计算化学公社

标题: 请问如何理解范德华能和静电能的正负值的意义？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-6-21 19:19
标题: 请问如何理解范德华能和静电能的正负值的意义？
请问分子间的相互作用能如何理解，我看使用GROMACS计算分子间相互作用说的，在gromacs里面，分子间非键相互作用由范德华能和静电能组成，GROMACS中文手册：第四章　相互作用函数和力场这里说明了范德华能和静电能的计算函数。范德华能对应的是gromacs里面的LJ，静电能对应的是coul？
gromacs计算出来的LJ和coul为负值代表什么？LJ绝对值越大，分子间相互作用越强吗？coul呢？
我看下图LJ代表分子间势能，随着两个分子间距离，LJ变化，请问分子间距离越近代表相互作用越强吗，这时LJ是大于0的吗？LJ小于零的时候代表了什么？
coul的图的值大小则是随着距离的增大而减小，请问coul是不会有负值的吗？但我计算的coul值时小于0的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-21 22:23
先正经学点分子力场的基本知识，诸如看看Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)一书或者参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班，知道分子力场里每一项都描述什么、依赖什么量以什么函数形式计算的，物理意义自然就明白了。

静电作用（库仑作用，Coul）显然可正可负。有点高中物理常识，并且知道什么是原子电荷，不可能不理解。

另建议看下文的基于分子力场讨论分子间相互作用的例子
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

作者
Author: yee 时间: 2022-6-22 10:07
好的，谢谢老师，培训班开展一定参加

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