计算化学公社

标题: 用RESP2懒人脚本时涉及到的电荷和自旋多重度设置问题 [打印本页]

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Author: shiyunfan 时间: 2022-6-20 14:17
标题: 用RESP2懒人脚本时涉及到的电荷和自旋多重度设置问题
要计算一批类药分子的RESP2电荷，用sob老师的RESP2结合ORCA的懒人脚本时会涉及到电荷和自旋多重度的问题，分子电荷数为0，设置电荷数为0，自旋多重度为1时，运行时报错Running optimization task under solvent via ORCA...[file orca_main/mainfcts.cpp, line 624]: Error : multiplicity (1) is odd and number of electrons (197) is odd -> impossible (, 下载次数 Times of downloads: 7)
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
但当我设置它电荷为0，自旋多重度为2时，就可以顺利运行，或者是电荷设为-1，自旋多重度设为1也可以运行，但它总电荷为0呀，还有一些其它类药小分子，带电荷为-1，当电荷设置为-1，自旋多重度设置为1，或者电荷设为0，自旋多重度设为2也可以顺利运行是怎么回事儿呢

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Author: 妙角不脆 时间: 2022-6-20 14:51
本帖最后由妙角不脆于 2022-6-20 19:43 编辑

你这里把氢给丢了呀，要把氢给补上。不然就会出现你这里这个电子数是奇数但是多重度报错的情况。

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Author: shiyunfan 时间: 2022-6-20 15:08

妙角不脆发表于 2022-6-20 14:51
你这里把氢给丢了呀，要把氢给补上。不然就会出现你这里这个电子数是奇数但是多重度为0报错的情况。

那要补上所有的氢嘛

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Author: wzkchem5 时间: 2022-6-20 16:09

shiyunfan 发表于 2022-6-20 08:08
那要补上所有的氢嘛

对，而且既不能多补也不能少补，每个重原子该连多少个氢都必须是对的，有一个地方补错了氢的数目都不行

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Author: shiyunfan 时间: 2022-6-21 11:37

wzkchem5 发表于 2022-6-20 16:09
对，而且既不能多补也不能少补，每个重原子该连多少个氢都必须是对的，有一个地方补错了氢的数目都不行

好的，谢谢

作者
Author: shiyunfan 时间: 2022-6-22 12:15

wzkchem5 发表于 2022-6-20 16:09
对，而且既不能多补也不能少补，每个重原子该连多少个氢都必须是对的，有一个地方补错了氢的数目都不行

您好，就是有个类药分子，初始结构是这样
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做完分子对接后，变成了下图这样
(, 下载次数 Times of downloads: 10)
用autodocktools添加了氢原子之后，计算电荷显示为-1，但用RESP2懒人脚本算的时候，当电荷和自旋多重度输入-1 1 时，仍然显示电子数为奇数个，但当我把电荷设为0，自旋多重度设为1时，就可以正常运行，请问这应该怎么办呢

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Author: wzkchem5 时间: 2022-6-22 14:46

shiyunfan 发表于 2022-6-22 05:15
您好，就是有个类药分子，初始结构是这样

做完分子对接后，变成了下图这样

重新检查一遍氢原子数。先把这个chemdraw结构上所有氢原子都画出来，再对着你的三维分子结构检查，一个原子一个原子地检查

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Author: shiyunfan 时间: 2022-6-22 18:16

wzkchem5 发表于 2022-6-22 14:46
重新检查一遍氢原子数。先把这个chemdraw结构上所有氢原子都画出来，再对着你的三维分子结构检查，一个原 ...

谢谢老师，检查好了，是autodock tools加氢不合理，用proteinplus在线服务的protoss加完氢检查完就可以正常计算了，再次感谢

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