计算化学公社

标题: 用opt=tight搭配int=ultrafine解决虚频问题时出现能量震荡怎么办？ [打印本页]

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Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 20:56
标题: 用opt=tight搭配int=ultrafine解决虚频问题时出现能量震荡怎么办？
Lu老师和各位小伙伴们：
你们好！
我最近在对12个单元的PVDF进行Opt+Freq时，log文件成功收敛了但是出现几个虚频，于是接下来我去计算化学公社论坛Google搜索框搜索怎么解决虚频，然后看到了Sober老师的帖子《Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法http://sobereva.com/278》，里边告诉了我虚频出现的根本原因及解决办法，我于是按照帖子的办法在自己的gjf文件里添加了关键词"opt=tight int=ultrafine"，满怀希望地等待成功的好消息，但是在等了几个小时还是没有结束后我忍不住打开log文件看了下结果发现出现了微弱且有规律的小能量震荡。现在我该怎样做去解决这个新问题呢？

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Author: wzkchem5 时间: 2022-6-26 21:01
按照http://sobereva.com/164的方法解决

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Author: zjxitcc 时间: 2022-6-26 21:02
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-26 21:04 编辑

应该使用opt(rcfc,tight,maxstep=15)，rcfc表示从之前做频率分析、有虚频的chk文件里读取力常数（可以减少计算量，而且这是精确二阶导数，Hessian情况能够被精确识别出。同时这要求你%chk=应该指向之前算好的那个.chk文件），但你没加rcfc，也没用calcfc，表示你只算了精确一阶导数，二阶导数用的是高斯内置算法产生的近似的，这很可能没法反映虚频情况。maxstep=15表示减小优化步长为默认的一半，可能对振荡有帮助。

可能你也没写guess=read geom=allcheck（这可以读进之前算好的波函数，1圈收敛，节约时间）

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 21:27

wzkchem5 发表于 2022-6-26 21:01
按照http://sobereva.com/164的方法解决

好的，谢谢老师。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 21:30

zjxitcc 发表于 2022-6-26 21:02
应该使用opt(rcfc,tight,maxstep=15)，rcfc表示从之前做频率分析、有虚频的chk文件里读取力常数（可以减少 ...

老师，我用的是超算，"%chk=应该指向之前算好的那个.chk文件"这一步要怎么弄呢？我都是直接把gjf文件放进超算，等它算完之后就会自动给我一个chk文件和log文件。。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-26 21:35

ReviewReview 发表于 2022-6-26 21:30
老师，我用的是超算，"%chk=应该指向之前算好的那个.chk文件"这一步要怎么弄呢？我都是直接把gjf文件放进 ...

把之前算好的chk文件上传到超算。新的gjf文件里开头写%chk=上传的chk文件名

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 21:35

zjxitcc 发表于 2022-6-26 21:35
把之前算好的chk文件上传到超算。新的gjf文件里开头写%chk=上传的chk文件名

嗯嗯，好的老师。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 21:55

zjxitcc 发表于 2022-6-26 21:02
应该使用opt(rcfc,tight,maxstep=15)，rcfc表示从之前做频率分析、有虚频的chk文件里读取力常数（可以减少 ...

老师按您的意思算例部分的关键词应该这样写吗："opt(rcfc,tight,maxstep=15) guess=read geom=allcheck freq"？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-26 21:59

ReviewReview 发表于 2022-6-26 21:55
老师按您的意思算例部分的关键词应该这样写吗："opt(rcfc,tight,maxstep=15) guess=read geom=allcheck f ...

这些是必须写的。至于其他那些方法、基组、隐式溶剂、对称性之类的关键词，你原来怎么写现在就怎么写

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 22:01

zjxitcc 发表于 2022-6-26 21:59
这些是必须写的。至于其他那些方法、基组、隐式溶剂、对称性之类的关键词，你原来怎么写现在就怎么写

嗯嗯这个知道的老师。谢谢您。

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-26 23:36
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-26 23:38 编辑

zjxitcc 发表于 2022-6-26 21:02
应该使用opt(rcfc,tight,maxstep=15)，rcfc表示从之前做频率分析、有虚频的chk文件里读取力常数（可以减少 ...

