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标题: 给pdb中每个蛋白加上chainID 后，就无法加载轨迹文件了。请问为什么？ [打印本页]

作者
Author: bingzan 时间: 2022-6-25 09:33
标题: 给pdb中每个蛋白加上chainID 后，就无法加载轨迹文件了。请问为什么？

      您好，我有个pdb文件（out.pdb）,里面有36个蛋白。对应的轨迹文件是out.trj。在VMD中，out.trj可以正常加载到out.pdb文件上。       为了能在VMD中以不同颜色区分蛋白，我给pdb中所有蛋白加上了chainID, 新的pdb文件是new-out.pdb。但在尝试把out.trj文件加载到new-out.pdb文件上时，发现就不行了，vmd会报错（见附件图片），显示Incorrect number of atoms (228447) in coordinate file 。
      请问这个问题应该怎么解决？我只是把原先的pdb加上了chain ID,为什么会导致原子数目的改变呢？我把两个pdb仔细对比了，确实只是多了chainID。

*两个pdb文件和out.trj文件太大了，无法上传到附件，这个是网盘链接：链接: https://pan.baidu.com/s/19u6-UOKAMP6XIjFeOjp0UA  密码: miru

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-25 23:46
看载入pdb时VMD文本窗口显示的原子数是多少
实在没辙就载入轨迹后用VMD的命令行来设置Chain ID，或者设置representation时用原子序号选择不同的chain

作者
Author: bingzan 时间: 2022-6-26 10:33
谢谢老师的指导！！ vmd载入new-out.pdb时，确实原子数和out.pdb载入时显示的不一样。但是两个pdb文件的行数确实是一样的，请问这是什么道理？
由于pdb中ATOM序号只有5位数字，而我的原子很多，所以会出现11000、111000、211000号原子都显示11000的情况，所以在representation设置时，不能用原子序号选择chain。请问您说的“载入轨迹后用vmd命令行设置chainID”要怎么操作？我没有查到不用原子序号选择的方法。

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