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标题: 求助：使用Amber进行蛋白质配体复合物进行分子动力学模拟后不会分析 [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2022-6-19 16:44
标题: 求助：使用Amber进行蛋白质配体复合物进行分子动力学模拟后不会分析

各位老师好，我使用Amber，对蛋白质配体复合物进行分子动力学模拟后，不知道从那些角度分析以及如何分析。目前我会计算结合自由能和分解结合自由能，RMSD和RMSF。

想问，我需要从哪些角度来分析？看文献好像有α-螺旋、β-折叠的含量，氢键、疏水相互作用数量之类，包括这些吗？

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-6-20 10:40
多看文献分析什么，知道每个分析项的意义，结合自己体系决定分析什么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-20 10:52
此文的方法也很有益
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）

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