计算化学公社

标题: 求助：如何排除一条聚合物链内的所有非键相互作用 [打印本页]

作者
Author: Bizarre 时间: 2022-6-19 16:17
标题: 求助：如何排除一条聚合物链内的所有非键相互作用
想通过动力学模拟让一条聚合物链在真空中随机生成构象，但它会自己团在一起。因此想去掉这条链自己与自己所有的非键相互作用，尝试修改moleculetype中的nrexcl但nrexcl特别大以后生成tpr文件会卡住，还尝试使用energygrp-excl但group不能并行。请问大家还有什么解决办法，非常感谢

作者
Author: mwx 时间: 2022-6-20 09:59
不知道我说的对不对，可以修改RTP文件里面对应残基的[ exclusions ]，添加所有原子的exclusion.

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-20 10:50
既然只有一条链，直接把范德华参数和原子电荷都设0不就行了

作者
Author: Bizarre 时间: 2022-6-21 02:10

sobereva 发表于 2022-6-20 10:50
既然只有一条链，直接把范德华参数和原子电荷都设0不就行了

老师好，我现在用修改范德华的cut-off的方法把原子的非键计算范围调的很小貌似可以勉强解决。请问怎么修改范德华参数orz

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-22 03:32

Bizarre 发表于 2022-6-21 02:10
老师好，我现在用修改范德华的cut-off的方法把原子的非键计算范围调的很小貌似可以勉强解决。请问怎么修 ...

看具体力场。对于AMBER，在ffnonbonded.itp的[ atomtypes ]里把原子范德华参数设0就完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)