计算化学公社

标题: Open molcas安装求助 [打印本页]

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-21 16:28
标题: Open molcas安装求助
电脑小白，自己用ubantu系统装open molcas好多次了。但是到icc那段代码就会报错。有大佬能教一下吗？如果能帮忙安装就更好了，有偿（不熟悉行情，请大佬带价。联系方式qq：1850946273）挺急的，万分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-21 17:46
在本论坛别动不动就“有偿”而且还留联系方式，本论坛不是充满铜臭味的地方，仔细看置顶的社员必读贴

那叫Ubuntu

说清楚你之前的具体编译过程，什么软件环境，编译期间都输入了什么，出错时报了什么错，别人才能告诉你怎么解决

把问题交代清楚，不是偏门的问题在本论坛通常就能免费解决问题

以后好好把此文看了再发帖
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-21 19:22
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-21 19:24 编辑

《量子化学程序OpenMolcas的简易安装》按照此文安装v21.06，十几分钟就搞定了，有钱没地方花

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-22 07:54

sobereva 发表于 2022-6-21 17:46
在本论坛别动不动就“有偿”而且还留联系方式，本论坛不是充满铜臭味的地方，仔细看置顶的社员必读贴

那 ...

对不起，主要是太急了，刚刚接触这类软件和系统。结果装都装不上。所以如果求助帖上的话语违反规定冒犯到您，多有得罪。下次注意。十分感谢您的帮助。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-22 07:57

zjxitcc 发表于 2022-6-21 19:22
《量子化学程序OpenMolcas的简易安装》按照此文安装v21.06，十几分钟就搞定了，有钱没地方花

我自己安装的确是按照这个教程走的，但我装的是22.06，然后我的cmake是3.16的，到icc那段代码就有error了，我再按照步骤装一次21.06试试，谢谢您

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-22 09:20

yellow233 发表于 2022-6-22 07:57
我自己安装的确是按照这个教程走的，但我装的是22.06，然后我的cmake是3.16的，到icc那段代码就有error了 ...

有error贴error，不然别人不知道你是什么报错，没法给出具体建议。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-22 13:43
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-22 13:44 编辑

yellow233 发表于 2022-6-22 07:57
我自己安装的确是按照这个教程走的，但我装的是22.06，然后我的cmake是3.16的，到icc那段代码就有error了 ...

教程没问题，按那写的确实能安装v21.06。你要装v22.06，不同的地方自己要会随机应变，不懂的话看我后来写的《离线安装OpenMolcas-v22.06》

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-22 19:32
谢谢各位老师的建议和帮助，我今天装了21.06的OpenMolcas，还是在icc那段出现了问题（虽然比前几天进度会好点）。下面是错误处截图。（链接：https://pan.baidu.com/s/1k_b5aH-uTn0DhlrZE2Xjeg?pwd=2333
提取码：2333 ）（ps：如果下面没看到可以通过网盘查看）。我也不知道这样发问题是否会冒犯各位。总之若有得罪处请多多包涵，在这里十分感谢各位老师。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-22 19:47

yellow233 发表于 2022-6-22 19:32
谢谢各位老师的建议和帮助，我今天装了21.06的OpenMolcas，还是在icc那段出现了问题（虽然比前几天进度会好 ...

报错很明显，Some python modules are not available: pyparsing。你装个Anaconda Python3就不用担心缺这些库了，而两篇安装教程里明确提到“安装前提”、“安装前”该注意什么。（当然，你也可以单独安装pyparsing这个库，但不代表你接下来不会缺其他库，所以不如Anaconda Python3全家桶一股脑）。另外，我在7L也已经贴出了最新版安装教程的链接。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-23 07:00

zjxitcc 发表于 2022-6-22 19:47
报错很明显，Some python modules are not available: pyparsing。你装个Anaconda Python3就不用担心缺这 ...

谢谢老师，但我已经装了anaconda3了，可是还是显示这个问题。是需要编绎什么代码来建立（molcas和anaconda的）连接吗？

作者
Author: pwzhou 时间: 2022-6-23 09:21

yellow233 发表于 2022-6-23 07:00
谢谢老师，但我已经装了anaconda3了，可是还是显示这个问题。是需要编绎什么代码来建立（molcas和anacond ...

装完anaconda3有没有设置好环境变量激活conda？which conda和which python能不能正确定位安装好的conda?

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-23 10:58
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-23 13:32 编辑

pwzhou 发表于 2022-6-23 09:21
装完anaconda3有没有设置好环境变量激活conda？which conda和which python能不能正确定位安装好的conda?

