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标题: 用cp2k优化晶体结构出现结构扭曲坍塌变形 [打印本页]

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-6-26 10:51
标题: 用cp2k优化晶体结构出现结构扭曲坍塌变形
本帖最后由 XYHhhh 于 2022-6-26 10:51 编辑

老师好，我从Materials Project晶体库下载的.cif文件转成.pdb文件，用Multivfn生成cp2k输入文件进行晶胞优化出错，截出最后一步结构发现结构出现明显坍塌，请问是需要设置边界条件之类的吗？如何设置边界条件，还是需要固定某些原子位点，具体如何实现

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-6-26 11:15
为啥要转成pdb文件，多此一举，并且晶格参数全丢了，优化出来不出问题才见鬼了
直接把cif丢进去生成inp再优化再看看

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-6-26 14:55

Eudaimonia 发表于 2022-6-26 11:15
为啥要转成pdb文件，多此一举，并且晶格参数全丢了，优化出来不出问题才见鬼了
直接把cif丢进去生成inp再 ...

转成.pdb就没有周期性，是想构建团簇

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-26 18:15

XYHhhh 发表于 2022-6-26 14:55
转成.pdb就没有周期性，是想构建团簇

说清楚到底是想优化团簇还是优化晶体

你若以晶体为初始结构不考虑周期性当成孤立团簇来优化，坍塌是极为正常的

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-6-26 21:49

XYHhhh 发表于 2022-6-26 14:55
转成.pdb就没有周期性，是想构建团簇

你先把团簇和晶体的概念整明白了再说

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-6-27 10:09

sobereva 发表于 2022-6-26 18:15
说清楚到底是想优化团簇还是优化晶体

你若以晶体为初始结构不考虑周期性当成孤立团簇来优化，坍塌是极 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: XYHhhh 时间: 2022-6-27 10:10

Eudaimonia 发表于 2022-6-26 21:49
你先把团簇和晶体的概念整明白了再说

谢谢老师

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