计算化学公社

标题: 测量两个面之间夹角的tcl语言脚本编写问题 [打印本页]

作者
Author: 知黑守白 时间: 2022-6-26 18:30
标题: 测量两个面之间夹角的tcl语言脚本编写问题
还是这个问题，详细情况在下帖中：

如何测量两个面的夹角（不是二面角） - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

我想用VMD内置的tcl语言测量两个平面之间的夹角，一个平面来自小分子，另一个平面来自蛋白的helix

在尝试了上贴中各位大佬给的建议之后，我按照培训班中卢老师的脚本进行了尝试改写，如下图和附件中所示。

蛋白helix对应的平面原子编号为 “Index 4936 4992 5045 5089" 小分子对应的平面原子编号为 “Index 8355 8351 8362"

运行的时候，一直报错，提示acos为空值，应该是上一步的 “set zcomp [lindex [lindex [lindex [measure inertiaZ $sel $sur] 1] 2] 2]” 写的不对

我在VMD官网的user guide里面看到的 inertiaZ这个指令，可能还没有更新到win版和linux版的VMD当中？

这几天一直在尝试修改这个脚本，以期得到我想测量的值，但都失败了，又很着急，请求各位大佬指正，我要怎么修改才能测量出想要的夹角？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-27 05:11
helix和平面没什么直接联系，不知道你说的是什么平面，得给个示意图
遇到脚本出不来结果的时候，就不要一下子把好多个语句嵌套在一起，应该拆开来一条一条执行。即每个[ ]子语句的执行作为一行，并且结果赋值到一个变量里，在脚本中把这个变量puts显示出来，这样自然就能分析到底哪个地方有问题。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-27 10:41
我还以为你要做某个平面的拟合（超过3个原子），那得做奇异值分解，用Tcl实现估计比较难。只是随口说一句，如果硬要做这个，可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-23019-1-1.html，用C语言链接LAPACK做个SVD的接口。。。另外几十个GB的xyz也不至于大到不能接受，有个硬盘大点的服务器，多等一会儿还是能出结果的。

作者
Author: lyj714 时间: 2022-6-27 11:51
三点以上平面需要拟合，tcl有数学库可以做最小二乘奇异值分解。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-28 16:59

lyj714 发表于 2022-6-27 11:51
三点以上平面需要拟合，tcl有数学库可以做最小二乘奇异值分解。

Tcl居然还有这种库，求一下库的名字，感激

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