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标题: 执行gmx mdrun -v -deffnm em之后报错 [打印本页]

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Author: Reisende 时间: 2022-6-22 09:35
标题: 执行gmx mdrun -v -deffnm em之后报错
本帖最后由 Reisende 于 2022-6-22 14:43 编辑

请教大家，在我执行gmx mdrun -v -deffnm em会报错：
Fatal error:
Not enough memory. Failed to allocate 18446744071858593243 aligned elements of
size 4 for grid->grid (called from file/build/gromacs-NyEPF4/gromacs-2020.1/src/gromacs/ewald/pme_grid.cpp, line 571)

具体情况如下：
首先是在执行gmx grompp -f ×××.mdp -c R245famix_GMX.gro -p R245famix_GMX.top -o em.tpr -maxwarn 1命令时：
×××.mdp若使用
(1)minim.mdp：
integrator          = steep
emtol                = 100.0
emstep             = 0.01
nsteps             = 50000
nstlist                = 1
cutoff_scheme  = Verlet
ns-type             = grid
coulombtype    = PME
rcoulomb          = 1.0
rvdw                = 1.0
pbc                   = xyz
则会产生一个warning：You are using Ewald electrostatics in a system with net charge
检查之后发现：System has non-zero total charge: 0.001408，所以增加了一个 -maxwarn 1来忽略这个警告（虽然还是会提示这个warning）；
继续往下走，执行gmx mdrun -v -deffnm em，就会出现Fatal error，如图:

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但如果使用
(2)em.mdp：
integrator             = steep

nsteps                   = 500（这里500是因为500和5000差不多）
则不会出现警告，并在依次执行
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg  10 0 会得到如图的Epot曲线
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

针对这个问题，我想请教一下出现这个的原因和我该从哪方面入手去解决，谢谢
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-22 10:30
跟那个warning没直接关系
如果之后动力学能正常跑，而且你确信gro和top文件都合理，就不用想太多

你应当看的是em过程中势能的变化，看Vir-XX没意义

作者
Author: Reisende 时间: 2022-6-22 14:41

sobereva 发表于 2022-6-22 10:30
跟那个warning没直接关系
如果之后动力学能正常跑，而且你确信gro和top文件都合理，就不用想太多

谢谢老师。
那个上次请教您之后我就没管那个warning了，现在是继续往后跑：gmx mdrun -v -deffnm em 就会报错，我想请教一下出现这个错误的原因，以及我该从哪方面下手去解决。
那个 Vir-XX 是我选错了，第二个em的势能变化已修改

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-22 15:49

Reisende 发表于 2022-6-22 14:41
谢谢老师。
那个上次请教您之后我就没管那个warning了，现在是继续往后跑：gmx mdrun -v -deffnm em 就 ...

模拟崩溃这类问题能说的基本在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里我都说了，没什么能补充的

作者
Author: Reisende 时间: 2022-6-24 17:30

sobereva 发表于 2022-6-22 15:49
模拟崩溃这类问题能说的基本在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里我都说了，没什么能补充的

好的，谢谢老师

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