好神奇！由于上次用关键词"opt=tight int=ultrafine"跑出来的发生了震荡的文件我只保留了gjf文件，log文件没有保留chk文件，所以为了得到chk文件以便进一步按您教我的方法去解决震荡问题，我又把上次的gjf文件没做任何改动原模原样放进超算去重新跑了一次，这次居然无任何小震荡成功收敛并且无一虚频。真的是山重水复疑无路，柳暗花明又一村，真的太神奇太玄学了，难道是上次运气不好这次运气又变好了吗

。。。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-27 09:13

ReviewReview 发表于 2022-6-26 23:36
好神奇！由于上次用关键词"opt=tight int=ultrafine"跑出来的发生了震荡的文件我只保留了gjf文件，log文 ...

你没仔细看我在3L的回复，rcfc的%chk必须指向做频率分析的chk文件，而非上次用关键词"opt=tight int=ultrafine"跑出来的发生了震荡的文件（这东西连频率分析都没有，哪来的力常数可以读取）

作者
Author: ReviewReview 时间: 2022-6-27 14:06
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-27 14:09 编辑

zjxitcc 发表于 2022-6-27 09:13
你没仔细看我在3L的回复，rcfc的%chk必须指向做频率分析的chk文件，而非上次用关键词"opt=tight int=ult ...

昂昂对啊，我脑子犯糊涂啦老师，发生能量震荡软件是不会继续进行Freq分析的，对不起老师。
不过，有趣的是，上次用关键词"#p opt=tight int=ultrafine freq b3lyp/6-31g(d) em=GD3BJ"跑出来的发生了震荡的gjf文件昨晚没做任何改动重跑一次居然顺利收敛并且没有虚频，所以现在我已经成功得到我想要的log文件了，只是心中在开心之余总觉的有些疑神疑鬼，正所谓事出反常必有妖这么个意思。。。

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-6 09:35
本帖最后由 gjf 于 2022-12-6 09:39 编辑

zjxitcc 发表于 2022-6-26 21:02
应该使用opt(rcfc,tight,maxstep=15)，rcfc表示从之前做频率分析、有虚频的chk文件里读取力常数（可以减少 ...

老师，我没太明白这个是为了解决振荡的还是解决存在虚频问题的，我也遇到了同样的问题，在计算结构优化时出现了一个很小的虚频，我想消去这个虚频。
按照您的方法，您看这样设置对不对，把原来计算出现虚频的gjf文件重新设置如下，然后重新进行结构优化。
%mem=10GB
%nprocshared=10
%chk=dd.chk（这是之前计算出现虚频的chk名称）
#p opt=(rcfc,tight,maxstep=15,cartesian,gdiis) guess=read geom=allcheck freq ub3lyp/genecp em=gd3bj

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-12-6 11:29
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-12-6 11:31 编辑

gjf 发表于 2022-12-6 09:35
老师，我没太明白这个是为了解决振荡的还是解决存在虚频问题的，我也遇到了同样的问题，在计算结构优化时 ...

tight,cartesian,gdiis没有必要；/genecp可以改成 chkbasis，这样底下不用抄一遍自定义基组或赝势；如果还有虚频，可以加上tight

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Author: gjf 时间: 2022-12-6 14:44

zjxitcc 发表于 2022-12-6 11:29
tight,cartesian,gdiis没有必要；/genecp可以改成 chkbasis，这样底下不用抄一遍自定义基组或赝势；如果 ...

%mem=10GB
%nprocshared=10
%chk=dd.chk（这是之前计算出现虚频的chk名称）
#p opt=(rcfc,maxstep=15) guess=read geom=allcheck freq ub3lyp chkbasis em=gd3bj
老师您看是这样写吗，我去掉genecp换成chkbasis这样计算时采用的基组还是我原来选的基组吗

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Author: zjxitcc 时间: 2022-12-6 15:09

gjf 发表于 2022-12-6 14:44
%mem=10GB
%nprocshared=10
%chk=dd.chk（这是之前计算出现虚频的chk名称）

chkbasis会从chk文件里读取上一步的基组和赝势信息

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Author: gjf 时间: 2022-12-6 15:18

zjxitcc 发表于 2022-12-6 15:09
chkbasis会从chk文件里读取上一步的基组和赝势信息

谢谢老师

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