计算化学公社

标题: 高斯opt超过72h，log文件显示一直在cycle，是初始设置不对，还是任务在正常进行中？ [打印本页]

作者
Author: AiYuqing22 时间: 2022-6-18 10:00
标题: 高斯opt超过72h，log文件显示一直在cycle，是初始设置不对，还是任务在正常进行中？
各位老师好！我用高斯opt一个结构（如图1，有共轭体系，是季胺盐，卤素是溴），旨在得到其静电势用于Multiwfn 计算RESP电荷。之前报错不能收敛，参考sob老师解决SCF不收敛问题的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)一文，最后所用的机组信息如图2，现在已经跑了72h了，log文件中一直在循环，我不知道是不是初始设置不合理导致一直没能跑出来，还是现在的计算是正常的，请各位老师指导一下，输出文件是log文件太大不能传上来，我放了几张截图（图3，图4）。另外我不理解输出的log文件中的信息，老师们可以指向一些学习路径吗？不胜感激。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-18 10:23
优化对所有原子都加弥散毫无必要，如果嫌计算量大，降到2-zeta就行。如果是团簇的话，溴的初始位置明显不合理，徒增优化步数。而且没加色散校正，不合理。
刚又看了一下你的描述，计算RESP的话不要带阴离子，把阳离子单独抠出来就行。剩下的阳离子部分没有必要加弥散。把EmpiricalDispersion=GD3BJ加上，可以换6-31G*优化，再用一个高精度级别的基组计算RESP2电荷即可。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-18 10:59
注意监控优化过程，别傻等着
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: AiYuqing22 时间: 2022-6-18 21:02

sobereva 发表于 2022-6-18 10:59
注意监控优化过程，别傻等着
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

谢谢sob老师的答复和您给的帖子。我查看了能量和受力曲线，曲线是整体降低的趋势，所以我判断体系没有震荡，应该是时间不够，可以再跑一段时间。

此外，我想请教您如何看输出的log文件的信息，log文件里面涉及一些专业名词，有哪些是需要着重注意的吗？我自己是做MD的，对高斯的学习大多是来自公社文章和帖子，您推荐的《Quantum Chemistry》和《Exploring chemistry with electronic structure method》也在看，但进度比较慢，如果您能再给一些建议的话就更好了，谢谢您。

作者
Author: AiYuqing22 时间: 2022-6-18 21:02

snljty2 发表于 2022-6-18 10:23
优化对所有原子都加弥散毫无必要，如果嫌计算量大，降到2-zeta就行。如果是团簇的话，溴的初始位置明显不合 ...

谢谢您的答复。这个是我使用的COF膜的最小结构单元，我计算这个电荷用于MD，膜与其他分子之间我推测存在弱相互作用力，所以加上弥散函数。想继续请教您，带阴离子和不带阴离子计算会有很大差别吗？或者您能提供相关学习路径吗？因为我想和实验有更好的结合，在真实的体系中，阴离子在溶液中很容易被取代，所以我担心溴离子位置的电荷直接-1与真实实验会有偏差。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-19 10:17

AiYuqing22 发表于 2022-6-18 21:02
谢谢sob老师的答复和您给的帖子。我查看了能量和受力曲线，曲线是整体降低的趋势，所以我判断体系没有震 ...

谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）
参加一次北京科音初级量子化学培训班一次性就全都学明白了，没有比这更好更快的学习方式

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