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标题: cp2k跑分子动力学，跑了几十步后自己停了。显示内存溢出。 [打印本页]

作者
Author: sunhao 时间: 2022-6-27 11:34
标题: cp2k跑分子动力学，跑了几十步后自己停了。显示内存溢出。
cp2k跑分子动力学，跑了几十步后自己停了。显示内存溢出。跟客服联系，减少了核数，还是不行。请问这种问题怎么解决呢？
报错信息：
(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2022-6-27 11:55
cp2k内存溢出是老问题了换编译器/MPI 重新编译

作者
Author: abin 时间: 2022-6-27 20:23
图片显示的信息是，
你实际内存使用量超过了你在调度器申请的额度。

所以是out of memory kill.

如果已经申请了物理内存总量的90%，
还是遭遇这个问题。那就是编译器不当以及版本问题，或者bug.

你可以使用我调教的版本。
用的人说，解决了内存溢出问题。

签名连接中有你要的软件链接。

作者
Author: sunhao 时间: 2022-6-28 11:13

KiritsuguPapa 发表于 2022-6-27 11:55
cp2k内存溢出是老问题了换编译器/MPI 重新编译

好的，非常感谢。重新编译一下试试

作者
Author: sunhao 时间: 2022-6-29 09:39

KiritsuguPapa 发表于 2022-6-27 11:55
cp2k内存溢出是老问题了换编译器/MPI 重新编译

让工程师重新编译了一下，还是出现同样的报错。是我的体系太大了吗，大概500个原子。还是我的.inp里的参数设置有问题？请大佬指点。 (, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 28) (, 下载次数 Times of downloads: 27) (, 下载次数 Times of downloads: 25)

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2022-6-30 16:30

sunhao 发表于 2022-6-29 09:39
让工程师重新编译了一下，还是出现同样的报错。是我的体系太大了吗，大概500个原子。还是我的.inp里的参 ...

跑的过程中监控一下内存用量free -h 看看内存是不是跑着跑着逐渐变少是的话就是内存溢出bug

作者
Author: sunhao 时间: 2022-7-1 23:15

KiritsuguPapa 发表于 2022-6-30 16:30
跑的过程中监控一下内存用量free -h 看看内存是不是跑着跑着逐渐变少是的话就是内存溢出bug

确实是内存跑着跑着逐渐变少，最后内存被吃完，停了。。。 (, 下载次数 Times of downloads: 28) 请问这种情况怎么解决呢？非常感谢！

作者
Author: sunhao 时间: 2022-7-2 15:41

KiritsuguPapa 发表于 2022-6-30 16:30
跑的过程中监控一下内存用量free -h 看看内存是不是跑着跑着逐渐变少是的话就是内存溢出bug

发现参数PRECONDITIONER是FULL_ALL时，内存很快就满了，60步左右计算停止。
PRECONDITIONER是FULL_KINETIC时，内存上涨的比较慢，能跑2000步，但最终内存还是会爆掉。
但我的体系用FULL_KINETIC收敛很费劲，很耗时。。不是很合适。
一直搞不太懂，是我的体系太大了或者参数的问题？还是编译或者bug的问题。。搞了两周了都没搞定。。

用的cif格式的结构文件，近600个原子。
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用96个核跑的，9.1版本的cp2k。8.1的也试了，也是内存溢出。
(, 下载次数 Times of downloads: 27)

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2022-7-2 15:58
重新编译一下cp2k 用intel编译器和intel mpi试试。之前有因为openmpi或者ELPA这两个因素导致内存溢出的案例

作者
Author: sunhao 时间: 2022-7-2 16:20

KiritsuguPapa 发表于 2022-7-2 15:58
重新编译一下cp2k 用intel编译器和intel mpi试试。之前有因为openmpi或者ELPA这两个因素导致内存溢出的案 ...

好的，谢谢。我再试试。

作者
Author: Weldingspock 时间: 2023-4-27 16:41

KiritsuguPapa 发表于 2022-7-2 15:58
重新编译一下cp2k 用intel编译器和intel mpi试试。之前有因为openmpi或者ELPA这两个因素导致内存溢出的案 ...

您好，我也遇到了这个问题。我之前是用gcc编译， open mpi运行的。请问如果要用intel mpi的话是不是必须要用intel编译器编译才可以呢

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2023-6-5 15:55

Weldingspock 发表于 2023-4-27 16:41
您好，我也遇到了这个问题。我之前是用gcc编译， open mpi运行的。请问如果要用intel mpi的话是不是必须 ...

刚看到。应该也不是必须用intel编译器。
但是用最新的cp2k-2022 toolchain编译好像没这个问题了

作者
Author: exsolution 时间: 2023-10-30 17:07
请问博主解决了吗，再跑2023.2的时候也遇到了同样的问题，内存不断增大，最挤满C:\Users\11207\Desktop\微信图片_20231030170640.png

作者
Author: chemistryMaga 时间: 2024-7-23 10:10
遇到了相同的问题，怀疑是不是因为slurm的问题？

作者
Author: chemistryMaga 时间: 2024-7-23 10:12

exsolution 发表于 2023-10-30 17:07
请问博主解决了吗，再跑2023.2的时候也遇到了同样的问题，内存不断增大，最挤满

请问楼主问题解决了吗？

作者
Author: kirSTY 时间: 2024-9-3 20:01
楼主开了96个进程，单线程，相当于纯.popt版，进程之间不共享内存，内存占用自然会越来越大，等96进程彻底启动起来了肯定爆内存的。
如果超算可以多线程并行，修改export OMP_NUM_THREADS，结合低一点的np参数+psmp跑；或者在输入文件中限制内存占用量：“&XC/&HF/&MEMORY MAX_MEMORY”限制每个MPI进程的最大最内存用量。

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