计算化学公社

标题: gromacs 在进行能量最小化时出现一个提示，对后面计算径向分布函数有影响吗 [打印本页]

作者
Author: reddy 时间: 2022-6-28 21:43
标题: gromacs 在进行能量最小化时出现一个提示，对后面计算径向分布函数有影响吗
gromacs 在进行能量最小化时出现两个警告，如果忽略对后面计算径向分布函数有影响吗？因为后面有一个分组，不知道有没有影响，如果有影响我要怎么处理呢

。希望大佬解答，万分感谢！

PS：（我这个体系时阴离子+阳离子+ethanol体系，用packmol建的模型，top文件和itp文件都是用的Sobtop软件处理得到的）
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 00:53
mdp里定义了-DFLEXIBLE，但top里的内容完全展开后没有任何地方指定对定义了FLEXIBLE的情况做什么特殊处理，自然会有这个warning。把mdp里此时无意义的-DFLEXIBLE删了就完了

作者
Author: reddy 时间: 2022-6-29 08:18
本帖最后由 reddy 于 2022-6-29 08:23 编辑

sobereva 发表于 2022-6-29 00:53
mdp里定义了-DFLEXIBLE，但top里的内容完全展开后没有任何地方指定对定义了FLEXIBLE的情况做什么特殊处理， ...

好的谢谢那个原子不匹配那个警告忽略影响后面的径向分布函数吗？我看见有13300个原子不匹配

，我查了一下，说跑md可以忽略，但是分析结果的时候没说可以忽略或不可以忽略

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 21:01

reddy 发表于 2022-6-29 08:18
好的谢谢那个原子不匹配那个警告忽略影响后面的径向分布函数吗？我看见有13300个原子不匹配 ...

原子顺序一致即可，原子名不要求一致

作者
Author: reddy 时间: 2022-6-30 08:35

sobereva 发表于 2022-6-29 21:01
原子顺序一致即可，原子名不要求一致

好的谢谢社长

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)