计算化学公社

标题: 求助.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的设置问题 [打印本页]

作者
Author: lnz 时间: 2022-6-24 15:40
标题: 求助.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的设置问题
对等能量(NVE)模拟, 缓冲大小由对应于速度(无论由何种合适的方法产生, 或由输入文件提供)的温度来决定. 此外, 容差可以设置为–1, 并手动指定缓冲: rlist > max(rcoulomb, rvdw). 得到合理缓冲大小的最简单方法是: 利用NVT的mdp文件并将目标温度设定为NVE模拟中你希望使用的温度, 然后将grompp打印出的缓冲大小移植到NVE的mdp文件中.
上述是手册里的话，我有这两个疑惑，第一，如何利用NVT的mdp，用grompp输出缓冲区大小。第二，我现在使用的系综应该算是NPT,但是体系中的一个组去除了温度耦合，在这种情况下我该根据什么来设置Verlet-buffer-tolerance或者是rlist才算是合理的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-25 03:07
永远不要把英文手册里的内容翻译成中文再问，别扭得很

对于当前的版本，根本没必要自己改这个，让程序自动设置就完了

作者
Author: lnz 时间: 2022-6-25 09:24

sobereva 发表于 2022-6-25 03:07
永远不要把英文手册里的内容翻译成中文再问，别扭得很

对于当前的版本，根本没必要自己改这个，让程序自 ...

老师，我看一般都会是默认值Verlet-buffer-tolerance = 0.005，程序是如何自动设置的？我是在mdp里不写Verlet-buffer-tolerance和rlist，gromacs就会设置成合理的参数么。然后我关注到这个参数的原因是在Verlet-buffer-tolerance= 0.005的时候，我的不控温的组的温度会出现一个骤降，然后改为Verlet-buffer-tolerance=10e-8之后就可以解决问题，所以我想知道一个就是说如何设置是合理的，或者是说我改这个会不会有什么问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-25 16:53

lnz 发表于 2022-6-25 09:24
老师，我看一般都会是默认值Verlet-buffer-tolerance = 0.005，程序是如何自动设置的？我是在mdp里不写 ...

默认情况下，程序根据verlet-buffer-tolerance给定的可接受误差，根据一定关系确定出buffer距离大小，再结合cutoff就间接地得到了rlist值。这种做法一般没问题，但你提到有的组没用控温，也许此时gmx考虑不周到导致问题。
如果你发现那么改可以解决问题，可以那么用。
另外，verlet-buffer-tolerance设-1的时候，rlist会用你自己明确设的值，大于rcoulomb和rvdw的部分就相当于buffer。如果你对gmx自动设的rlist不放心，也可以自己这么明确设置。

作者
Author: zxk 时间: 2023-9-7 15:53

sobereva 发表于 2022-6-25 16:53
默认情况下，程序根据verlet-buffer-tolerance给定的可接受误差，根据一定关系确定出buffer距离大小，再 ...

老师，这篇文献https://chemrxiv.org/engage/chem ... faeb053dad33a692084中提到了默认的rlist会产生压力不平衡，审稿人提到了这个问题，请问有没有必要修改参数重跑吗？感谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-7 21:19

zxk 发表于 2023-9-7 15:53
老师，这篇文献https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/64b55faeb053dad33a692084中提到 ...

一家之言

作者
Author: CruiseBend 时间: 2023-12-4 16:04

zxk 发表于 2023-9-7 15:53
老师，这篇文献https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/64b55faeb053dad33a692084中提到 ...

哥们我也被问到了一样得问题，想问下你怎么回答得

作者
Author: zxk 时间: 2023-12-4 16:43

CruiseBend 发表于 2023-12-4 16:04
哥们我也被问到了一样得问题，想问下你怎么回答得

我研究的蛋白配体复合物体系，文献中研究的是细胞膜大体系，并且强调了这个问题出现在大体系中。所以认为同样的问题可能不会出现在我的蛋白复合物小体系中。然后审稿人认可了，文章就接收了。

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