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标题: Multiwfn+VMD绘制分子范德华表面的极值点序号问题 [打印本页]

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-19 10:42
标题: Multiwfn+VMD绘制分子范德华表面的极值点序号问题
在查看静电势极值点的数值时提到点击VMD的OpenGL时提到，点击极值点对应的圆球，文本窗口显示index 1, 那么加1 就是它在surfanalysis.pdb中的实际序号
REMARK Unit of B-factor field (i.e. ESP) is kcal/mol
REMARK Carbon: Surface maximum Oxygen: surface minimum
HETATM 1  C MOL A 1    -3.162  -0.674 0.277  1.00 36.04       C
HETATM 2  C MOL A 1    -0.426  -2.953 0.281  1.00 44.12       C
HETATM 3  C MOL A 1    3.160 1.100  -0.585  1.00  8.94       C
HETATM 1  O MOL A 1    -1.215  -0.492  -1.936  1.00-13.72       O
HETATM 2  O MOL A 1    -0.176 3.013  -0.028  1.00-43.25       O
END
那第3-7行的第二列是序号吗？
在简便方法中提到，某个极值点是index3, 就在VMD窗口中输入[atomselect top "index 3"] get beta 即可显示数值，那这个index 3就是VMD文本窗口显示的Index3，不需要在文本窗口显示的序号上加1吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-20 11:53
删除注释行，然后行数就是极值点序号

是

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-21 17:01

sobereva 发表于 2022-6-20 11:53
删除注释行，然后行数就是极值点序号

是

所以极值点序号并不是第二列的数字吗？删除了注释行，第四行的O的极值点序号就是4，并不是O前面第二列显示的数字1是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-22 03:36

weifujing 发表于 2022-6-21 17:01
所以极值点序号并不是第二列的数字吗？删除了注释行，第四行的O的极值点序号就是4，并不是O前面第二列显 ...

仔细看你贴的数据便知，C和O都是从1开始排的，所以才不能直接看第二列的数字

作者
Author: weifujing 时间: 2022-6-22 09:42

sobereva 发表于 2022-6-22 03:36
仔细看你贴的数据便知，C和O都是从1开始排的，所以才不能直接看第二列的数字

好的明白了，谢谢老师

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