不好意思回复错楼层了。是要@yellow233
不需要激活conda。运行以下两行命令
which python
python --version
截图展示运行结果，让大家看看你有没安装成功。

作者
Author: Freeman 时间: 2022-6-23 12:37
本帖最后由 Freeman 于 2022-6-23 12:39 编辑

yellow233 发表于 2022-6-23 07:00
谢谢老师，但我已经装了anaconda3了，可是还是显示这个问题。是需要编绎什么代码来建立（molcas和anacond ...

装anaconda之后肯定没有激活。激活后，命令行用户名的最左边应该出现(base)字样。可能需要重启一下命令行。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-23 13:09
谢谢各位老师的帮助，已经安装好了，但是在测试自带的100个示例时，所有示例都显示failed。现在电脑不在身边没法传图。下午再传。再次感谢各位的帮助。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-23 13:16

Freeman 发表于 2022-6-23 12:37
装anaconda之后肯定没有激活。激活后，命令行用户名的最左边应该出现(base)字样。可能需要重启一下命令行 ...

这倒是也不一定吧，比如装了Environment Module，用它的source-sh bash xxx.bash命令的时候，有关自动补全，PS1、PS2变量相关的设置都不会生效，只有诸如PATH之类的变量会被正确设置，使用脚本的话倒是没影响...

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-23 13:29

yellow233 发表于 2022-6-23 13:09
谢谢各位老师的帮助，已经安装好了，但是在测试自带的100个示例时，所有示例都显示failed。现在电脑不在身 ...

那肯定是不对的。另外，不要截图100个failed给大家看（那没用），直接去OpenMolcas-v22.06/test/tmp下找一两个输出文件看报错信息，或上传一两个报错的输出文件。
PS：强烈建议再次阅读两篇安装教程，一个字都不要放过，我估计你跳过了一些字没看，自以为不重要。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-23 14:26

zjxitcc 发表于 2022-6-23 13:29
那肯定是不对的。另外，不要截图100个failed给大家看（那没用），直接去OpenMolcas-v22.06/test/tmp下找 ...

谢谢老师，我看了您的那两篇帖子，22.06和21.06的区别就在于多了Libxc的库，我现在使用的是21.06，所以这段代码应该是没有影响的。我唯一没输入的代码就是那段清空临时文件的代码。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-23 14:29

yellow233 发表于 2022-6-23 14:26
谢谢老师，我看了您的那两篇帖子，22.06和21.06的区别就在于多了Libxc的库，我现在使用的是21.06，所以这 ...

教程中写着环境变量MOLCAS_MEM=32Gb，你机器可能没有这么多内存，要按照机子内存情况修改，不能机械照抄

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-23 14:37

zjxitcc 发表于 2022-6-23 14:29
教程中写着环境变量MOLCAS_MEM=32Gb，你机器可能没有这么多内存，要按照机子内存情况修改，不能机械照抄

谢谢老师，主要只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录。还有50g是空出来的，所以我以为是够用的。忘了事先查看内存的使用情况了。谢谢您的帮助。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-23 14:52

yellow233 发表于 2022-6-23 14:37
谢谢老师，主要只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录。还有50g是空出来的，所以我以为是够用的。 ...

非也，分清楚内存和硬盘。“只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录”这说的是硬盘，不是内存。运行free -h或free -g查看当前Linux系统内存情况

作者
Author: yellow233 时间: 2022-6-24 09:42

zjxitcc 发表于 2022-6-23 14:52
非也，分清楚内存和硬盘。“只给了linux系统100个G然后分了50个G给根目录”这说的是硬盘，不是内存。运行 ...

谢谢老师，改了运行内存后可以运行了。感谢您这段时间的帮助

作者
Author: yellow233 时间: 2022-7-4 10:20
各位老师好，我在运行seward模块时遇到一些问题。下面input文件是借用了Seijo Luis写的input的内容。但是运行时显示R02O不是关键词。我也试过改成R02O02，但还是显示no keyword。然后我还试着删除了R02O这个关键词，又显示了以下问题。（附带图和input文件）。所有内容都是自己摸索的，还望老师们不吝赐教。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-4 10:28

yellow233 发表于 2022-7-4 10:20
各位老师好，我在运行seward模块时遇到一些问题。下面input文件是借用了Seijo Luis写的input的内容。但是运 ...

