计算化学公社

标题: 运行grompp进行能量最小化报错 [打印本页]

作者
Author: Reisende 时间: 2022-6-20 21:11
标题: 运行grompp进行能量最小化报错
请问大家，我的模拟对象是只包含R245fa分子的盒子，使用acpype转换得到.gro和.top文件后进行能量最小化，出现一个warning，如下图： (, 下载次数 Times of downloads: 3)
使用的.mdp文件是在参考网上的。我这个应该没有净电荷啊，请问为什么会出现这种问题，是不是只要在后面加一个 -maxwarn就可以了 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-20 21:18
grompp运行完之后会明确在屏幕上提示当前体系的净电荷，看具体是多少，偏离0太明显就不能忽略

作者
Author: Reisende 时间: 2022-6-20 21:24

sobereva 发表于 2022-6-20 21:18
grompp运行完之后会明确在屏幕上提示当前体系的净电荷，看具体是多少，偏离0太明显就不能忽略

谢谢老师。
我刚查看了，系统提示是“System has non-zero total charge: 0.001408”，电荷量是0.001408，这个应该是可以忽略的吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-20 23:49

Reisende 发表于 2022-6-20 21:24
谢谢老师。
我刚查看了，系统提示是“System has non-zero total charge: 0.001408”，电荷量是0.001408 ...

可以忽略

作者
Author: Reisende 时间: 2022-6-21 09:16

sobereva 发表于 2022-6-20 23:49
可以忽略

谢谢社长

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