计算化学公社

标题: Gromacs模拟蛋白和二糖溶液如何为糖施加力场？ [打印本页]

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-21 13:33
标题: Gromacs模拟蛋白和二糖溶液如何为糖施加力场？
想在蛋白溶液中加入小分子糖(比如:海藻糖)，应该如何为糖施加力场呢？准备用CHARMM36力场。
gmx pdb2gmx 命令执行两次吗？
一次为蛋白添加力场，再一次为糖添加？
是这样吗？
谢谢大家！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-21 16:29
charmm-gui

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-21 18:03
如果你的rtp文件里同时有蛋白和糖的单元的定义，pdb2gmx运行一次就够了

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-21 18:04

喵星大佬发表于 2022-6-21 16:29
charmm-gui

大佬可以说的稍微详细点吗？

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-21 18:28

sobereva 发表于 2022-6-21 18:03
如果你的rtp文件里同时有蛋白和糖的单元的定义，pdb2gmx运行一次就够了

这个怎么看呢，老师？我想加入的是海藻糖，一种简单的二塘。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-21 19:01

gongrehk 发表于 2022-6-21 18:04
大佬可以说的稍微详细点吗？

注册好了看教程，很简单的

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-21 20:47

喵星大佬发表于 2022-6-21 19:01
注册好了看教程，很简单的

好的谢谢您。我看一下。

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-22 13:47

喵星大佬发表于 2022-6-21 19:01
注册好了看教程，很简单的

您方便告知一下我这个例子应该看一下教程的具体哪一块吗？感觉Glycan Reader & Modeler这一块跟我的这个例子关系不是很大的样子。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-22 16:28

gongrehk 发表于 2022-6-22 13:47
您方便告知一下我这个例子应该看一下教程的具体哪一块吗？感觉Glycan Reader & Modeler这一块跟我的这个 ...

就是用它生成糖的拓扑文件，然后先正常用gmx pdb2gmx生成蛋白的文件，然后用gmx insert-molecules来插入相应数量的这个玩意

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-24 15:30
本帖最后由 gongrehk 于 2022-6-24 17:59 编辑

喵星大佬发表于 2022-6-22 16:28
就是用它生成糖的拓扑文件，然后先正常用gmx pdb2gmx生成蛋白的文件，然后用gmx insert-molecules来插入 ...

谢谢您的回复！
我用Ligand Reader & Modeler建模生成了海藻糖的pdb文件，然后用gmx insert-molecules插入相应数量的糖分子到蛋白质盒子中，接着溶于水后想添加离子。不过GROMACS爆出了一下以下两类错误:
ERROR 7 [file treha.itp, line 301]:
No default U-B types

ERROR 8 [file treha.itp, line 322]:
No default Proper Dih. types
即使是用CGenFF生成GROMACS需要的pdb,itp,top和prm文件，然后用gmx insert-molecules插入相应数量的糖分子到蛋白质盒子里进行添加离子的操作，也是一样的错误。
以上是第一种方式，第二种方式是Glycan Reader & Modeler建模生成了海藻糖的rsf和crd文件，然后我用Multicomponent Assembler想溶解糖和蛋白分子，也是出现与以上一样的错误。应该是缺少一些angle和torsion angle的信息，不知道怎么解决

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-24 18:01

喵星大佬发表于 2022-6-22 16:28
就是用它生成糖的拓扑文件，然后先正常用gmx pdb2gmx生成蛋白的文件，然后用gmx insert-molecules来插入 ...

感觉生成糖的拓扑是不是要用Glycan Reader & Modeler模块啊，而不是Ligand Reader & Modeler？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-6-24 23:54
本帖最后由喵星大佬于 2022-6-25 07:49 编辑

gongrehk 发表于 2022-6-24 18:01
感觉生成糖的拓扑是不是要用Glycan Reader & Modeler模块啊，而不是Ligand Reader & Modeler？

不一样，Ligand Reader是用的你提供的mol2文件，要你自己提供链接关系，最后用的是CGenFF力场的参数。Glycan Reader模块不需要提供结构，直接用他的下拉菜单构建糖组分/连接方式/修饰，用的是Charmm36的多糖参数，下下来里面有相应的结构的mol2文件，一般来说结果会更合理性，毕竟专门优化的考虑了诸如异头效应之类的参数

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-6-25 12:49

喵星大佬发表于 2022-6-24 23:54
不一样，Ligand Reader是用的你提供的mol2文件，要你自己提供链接关系，最后用的是CGenFF力场的参数。Gly ...

再次感谢您的回答。不过Glycan Reader模块没法生成只有糖分子的拓扑结构是吗？我操作下去后面总是要加入水(而且是TIP3).如何只获取糖分子的用于Gromacs模拟的拓扑结构呢？毕竟后面还要insert到蛋白的盒子里进行模拟。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)