计算化学公社

标题: 为什么采用二聚体模型来探讨分子间相互作用？ [打印本页]

作者
Author: Grease 时间: 2022-6-27 20:56
标题: 为什么采用二聚体模型来探讨分子间相互作用？
我在计算分子间相互作用时采用了两个分子的二聚体结构，被审稿人提出疑问，为什么首先想到用二聚体形式来探讨分子间相互作用？我的回答是参考目前主流文献，并用更多分子的模型结构进行了验证，但是还没有得到审稿人认可，想请教一下各位老师，希望能从根本上认识清楚这个问题。谢谢

作者
Author: Acee 时间: 2022-6-27 21:00
我之前有一篇文章探讨了，二聚体，四聚体，十二聚体这种相互作用...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-27 21:01
你先说清楚想研究的实际问题是什么、实际是什么情况，别人才能告诉你用二聚体模型是否合理，或者如果二聚体只是作为近似的模型，这种近似对于当前情况是否能够接受

当前具体怎么算的也都交代清楚，审稿人原话都贴上

作者
Author: Nannan27 时间: 2023-7-7 22:00

Acee 发表于 2022-6-27 21:00
我之前有一篇文章探讨了，二聚体，四聚体，十二聚体这种相互作用...

您好，能拜读一下文章吗

作者
Author: Kayla1488 时间: 2023-7-9 13:26

sobereva 发表于 2022-6-27 21:01
你先说清楚想研究的实际问题是什么、实际是什么情况，别人才能告诉你用二聚体模型是否合理，或者如果二聚体 ...

老师您好，由于我的物质存在两种晶型，分子构象以及氢键作用位点都相同，区别只有两种晶型的相邻分子间的朝向不同。所以想通过构建出两种晶型的二聚体，研究添加剂分子对两种二聚体的吸附构型及能量。请问老师这样是否可行

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-10 07:27

Kayla1488 发表于 2023-7-9 13:26
老师您好，由于我的物质存在两种晶型，分子构象以及氢键作用位点都相同，区别只有两种晶型的相邻分子间的 ...

如果添加剂是和晶体表面作用，得用实际晶体表面模型（周期性模型，或者簇模型）研究这个，光用二聚体没法体现。

作者
Author: Kayla1488 时间: 2023-7-10 11:31

sobereva 发表于 2023-7-10 07:27
如果添加剂是和晶体表面作用，得用实际晶体表面模型（周期性模型，或者簇模型）研究这个，光用二聚体没法 ...

sob老师，您的意思是我需要先构建团簇模型，再用添加剂分子去吸附团簇，然后比较添加剂对两种晶型的团簇的吸附能大小吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 11:11

Kayla1488 发表于 2023-7-10 11:31
sob老师，您的意思是我需要先构建团簇模型，再用添加剂分子去吸附团簇，然后比较添加剂对两种晶型的团簇 ...

如果添加剂是小分子，不是添加剂吸附团簇，而是团簇吸附添加剂

如果你就是要用簇模型算这种问题，先把晶体构建成足够大的超胞，然后切出个能表现局部表面的簇，按分子间相互作用的方式去考察簇对添加剂分子的吸附。并且注意冻结簇的边缘原子免得优化时变形

作者
Author: zhouxi 时间: 2023-9-7 11:40
老师们好，我们做的材料也存在两种晶型，并且解单晶发现分子都一样的，不同的就是分子间距离和角度，然后我想通过构建出两种晶型的二聚体，去做一下电子激发和HOMO→LUMO跃迁分析的对比，就像图中这样，但是现在我不确定怎么去建模和计算。问题如下：1.建模的话是可以直接从我的cif文件里面复制两个相邻分子出来嘛？或者还是该怎么做呀。2.二聚体是否还要做结构优化？如果优化的话，该怎么操作呀。

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