来LaCl3在水里就未必是100%电离的

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-7-27 13:42

wzkchem5 发表于 2022-7-18 17:37
初始位置只要不是特别不合理就行，只要初始结构合理且MD跑得足够久，结果应该和初始结构几乎无关。
可能 ...

老师好，我用一个配体和镧跑了其中的一条轨迹，统计了La和P=O中的O的距离,如图。出现了配体和La解离，但是后面还是回到了配位位置。这该怎么解释？这轨迹能用吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-27 14:50

护卫天使发表于 2022-7-27 06:42
老师好，我用一个配体和镧跑了其中的一条轨迹，统计了La和P=O中的O的距离,如图。出现了配体和La解离，但 ...

正常的，说明配位和解离是平衡。取其中配位的帧即可

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-8-8 13:35

wzkchem5 发表于 2022-7-27 14:50
正常的，说明配位和解离是平衡。取其中配位的帧即可

老师好，例如对于2个配体络合镧的体系，我做完动力学和批量优化后，发现有三种主要的构型，配位数都是10（按径向分布函数计算得到）。我分别作了高精度的DFT计算，得到了电子能量分别为HF=-3347、-3117、-3270。后面的分析我想取一个来分析，是直接根据电子能量最低来选取吗，还是计算结合能来选取？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-8 14:55

护卫天使发表于 2022-8-8 06:35
老师好，例如对于2个配体络合镧的体系，我做完动力学和批量优化后，发现有三种主要的构型，配位数都是10 ...

电子能量的单位是什么？如果是au，说明你比的时候没有配平。
举个例子，比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个稳定，不是比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个能量低，而是比较La(A)2(B)3+A和La(A)3(B)2+B哪个自由能低（注意是自由能不是能量，但这不是重点，重点是必须把配体数目配平）。原因不需要我解释了吧

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-8-8 21:01

wzkchem5 发表于 2022-8-8 14:55
电子能量的单位是什么？如果是au，说明你比的时候没有配平。
举个例子，比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个 ...

老师好，1、不配平是因为，三个不同构型中，是因为配体中配位的氧的数量不一样，导致在同是10配位数的情况下，配位的水分子数量不一样。也就是说分子能量不同主要是因为原子数目不一样。
2、那我这种情况需不需要说明主要有三种不一样的构型？如何想说明，想找最稳定的一个构型作后续分析，是加水分子使三种构型的原子数量相等来计算自由能来比较吗，总感觉这样不是很妥，加入的水分子又不能与稀土配位。望老师指教！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-8 21:41

护卫天使发表于 2022-8-8 14:01
老师好，1、不配平是因为，三个不同构型中，是因为配体中配位的氧的数量不一样，导致在同是10配位数的情 ...

你还是没理解我的意思。还是考虑我举的这个例子，假如我说La(A)2(B)3比La(A)3(B)2稳定（A和B是两种完全不同的配体），是什么意思？显然不是La(A)2(B)3比La(A)3(B)2的自由能低的意思，而是说，La(A)3(B)2和B反应，可以大部分发生配体取代反应，变成La(A)2(B)3和A。所以应该比的是：La(A)3(B)2的自由能加上B的自由能，和La(A)2(B)3的自由能加上A的自由能，哪个低。
”能量越低越稳定“（暂且不论能量和自由能的区别）是有适用条件的，适用条件就是你比较的两个分子的原子种类和数目必须相同。脱离掉这个条件，就不能用能量高低比较稳定性。学一个结论不能只记结论，必须把适用条件也记下来才行。

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