仅就R02O而言，这个是因为旧版OpenMolcas开启DKH2哈密顿关键词确实是R02O，但最近两年的版本改了，是RELAtivistic = R02O

其他基组、赝势和坐标部分我看不懂，不知道有没问题。我自己平时都是用fch2iporb小程序从fch文件生成OpenMolcas输入文件的。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-7-4 19:49

zjxitcc 发表于 2022-7-4 10:28
仅就R02O而言，这个是因为旧版OpenMolcas开启DKH2哈密顿关键词确实是R02O，但最近两年的版本改了，是RELA ...

好的，谢谢老师。按照您的代码没有keyword报错了。但还是运行错误。我对照了一下 Basis set的基集。发现了一些问题。Pr和F的primitive的电子排布对不上。Ba的基集完全没有。（Seijo Luis用的是molcas，有没有可能基集有修改？）

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-4 21:12

yellow233 发表于 2022-7-4 19:49
好的，谢谢老师。按照您的代码没有keyword报错了。但还是运行错误。我对照了一下 Basis set的基集。发现 ...

不知道。这种情况我平时都是这样的：写个gjf文件
#p RHF genecp nosymm int(DKH2,nobasistransform) guess(only,save)

title

0 1
[坐标]
[空行]
[基组和赝势]
[空行]
[空行]

把gjf提交给高斯，一两秒后算完，获取fch文件
formchk a.chk a.fch

获取OpenMolcas输入文件（会生成.input和.INPORB文件）
fch2inporb a.fch

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-4 21:31

yellow233 发表于 2022-7-4 10:20
各位老师好，我在运行seward模块时遇到一些问题。下面input文件是借用了Seijo Luis写的input的内容。但是运 ...

你这个输入从哪里学来的？我猜这只是个示例，实际计算中基本不会出现全电子基组和ecp混用的情况。你给所有原子都用ANO-RCC系列就行了。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-7-5 09:27

zjxitcc 发表于 2022-7-4 21:12
不知道。这种情况我平时都是这样的：写个gjf文件
#p RHF genecp nosymm int(DKH2,nobasistransform) gue ...

好的，谢谢老师

作者
Author: yellow233 时间: 2022-7-5 09:40

hebrewsnabla 发表于 2022-7-4 21:31
你这个输入从哪里学来的？我猜这只是个示例，实际计算中基本不会出现全电子基组和ecp混用的情况。你给所 ...

老师您好，这个其实是有2个有关seward的文件，一个是input.head,一个是input.embedding。主要是不知道embedding文件是怎么来的。所以只传了head文件。下面这个是seward的原文件

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-5 15:05

yellow233 发表于 2022-7-5 09:40
老师您好，这个其实是有2个有关seward的文件，一个是input.head,一个是input.embedding。主要是不知道emb ...

这不属于常见类型的计算，如果你只是学习openmolcas的话，不需要看这个。除非你是要重复文献的计算

作者
Author: yellow233 时间: 2022-7-5 15:40

hebrewsnabla 发表于 2022-7-5 15:05
这不属于常见类型的计算，如果你只是学习openmolcas的话，不需要看这个。除非你是要重复文献的计算

老师您好，我的确需要了解这方面的一个运算。这个head文件是从一个晶胞中取出的一个分子做的运算吗，embedding文件是取出分子后的剩余晶胞（或者说是head文件的一个分子周围的环境吗？）

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-7-5 16:20

yellow233 发表于 2022-7-5 15:40
老师您好，我的确需要了解这方面的一个运算。这个head文件是从一个晶胞中取出的一个分子做的运算吗，embe ...

那你直接问作者本人吧。

作者
Author: yellow233 时间: 2022-7-6 09:22

hebrewsnabla 发表于 2022-7-5 16:20
那你直接问作者本人吧。

好的，谢谢您的建议

作者
Author: ldhkc 时间: 2024-4-18 10:31

yellow233 发表于 2022-6-23 13:09
谢谢各位老师的帮助，已经安装好了，但是在测试自带的100个示例时，所有示例都显示failed。现在电脑不在身 ...

你好，请问你解决这个问题了吗？我运行这个验证套件也显示了很多套件都失败了
standard:000 Failed! ([none])
standard:001 Failed! ([none])
standard:002 Failed! ([none])
standard:003 Failed! ([none])
standard:004 Failed! ([none])
standard:005 Failed! ([none])
standard:006 Failed! ([none])
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standard:099 Failed! ([none])
standard:807 Failed! ([none])
standard:808 Failed! ([none])
standard:862 Failed! ([none])

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)