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标题: 求助：分子对接时，应该选择柔性对接还是半柔性对接 [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2022-6-28 17:18
标题: 求助：分子对接时，应该选择柔性对接还是半柔性对接
各位老师好，我想问一下在做分子对接时，应该优先选择柔性对接还是半柔性对接？
按理来说应该是柔性对接更符合实际，但是我看文献，相较柔性对接而言，半柔性对接会多一点，还是说需要根据配体来选择哪种对接方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 01:13
有些情况是因为程序本身不支持考虑受体的柔性，也有些情况是考虑受体柔性时过于昂贵，也有些情况是能估计出受体的柔性考虑与否对结果影响不大（比如根据结合位点的侧链特征、相关原子的B因子等），也有些情况是作者忽视了这个问题

顺带一提，为了最充分考虑受体的柔性，用半柔性对接时（以及用全柔性对接但受体柔性考虑充分程度有限时），有条件的情况最好还是对对接后的结构跑MD

作者
Author: 阿志 时间: 2022-6-29 08:39

sobereva 发表于 2022-6-29 01:13
有些情况是因为程序本身不支持考虑受体的柔性，也有些情况是考虑受体柔性时过于昂贵，也有些情况是能估计出 ...

好的，谢谢老师的回答

作者
Author: 阿志 时间: 2022-6-29 10:35

sobereva 发表于 2022-6-29 01:13
有些情况是因为程序本身不支持考虑受体的柔性，也有些情况是考虑受体柔性时过于昂贵，也有些情况是能估计出 ...

老师，要是对接后跑MD的话，是不是之前的对接方法不是很重要？
我想的是，MD时，所有的原子都在动，就相当于柔性了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-30 00:47

阿志发表于 2022-6-29 10:35
老师，要是对接后跑MD的话，是不是之前的对接方法不是很重要？
我想的是，MD时，所有的原子都在动，就相 ...

对接会得到一大批复合结构，而做MD不可能每个都做，太耗时。通常只能选较重要的来用MD进一步refine/验证，通常都是从打分较高的里面选。如果对接做得太烂，对接的位点、打分次序都离谱，可能会导致选的是意义不大的结构做MD，可能跑很久也无法弛豫到真实的结合结构，甚至还可能配体跑飞了。

作者
Author: 阿志 时间: 2022-6-30 08:30

sobereva 发表于 2022-6-30 00:47
对接会得到一大批复合结构，而做MD不可能每个都做，太耗时。通常只能选较重要的来用MD进一步refine/验证 ...

知道了，谢谢老师

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